More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1687 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1687  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  537  9.999999999999999e-153  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00757243  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4814  transcriptional regulator, DeoR family  58 
 
 
261 aa  287  1e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2043  transcriptional regulator, DeoR family  54.41 
 
 
267 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000137049  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4954  transcriptional regulator, DeoR family  51.75 
 
 
283 aa  260  2e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461137  normal  0.587881 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0242  transcriptional regulator, DeoR family  44.4 
 
 
262 aa  193  3e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290341  normal  0.276366 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  36.82 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2563  transcriptional regulator, DeoR family  37.84 
 
 
254 aa  145  5e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.488958  normal  0.0207401 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  34.25 
 
 
257 aa  140  3e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  37.02 
 
 
267 aa  138  8.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  34.25 
 
 
250 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  32.22 
 
 
266 aa  135  9e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
256 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2850  transcriptional regulator, DeoR family  37.5 
 
 
262 aa  133  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.115087  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  33.33 
 
 
253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
274 aa  133  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  34.82 
 
 
264 aa  132  6e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0705  transcriptional regulator, DeoR family  33.07 
 
 
255 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  32.96 
 
 
269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  36.65 
 
 
258 aa  130  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
257 aa  127  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14330  transcriptional regulator, DeoR family  36 
 
 
282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5444  transcriptional regulator, DeoR family  36.22 
 
 
248 aa  126  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3382  DeoR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
263 aa  125  6e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  34.87 
 
 
260 aa  125  6e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  32.18 
 
 
269 aa  125  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45150  putative transcriptional regulator  37.65 
 
 
258 aa  123  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3457  DeoR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
265 aa  124  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0252866 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
267 aa  123  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  32.68 
 
 
257 aa  123  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
256 aa  123  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2390  transcriptional regulator, DeoR family  34.94 
 
 
258 aa  123  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.248992  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3309  transcriptional regulator, DeoR family  34.26 
 
 
260 aa  122  5e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.006875  hitchhiker  0.00121126 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0708  DeoR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
254 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2724  DeoR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
260 aa  119  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2761  transcriptional regulator, DeoR family  34.44 
 
 
257 aa  119  4.9999999999999996e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1187  DeoR family transcriptional regulator  30.47 
 
 
257 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2660  transcriptional regulator, DeoR family  33.61 
 
 
254 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.360297  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  32.93 
 
 
260 aa  119  7e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0718  DeoR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
254 aa  119  7e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000222584  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  32.06 
 
 
257 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
288 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2958  transcriptional regulator, DeoR family  37 
 
 
262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.00162277  decreased coverage  0.000126005 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2797  regulatory protein DeoR  30.25 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.8 
 
 
269 aa  116  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  31.8 
 
 
269 aa  116  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  31.8 
 
 
269 aa  116  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.8 
 
 
269 aa  116  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3644  transcriptional regulator, DeoR family  31.37 
 
 
263 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  32.44 
 
 
269 aa  116  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03314  transcriptional regulator  31.87 
 
 
263 aa  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.8 
 
 
269 aa  117  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.8 
 
 
269 aa  116  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  31.8 
 
 
269 aa  116  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
251 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0842  transcriptional regulator, DeoR family  33.64 
 
 
254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000306507  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3377  transcriptional regulator, DeoR family  31.74 
 
 
257 aa  116  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0940  putative DEOR-type transcriptional regulator  34.38 
 
 
275 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000268196  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0312  DeoR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
264 aa  115  6.9999999999999995e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.812153  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3204  DNA-binding transcriptional activator FucR  29.24 
 
 
239 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.25899  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1675  DeoR family transcriptional regulator  30.31 
 
 
266 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00609311  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3141  DNA-binding transcriptional activator FucR  29.24 
 
 
236 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1714  transcriptional regulator, DeoR family  36.69 
 
 
256 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0085463  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0907  DNA-binding transcriptional activator FucR  28.26 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02656  DNA-binding transcriptional activator  28.26 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3304  DNA-binding transcriptional activator FucR  29.24 
 
 
236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0883  transcriptional regulator, DeoR family  28.26 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2946  DNA-binding transcriptional activator FucR  28.26 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000344425  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2701  transcriptional regulator  32.03 
 
 
270 aa  114  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2949  DNA-binding transcriptional activator FucR  28.26 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000516509  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0720  DeoR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.528248  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1449  DeoR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
271 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4069  DNA-binding transcriptional activator FucR  28.26 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00240232  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3111  DNA-binding transcriptional activator FucR  28.26 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000158566  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02617  hypothetical protein  28.26 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3124  DNA-binding transcriptional activator FucR  29.24 
 
 
239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0169368  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5344  transcriptional regulator, DeoR family  35 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  32.94 
 
 
254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0895  transcriptional regulator, DeoR family  34.66 
 
 
260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0542275 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3189  DNA-binding transcriptional activator FucR  29.24 
 
 
236 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5910  transcriptional regulator, DeoR family  35.83 
 
 
254 aa  113  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.874866 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002674  glycerol-3-phosphate regulon repressor DeoR family  30.28 
 
 
263 aa  112  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3705  transcriptional regulator, DeoR family  30.83 
 
 
258 aa  112  5e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3725  transcriptional regulator, DeoR family  29.92 
 
 
276 aa  112  5e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  30.83 
 
 
261 aa  112  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2177  transcriptional regulator, DeoR family  33.33 
 
 
253 aa  112  7.000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0975605  hitchhiker  0.00125188 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  30.83 
 
 
261 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  30.83 
 
 
261 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3687  regulatory protein, DeoR  35.55 
 
 
259 aa  112  7.000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.300297  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2691  DeoR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
254 aa  112  8.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134445  hitchhiker  0.00149692 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4905  transcriptional regulator, DeoR family  35.11 
 
 
289 aa  112  9e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.23552  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7307  transcriptional regulator, DeoR family  32.65 
 
 
266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3172  transcriptional regulator, DeoR family  34.5 
 
 
267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.465579 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0660  transcriptional regulator, DeoR family  29.46 
 
 
255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02585  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.6 
 
 
265 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3478  DeoR family transcriptional regulator  30.96 
 
 
250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0418325  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7919  transcriptional regulator, DeoR family  31.56 
 
 
267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2227  DeoR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>