More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1616 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2932  amidase  83.75 
 
 		 567 aa  980    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0888  amidase  93.11 
 
 		 568 aa  1081    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2760  amidase  84.1 
 
 		 567 aa  983    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5239  amidase  66.49 
 
 		 572 aa  715    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.065566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3283  amidase  93.64 
 
 		 584 aa  1082    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1657  amidase  86.24 
 
 		 567 aa  991    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.91372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3257  amidase  82.72 
 
 		 570 aa  967    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.325016 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3131  amidase  93.64 
 
 		 568 aa  1086    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2761  amidase  92.93 
 
 		 584 aa  1082    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1233  amidase  94.17 
 
 		 568 aa  1090    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000250481 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5531  amidase  66.49 
 
 		 572 aa  712    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.295161 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3079  amidase  85.34 
 
 		 567 aa  986    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0927  amidase  82.51 
 
 		 569 aa  922    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0058  amidase  66.55 
 
 		 576 aa  733    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3140  amidase  93.46 
 
 		 568 aa  1085    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.286166  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5150  amidase  66.49 
 
 		 572 aa  715    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0680  Amidase  60.31 
 
 		 595 aa  696    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.914724  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2522  amidase  87.13 
 
 		 567 aa  991    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2840  amidase  84.1 
 
 		 567 aa  967    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845019  normal  0.475374 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3287  amidase  93.31 
 
 		 568 aa  1086    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0660  amidase  93.13 
 
 		 568 aa  1085    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.396809 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1616  amidase  100 
 
 		 569 aa  1156    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10040  amidase  82.6 
 
 		 569 aa  929    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00301726  normal  0.910532 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3464  amidase  93.13 
 
 		 568 aa  1083    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3247  amidase  61.2 
 
 		 675 aa  569  1e-161  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00133527 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4470  Amidase  30.26 
 
 		 530 aa  199  7.999999999999999e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.141503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3345  Amidase  34.8 
 
 		 526 aa  155  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0644396 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3247  amidase  28.26 
 
 		 491 aa  152  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0139426  normal  0.198397 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1921  amidase  28.06 
 
 		 491 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0759048  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2061  amidase  27.24 
 
 		 491 aa  147  5e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00865989  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1925  amidase  27.8 
 
 		 491 aa  147  6e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.734748  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2103  amidase  27.67 
 
 		 491 aa  147  6e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2072  amidase  27.8 
 
 		 491 aa  147  6e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1887  amidase  27.6 
 
 		 491 aa  146  9e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1877  amidase  28.03 
 
 		 491 aa  146  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2171  amidase  27.35 
 
 		 491 aa  145  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2143  amidase  27.35 
 
 		 491 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.117991  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5142  amidase  29.45 
 
 		 499 aa  141  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.935428  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3846  Amidase  27.63 
 
 		 540 aa  141  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5750  Amidase  27.77 
 
 		 506 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4413  Amidase  29.69 
 
 		 559 aa  140  7e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.216813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1946  amidase  28.18 
 
 		 488 aa  137  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0417  Amidase  27.85 
 
 		 481 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0366485 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0670  Amidase  31.64 
 
 		 509 aa  134  3.9999999999999996e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0474634  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  33.04 
 
 		 491 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5120  amidase family protein  26.77 
 
 		 519 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2294  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit or related amidase  29.45 
 
 		 536 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1943  Amidase  29.11 
 
 		 574 aa  130  6e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00712405 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0786  amidase  27.47 
 
 		 540 aa  128  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0562402  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1309  Amidase  28.72 
 
 		 566 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  37.92 
 
 		 463 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2436  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  24.6 
 
 		 486 aa  124  6e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4089  Amidase  29.75 
 
 		 497 aa  123  9e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.447444 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0894  Amidase  27.48 
 
 		 475 aa  121  3e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  28.52 
 
 		 486 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  27.45 
 
 		 459 aa  118  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.28 
 
 		 486 aa  118  3e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1779  Amidase  29.25 
 
 		 526 aa  118  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.455319  normal  0.676292 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  25.83 
 
 		 477 aa  118  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.19 
 
 		 480 aa  116  8.999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2896  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.22 
 
 		 488 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2838  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.83 
 
 		 501 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0264  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.43 
 
 		 486 aa  115  3e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  24.73 
 
 		 470 aa  115  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  31.76 
 
 		 469 aa  115  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2394  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.41 
 
 		 516 aa  114  5e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.225489  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0703  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  25.35 
 
 		 487 aa  114  5e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03934  amidase  27.94 
 
 		 544 aa  114  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.59934  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0058  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.08 
 
 		 494 aa  114  7.000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.87 
 
 		 486 aa  113  9e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09331  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.43 
 
 		 486 aa  113  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.963624  normal  0.0575081 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2226  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.53 
 
 		 491 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0279752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1157  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  25.45 
 
 		 491 aa  112  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0758245  normal  0.786366 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1918  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  25.66 
 
 		 495 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06981  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.78 
 
 		 487 aa  111  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.629931  normal  0.214805 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1220  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.77 
 
 		 491 aa  110  5e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.82883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  33.47 
 
 		 463 aa  110  5e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2929  Amidase  32.67 
 
 		 519 aa  110  6e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.669422 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1980  amidase  36.4 
 
 		 449 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0409762  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0098  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.78 
 
 		 485 aa  109  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0458  Amidase  29.15 
 
 		 549 aa  109  1e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1019  amidase  27.33 
 
 		 610 aa  109  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.46113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0516  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.44 
 
 		 484 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.01 
 
 		 485 aa  109  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0352  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.51 
 
 		 500 aa  108  2e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3436  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.44 
 
 		 506 aa  108  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3586  amidase  36.67 
 
 		 449 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  24.73 
 
 		 470 aa  108  3e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10590  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  30.29 
 
 		 503 aa  107  8e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.701412  normal  0.20971 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1318  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.21 
 
 		 516 aa  106  9e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.168478 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1500  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  25.72 
 
 		 476 aa  106  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0473179 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1337  indole acetimide hydrolase  34.73 
 
 		 510 aa  106  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000844127 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  33.47 
 
 		 463 aa  106  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1364  amidase  34.24 
 
 		 527 aa  105  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.085889  normal  0.210091 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1628  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.79 
 
 		 484 aa  105  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.013729  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6695  hypothetical protein  33.19 
 
 		 456 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.626739  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0256  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.09 
 
 		 482 aa  105  2e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.691629  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1900  amidase  34.12 
 
 		 490 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4338  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.74 
 
 		 490 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1878  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.65 
 
 		 493 aa  105  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.810516 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>