More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0888 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2932  amidase  84.48 
 
 		 567 aa  984    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0888  amidase  100 
 
 		 568 aa  1158    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1233  amidase  96.3 
 
 		 568 aa  1120    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000250481 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3283  amidase  97.01 
 
 		 584 aa  1124    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0927  amidase  84.63 
 
 		 569 aa  937    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0058  amidase  66.55 
 
 		 576 aa  729    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3131  amidase  96.83 
 
 		 568 aa  1123    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3257  amidase  83.22 
 
 		 570 aa  967    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.325016 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2840  amidase  84.3 
 
 		 567 aa  966    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845019  normal  0.475374 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5239  amidase  67.14 
 
 		 572 aa  719    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.065566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2760  amidase  84.66 
 
 		 567 aa  985    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2761  amidase  97.36 
 
 		 584 aa  1133    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5531  amidase  67.14 
 
 		 572 aa  718    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.295161 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1657  amidase  87.63 
 
 		 567 aa  997    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.91372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3079  amidase  85.54 
 
 		 567 aa  984    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5150  amidase  67.14 
 
 		 572 aa  719    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0680  Amidase  60.48 
 
 		 595 aa  697    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.914724  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3287  amidase  98.06 
 
 		 568 aa  1138    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0660  amidase  97.89 
 
 		 568 aa  1138    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.396809 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1616  amidase  93.11 
 
 		 569 aa  1081    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10040  amidase  84.81 
 
 		 569 aa  939    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00301726  normal  0.910532 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3140  amidase  96.48 
 
 		 568 aa  1120    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.286166  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2522  amidase  89.05 
 
 		 567 aa  1009    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3464  amidase  97.89 
 
 		 568 aa  1136    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3247  amidase  61.41 
 
 		 675 aa  576  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00133527 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4470  Amidase  29.37 
 
 		 530 aa  187  4e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.141503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3345  Amidase  33.92 
 
 		 526 aa  147  5e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0644396 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3247  amidase  26.99 
 
 		 491 aa  145  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0139426  normal  0.198397 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1925  amidase  26.29 
 
 		 491 aa  145  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.734748  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1887  amidase  26.29 
 
 		 491 aa  145  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2072  amidase  26.29 
 
 		 491 aa  145  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2103  amidase  26.46 
 
 		 491 aa  144  4e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1921  amidase  26.63 
 
 		 491 aa  143  7e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0759048  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1877  amidase  26.82 
 
 		 491 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5142  amidase  29.32 
 
 		 499 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.935428  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5750  Amidase  27.4 
 
 		 506 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2061  amidase  26.56 
 
 		 491 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00865989  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2143  amidase  26.38 
 
 		 491 aa  140  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.117991  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2171  amidase  26.38 
 
 		 491 aa  140  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0417  Amidase  27.8 
 
 		 481 aa  139  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0366485 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4413  Amidase  29.25 
 
 		 559 aa  139  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.216813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3846  Amidase  26.8 
 
 		 540 aa  134  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1946  amidase  28.13 
 
 		 488 aa  132  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5120  amidase family protein  26.42 
 
 		 519 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  33.04 
 
 		 491 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1943  Amidase  29.17 
 
 		 574 aa  129  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00712405 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2294  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit or related amidase  29.36 
 
 		 536 aa  127  7e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0786  amidase  26.31 
 
 		 540 aa  124  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0562402  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  37.5 
 
 		 463 aa  124  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  25.54 
 
 		 485 aa  123  8e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1309  Amidase  27.57 
 
 		 566 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1220  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.94 
 
 		 491 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.82883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1364  amidase  27.88 
 
 		 527 aa  120  9e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.085889  normal  0.210091 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0894  Amidase  27.26 
 
 		 475 aa  119  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2436  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  23.6 
 
 		 486 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03934  amidase  26.68 
 
 		 544 aa  119  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.59934  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2838  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.7 
 
 		 501 aa  117  5e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  26.6 
 
 		 477 aa  116  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.62 
 
 		 486 aa  115  3e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4089  Amidase  29.72 
 
 		 497 aa  115  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.447444 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2226  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.29 
 
 		 491 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0279752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0516  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.53 
 
 		 484 aa  115  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3436  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  34.97 
 
 		 506 aa  115  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0098  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.99 
 
 		 485 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4338  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.52 
 
 		 490 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06981  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.86 
 
 		 487 aa  114  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.629931  normal  0.214805 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  28.52 
 
 		 486 aa  113  8.000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  26.03 
 
 		 459 aa  113  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1564  Amidase  27.84 
 
 		 527 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.145247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2394  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.14 
 
 		 516 aa  113  1.0000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.225489  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2929  Amidase  33.07 
 
 		 519 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.669422 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1980  amidase  37.28 
 
 		 449 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0409762  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0418  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.12 
 
 		 499 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0118613 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  31.76 
 
 		 469 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0540  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.78 
 
 		 488 aa  111  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.732053  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0264  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  23.84 
 
 		 486 aa  110  5e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1157  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  25.05 
 
 		 491 aa  110  5e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0758245  normal  0.786366 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.19 
 
 		 480 aa  110  6e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10590  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  31.14 
 
 		 503 aa  110  6e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.701412  normal  0.20971 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2636  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.45 
 
 		 483 aa  110  7.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2536  Amidase  36.49 
 
 		 473 aa  109  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1318  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.18 
 
 		 516 aa  109  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.168478 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0058  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.62 
 
 		 494 aa  109  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1020  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  25.87 
 
 		 487 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00154188  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0703  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.73 
 
 		 487 aa  108  2e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09331  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  23.84 
 
 		 486 aa  108  2e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.963624  normal  0.0575081 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0458  Amidase  29.45 
 
 		 549 aa  109  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.87 
 
 		 486 aa  108  3e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3985  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.96 
 
 		 489 aa  108  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.825512  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1918  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  25.05 
 
 		 495 aa  108  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3926  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  25.71 
 
 		 494 aa  107  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.236708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1500  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  29.64 
 
 		 476 aa  107  5e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0473179 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1779  Amidase  34.21 
 
 		 526 aa  107  5e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.455319  normal  0.676292 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1878  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  25.75 
 
 		 493 aa  107  8e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.810516 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3586  amidase  37.08 
 
 		 449 aa  107  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1032  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.19 
 
 		 486 aa  106  9e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.929354  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6695  hypothetical protein  33.63 
 
 		 456 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.626739  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4083  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  26.53 
 
 		 512 aa  106  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  33.88 
 
 		 463 aa  106  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  22.82 
 
 		 485 aa  105  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>