195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1017 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1017  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 117 aa  235  2e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.128025  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1829  anti-sigma-factor antagonist  60.34 
 
 		 117 aa  150  5e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.721407  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1836  anti-sigma-factor antagonist  61.61 
 
 		 117 aa  144  3e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1364  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  57.66 
 
 		 117 aa  130  6.999999999999999e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.941434 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2671  anti-sigma-factor antagonist  40.66 
 
 		 119 aa  80.1  0.000000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2044  anti-sigma-factor antagonist  42.48 
 
 		 111 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000100859  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1585  anti-sigma-factor antagonist  37.5 
 
 		 113 aa  78.2  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.760541 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1427  anti-anti-sigma factor  41.58 
 
 		 111 aa  78.2  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.473908  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2660  anti-sigma-factor antagonist  40.18 
 
 		 111 aa  77  0.00000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.144992  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2649  anti-sigma-factor antagonist  37.5 
 
 		 113 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.779168  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2672  anti-sigma-factor antagonist  36.11 
 
 		 122 aa  73.2  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2101  anti-sigma-factor antagonist  36.54 
 
 		 111 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1874  anti- anti-sigma regulatory factor  35.92 
 
 		 113 aa  70.1  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000307887  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1827  anti-sigma-factor antagonist  37.11 
 
 		 115 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1686  anti-sigma B factor antagonist  39.56 
 
 		 111 aa  67.8  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2976  anti-sigma factor antagonist  36.7 
 
 		 111 aa  67.8  0.00000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.467221  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0177  anti-sigma-factor antagonist  35.71 
 
 		 108 aa  67  0.00000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1838  anti-sigma-factor antagonist  32.38 
 
 		 115 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.422336  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2160  anti-sigma-factor antagonist  29.63 
 
 		 116 aa  64.7  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2330  anti-sigma-factor antagonist  34.31 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2067  anti-sigma-factor antagonist  32.14 
 
 		 112 aa  64.3  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4611  anti-sigma-factor antagonist  24.53 
 
 		 153 aa  63.9  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.335434  normal  0.584863 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1194  anti-sigma-factor antagonist  28.7 
 
 		 116 aa  63.5  0.0000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.179967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1015  anti-sigma-factor antagonist  31.43 
 
 		 107 aa  62.8  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155666  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2833  anti-anti-sigma factor  33.7 
 
 		 111 aa  62  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0073  anti-sigma-factor antagonist  32.38 
 
 		 110 aa  61.2  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0167054 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1827  anti-sigma-factor antagonist  31.63 
 
 		 111 aa  60.8  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2555  anti-sigma-factor antagonist  30.91 
 
 		 249 aa  59.7  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07000  anti-sigma-factor antagonist spoIIAA  28.7 
 
 		 120 aa  59.3  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2556  anti-sigma-factor antagonist  27.78 
 
 		 116 aa  59.3  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1501  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  37.36 
 
 		 115 aa  58.2  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1366  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  29.7 
 
 		 107 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.528676  normal  0.641817 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3451  anti-sigma-factor antagonist  29.17 
 
 		 110 aa  58.2  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4051  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  35.87 
 
 		 115 aa  57.8  0.00000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0066  anti-sigma-factor antagonist  38.78 
 
 		 114 aa  57.8  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.517234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3722  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  30.69 
 
 		 129 aa  57  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.853614  normal  0.538424 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1972  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 111 aa  57  0.00000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000507939  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1231  anti-sigma-factor antagonist  32.63 
 
 		 109 aa  57  0.00000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1431  anti-anti-sigma factor family protein  26.42 
 
 		 114 aa  56.6  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0151  anti-sigma-factor antagonist  36.26 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.458723 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5267  anti-sigma-factor antagonist  27.35 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2906  anti-sigma-factor antagonist  35.16 
 
 		 107 aa  55.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.256971 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3767  anti-sigma-factor antagonist  26.21 
 
 		 117 aa  55.5  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0751293  unclonable  0.00000923115 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1117  anti-sigma-factor antagonist  28.16 
 
 		 117 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.113154  normal  0.94353 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2083  anti-anti-sigma factor  32.08 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118848  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4431  anti-sigma-factor antagonist  31.4 
 
 		 100 aa  55.1  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0407  anti-sigma-factor antagonist  30.69 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1167  anti-sigma-factor antagonist  26.85 
 
 		 127 aa  54.7  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000216807 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0416  anti-sigma-factor antagonist  30.69 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0395  anti-sigma-factor antagonist  30.69 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.126622  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7537  hypothetical protein  31.31 
 
 		 121 aa  54.3  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.773264  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0221  anti-sigma-factor antagonist  24.78 
 
 		 116 aa  54.3  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2467  anti-sigma-factor antagonist  27.93 
 
 		 118 aa  53.9  0.0000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1423  anti-sigma-factor antagonist  27.78 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2619  anti-sigma-factor antagonist  28.16 
 
 		 142 aa  53.5  0.0000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.531415  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2079  anti-sigma-factor antagonist  35.94 
 
 		 111 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.632413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3055  anti-sigma factor antagonist  29.41 
 
 		 151 aa  53.1  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0135  anti-sigma F factor antagonist  30.39 
 
 		 117 aa  53.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.666066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0062  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  27.45 
 
 		 116 aa  53.1  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0726506 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1975  anti-sigma-factor antagonist  29.46 
 
 		 113 aa  53.1  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.441965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0347  anti-sigma-factor antagonist  28 
 
 		 117 aa  53.5  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1700  anti-sigma-factor antagonist  28.57 
 
 		 113 aa  52.4  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.293305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1795  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  28.57 
 
 		 110 aa  52.4  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2161  anti-sigma-factor antagonist  33.68 
 
 		 250 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1195  anti-sigma-factor antagonist  31.58 
 
 		 269 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0494  putative anti-anti-sigma regulatory factor  24.32 
 
 		 116 aa  52.4  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.937687 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1663  anti-anti-sigma factor family protein  31.91 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.88575  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0683  anti-sigma-factor antagonist  35.11 
 
 		 117 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.338606  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2616  anti-sigma-factor antagonist  36.23 
 
 		 111 aa  51.6  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0663  anti-sigma-factor antagonist  35.11 
 
 		 117 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0920  anti-sigma-factor antagonist  31.4 
 
 		 115 aa  52  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0283  anti-sigma-factor antagonist  27.27 
 
 		 109 aa  52  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0353  anti-sigma-factor antagonist  32.38 
 
 		 115 aa  51.6  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0872  anti-sigma-factor antagonist  23.42 
 
 		 120 aa  51.6  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2189  anti-sigma-factor antagonist  29.21 
 
 		 111 aa  52  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1567  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  27.78 
 
 		 112 aa  51.6  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.329396 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0720  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  26.85 
 
 		 110 aa  51.2  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3486  anti-sigma-factor antagonist  26.17 
 
 		 116 aa  50.8  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0115  anti-sigma-factor antagonist  26.73 
 
 		 110 aa  50.8  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4580  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  25.96 
 
 		 122 aa  50.8  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.81884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0591  anti-sigma-factor antagonist  28.32 
 
 		 120 aa  50.8  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1430  anti-sigma-factor antagonist  28.72 
 
 		 121 aa  50.4  0.000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1422  anti-sigma-factor antagonist  29.36 
 
 		 250 aa  50.4  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2252  anti-sigma-factor antagonist  24.78 
 
 		 116 aa  50.4  0.000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0122  anti-sigma factor antagonist  24.77 
 
 		 117 aa  50.1  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.672861  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0372  anti-sigma-factor antagonist  26.09 
 
 		 116 aa  50.1  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2011  anti-sigma-factor antagonist  32.43 
 
 		 131 aa  50.1  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.382584  normal  0.0232293 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0371  anti-anti-sigma factor  32.29 
 
 		 112 aa  49.7  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.117703  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1103  anti-sigma-factor antagonist  27.78 
 
 		 112 aa  49.7  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2945  anti-sigma-factor antagonist  27.08 
 
 		 113 aa  50.1  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8450  anti-sigma-factor antagonist  28.04 
 
 		 113 aa  49.3  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000560985 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5320  anti-sigma-factor antagonist  24.78 
 
 		 115 aa  49.3  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.232831 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4302  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  26.8 
 
 		 113 aa  49.3  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0312  anti-sigma-factor antagonist  26.8 
 
 		 113 aa  48.9  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.123512 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5547  anti-sigma-factor antagonist  29.63 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.483567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1334  anti-sigma-factor antagonist  29.91 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0232359  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1352  anti-sigma-factor antagonist  29.91 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0187779  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1621  anti-sigma-factor antagonist  31.03 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0035  anti-sigma-factor antagonist  26.73 
 
 		 116 aa  48.9  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0024  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  25.27 
 
 		 105 aa  47.8  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>