More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3257 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2932  amidase  89.22 
 
 		 567 aa  1036    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0888  amidase  83.22 
 
 		 568 aa  967    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3131  amidase  83.57 
 
 		 568 aa  972    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5239  amidase  69.34 
 
 		 572 aa  743    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.065566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0058  amidase  70.6 
 
 		 576 aa  770    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3283  amidase  83.57 
 
 		 584 aa  971    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1233  amidase  83.22 
 
 		 568 aa  969    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000250481 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3079  amidase  90.11 
 
 		 567 aa  1038    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2761  amidase  83.04 
 
 		 584 aa  969    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5531  amidase  69.34 
 
 		 572 aa  741    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.295161 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3257  amidase  100 
 
 		 570 aa  1145    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.325016 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3140  amidase  83.57 
 
 		 568 aa  975    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.286166  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0680  Amidase  63.14 
 
 		 595 aa  722    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.914724  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2522  amidase  86.42 
 
 		 567 aa  988    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0927  amidase  88.52 
 
 		 569 aa  979    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2760  amidase  89.05 
 
 		 567 aa  1034    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1657  amidase  89.59 
 
 		 567 aa  1019    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.91372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5150  amidase  69.34 
 
 		 572 aa  743    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3287  amidase  83.42 
 
 		 568 aa  969    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0660  amidase  83.25 
 
 		 568 aa  969    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.396809 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1616  amidase  82.72 
 
 		 569 aa  967    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10040  amidase  89.08 
 
 		 569 aa  989    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00301726  normal  0.910532 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2840  amidase  88.87 
 
 		 567 aa  1014    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845019  normal  0.475374 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3464  amidase  83.25 
 
 		 568 aa  967    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3247  amidase  63.9 
 
 		 675 aa  604  1.0000000000000001e-171  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00133527 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4470  Amidase  29.51 
 
 		 530 aa  191  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.141503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3345  Amidase  34.48 
 
 		 526 aa  160  8e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0644396 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1925  amidase  27.24 
 
 		 491 aa  156  8e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.734748  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2072  amidase  27.24 
 
 		 491 aa  156  8e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3247  amidase  27.57 
 
 		 491 aa  155  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0139426  normal  0.198397 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2061  amidase  27.6 
 
 		 491 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00865989  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1887  amidase  27.07 
 
 		 491 aa  153  7e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2171  amidase  26.98 
 
 		 491 aa  153  8e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2143  amidase  26.8 
 
 		 491 aa  153  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.117991  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2103  amidase  26.87 
 
 		 491 aa  151  4e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1877  amidase  26.99 
 
 		 491 aa  150  5e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0417  Amidase  29.65 
 
 		 481 aa  148  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0366485 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5142  amidase  30 
 
 		 499 aa  148  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.935428  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1921  amidase  27.32 
 
 		 491 aa  148  3e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0759048  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4413  Amidase  30.38 
 
 		 559 aa  147  7.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.216813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3846  Amidase  27.18 
 
 		 540 aa  141  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1943  Amidase  28.01 
 
 		 574 aa  139  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00712405 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1309  Amidase  29.41 
 
 		 566 aa  138  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5750  Amidase  28.17 
 
 		 506 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2294  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit or related amidase  29.31 
 
 		 536 aa  137  7.000000000000001e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0670  Amidase  31.14 
 
 		 509 aa  135  9.999999999999999e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0474634  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1019  amidase  28.69 
 
 		 610 aa  133  7.999999999999999e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.46113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1946  amidase  28.08 
 
 		 488 aa  130  7.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5120  amidase family protein  27.12 
 
 		 519 aa  128  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3926  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.54 
 
 		 494 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.236708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  26.9 
 
 		 477 aa  127  5e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03934  amidase  25.78 
 
 		 544 aa  125  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.59934  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4089  Amidase  31.41 
 
 		 497 aa  124  4e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.447444 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1364  amidase  29.3 
 
 		 527 aa  124  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.085889  normal  0.210091 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  33.72 
 
 		 491 aa  121  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  34.01 
 
 		 469 aa  121  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  27.9 
 
 		 459 aa  117  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1564  Amidase  28.91 
 
 		 527 aa  117  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.145247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0894  Amidase  27.3 
 
 		 475 aa  116  8.999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2929  Amidase  33.76 
 
 		 519 aa  115  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.669422 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3660  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.96 
 
 		 493 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30643  Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  31.7 
 
 		 581 aa  114  4.0000000000000004e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.104467  normal  0.893568 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0098  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.78 
 
 		 485 aa  114  6e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0559  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.04 
 
 		 493 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1779  Amidase  35.37 
 
 		 526 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.455319  normal  0.676292 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0594  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.04 
 
 		 493 aa  111  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1878  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.56 
 
 		 493 aa  111  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.810516 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0738  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27 
 
 		 493 aa  111  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0193116 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  25.48 
 
 		 472 aa  111  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4083  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.36 
 
 		 512 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0458  Amidase  30.32 
 
 		 549 aa  110  5e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  25.67 
 
 		 472 aa  110  6e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3647  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.43 
 
 		 493 aa  110  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0786  amidase  35.32 
 
 		 540 aa  110  7.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0562402  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3323  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.43 
 
 		 493 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352214  normal  0.64474 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0328  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.91 
 
 		 495 aa  109  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4396  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.14 
 
 		 495 aa  109  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.366889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13196  amidase  38.68 
 
 		 495 aa  108  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.471153 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0516  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.29 
 
 		 484 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6695  hypothetical protein  33.77 
 
 		 456 aa  108  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.626739  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  35.71 
 
 		 463 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  25.09 
 
 		 480 aa  107  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1796  amidase  25.61 
 
 		 536 aa  107  5e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00691458  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1220  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.82 
 
 		 491 aa  107  5e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.82883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2489  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.36 
 
 		 490 aa  107  6e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.111465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1918  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.54 
 
 		 495 aa  107  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  29.08 
 
 		 486 aa  106  9e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  33.47 
 
 		 494 aa  106  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  33.47 
 
 		 494 aa  106  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  33.47 
 
 		 494 aa  106  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0264  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.7 
 
 		 486 aa  106  1e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3768  amidase  36.36 
 
 		 498 aa  106  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30926  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2120  Amidase  34.27 
 
 		 447 aa  106  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.78 
 
 		 485 aa  106  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3517  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.58 
 
 		 492 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324726  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2226  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.68 
 
 		 491 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0279752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.34 
 
 		 486 aa  105  2e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1318  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.4 
 
 		 516 aa  105  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.168478 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3523  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.52 
 
 		 493 aa  105  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.434413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2438  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.75 
 
 		 492 aa  105  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0952312 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>