More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2840 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2932  amidase  96.3 
 
 		 567 aa  1107    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0888  amidase  84.3 
 
 		 568 aa  980    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0058  amidase  69.37 
 
 		 576 aa  753    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2760  amidase  96.47 
 
 		 567 aa  1109    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3257  amidase  88.87 
 
 		 570 aa  1031    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.325016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3283  amidase  84.66 
 
 		 584 aa  983    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5239  amidase  67.44 
 
 		 572 aa  726    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.065566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3140  amidase  84.3 
 
 		 568 aa  984    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.286166  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0680  Amidase  61.77 
 
 		 595 aa  710    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.914724  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5531  amidase  67.44 
 
 		 572 aa  723    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.295161 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2840  amidase  100 
 
 		 567 aa  1143    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845019  normal  0.475374 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1233  amidase  84.48 
 
 		 568 aa  986    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000250481 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0927  amidase  87.46 
 
 		 569 aa  971    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2522  amidase  86.4 
 
 		 567 aa  986    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2761  amidase  84.13 
 
 		 584 aa  983    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5150  amidase  67.44 
 
 		 572 aa  726    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3131  amidase  84.48 
 
 		 568 aa  983    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3079  amidase  95.77 
 
 		 567 aa  1102    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3287  amidase  84.81 
 
 		 568 aa  987    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0660  amidase  84.45 
 
 		 568 aa  984    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.396809 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1616  amidase  84.1 
 
 		 569 aa  981    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10040  amidase  87.81 
 
 		 569 aa  978    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00301726  normal  0.910532 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1657  amidase  89.22 
 
 		 567 aa  1016    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.91372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3464  amidase  84.45 
 
 		 568 aa  983    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3247  amidase  62.14 
 
 		 675 aa  592  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00133527 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4470  Amidase  29.09 
 
 		 530 aa  181  2.9999999999999997e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.141503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3345  Amidase  33.43 
 
 		 526 aa  159  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0644396 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3247  amidase  28.81 
 
 		 491 aa  155  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0139426  normal  0.198397 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1921  amidase  27.96 
 
 		 491 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0759048  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1925  amidase  27.86 
 
 		 491 aa  153  8.999999999999999e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.734748  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2072  amidase  27.86 
 
 		 491 aa  153  8.999999999999999e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2061  amidase  27.63 
 
 		 491 aa  152  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00865989  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2103  amidase  27.54 
 
 		 491 aa  152  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1887  amidase  27.24 
 
 		 491 aa  150  4e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1877  amidase  26.98 
 
 		 491 aa  148  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2171  amidase  26.98 
 
 		 491 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2143  amidase  26.63 
 
 		 491 aa  145  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.117991  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0417  Amidase  28.85 
 
 		 481 aa  143  8e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0366485 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5142  amidase  28.94 
 
 		 499 aa  143  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.935428  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1943  Amidase  29.46 
 
 		 574 aa  138  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00712405 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0670  Amidase  31.05 
 
 		 509 aa  136  9.999999999999999e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0474634  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4413  Amidase  29.96 
 
 		 559 aa  135  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.216813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5750  Amidase  27.07 
 
 		 506 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3846  Amidase  27.21 
 
 		 540 aa  133  6.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1946  amidase  27.79 
 
 		 488 aa  133  1.0000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2294  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit or related amidase  28.86 
 
 		 536 aa  130  6e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03934  amidase  27.13 
 
 		 544 aa  127  8.000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.59934  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5120  amidase family protein  26.39 
 
 		 519 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1309  Amidase  28.47 
 
 		 566 aa  125  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4089  Amidase  30.81 
 
 		 497 aa  125  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.447444 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.74 
 
 		 491 aa  120  6e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30643  Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  26.45 
 
 		 581 aa  120  9e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.104467  normal  0.893568 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0786  amidase  27.48 
 
 		 540 aa  118  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0562402  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1364  amidase  28.74 
 
 		 527 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.085889  normal  0.210091 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  26.81 
 
 		 459 aa  115  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0894  Amidase  28.29 
 
 		 475 aa  114  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1019  amidase  27.43 
 
 		 610 aa  114  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.46113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2929  Amidase  34.6 
 
 		 519 aa  113  7.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.669422 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3926  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.56 
 
 		 494 aa  114  7.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.236708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2436  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  24.43 
 
 		 486 aa  113  9e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  36.97 
 
 		 463 aa  113  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  32.66 
 
 		 469 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.66 
 
 		 486 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0458  Amidase  29.45 
 
 		 549 aa  111  3e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  25.48 
 
 		 477 aa  110  5e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  29.32 
 
 		 486 aa  109  1e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1918  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.23 
 
 		 495 aa  109  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.18 
 
 		 486 aa  108  2e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1779  Amidase  35.27 
 
 		 526 aa  107  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.455319  normal  0.676292 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1796  amidase  25 
 
 		 536 aa  107  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00691458  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1333  amidase  28.72 
 
 		 468 aa  107  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.697723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1564  Amidase  28.74 
 
 		 527 aa  107  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.145247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.05 
 
 		 485 aa  107  8e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1337  indole acetimide hydrolase  35.74 
 
 		 510 aa  107  8e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000844127 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0495  amidase  35.25 
 
 		 505 aa  106  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1878  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.74 
 
 		 493 aa  105  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.810516 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1739  amidase  24.34 
 
 		 536 aa  105  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.138161  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0516  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32 
 
 		 484 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  32.86 
 
 		 475 aa  105  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  24.74 
 
 		 472 aa  104  5e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4083  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.2 
 
 		 512 aa  104  5e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0264  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.96 
 
 		 486 aa  103  6e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2120  Amidase  33.47 
 
 		 447 aa  103  6e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3768  amidase  35.06 
 
 		 498 aa  103  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30926  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3418  amidase  24.34 
 
 		 536 aa  103  7e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000917116 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0098  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  36.29 
 
 		 485 aa  103  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2005  amidase  32.53 
 
 		 533 aa  103  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.512259  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3586  amidase  36.82 
 
 		 449 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2226  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.48 
 
 		 491 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0279752  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6695  hypothetical protein  34.07 
 
 		 456 aa  102  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.626739  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0703  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.16 
 
 		 487 aa  102  2e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  32.93 
 
 		 494 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4324  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.29 
 
 		 485 aa  102  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000269124  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2489  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.65 
 
 		 490 aa  102  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.111465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0928  amidase  35.34 
 
 		 466 aa  102  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  32.93 
 
 		 494 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0058  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  27.47 
 
 		 494 aa  102  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  32.93 
 
 		 494 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0605  allophanate hydrolase  38.36 
 
 		 589 aa  102  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1980  amidase  34.27 
 
 		 449 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0409762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>