More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1078 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1078  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  100 
 
 		 358 aa  719    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3193  tRNA synthetase class II (D K and N)  54.55 
 
 		 352 aa  343  2e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6025  lysyl-tRNA synthetase  52.94 
 
 		 357 aa  343  4e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.858577  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3004  tRNA synthetase class II (D K and N)  54.86 
 
 		 352 aa  340  2e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0405088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3229  tRNA synthetase class II (D K and N)  54.7 
 
 		 352 aa  338  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3798  Lysine--tRNA ligase  51.84 
 
 		 353 aa  331  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00227981  normal  0.497071 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2530  lysine--tRNA ligase  55.24 
 
 		 363 aa  331  1e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.83  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2130  lysine--tRNA ligase  55.04 
 
 		 375 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0478  putative lysyl-tRNA synthetase  55.04 
 
 		 345 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181681  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0454  Lysine--tRNA ligase  52.71 
 
 		 351 aa  324  1e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.444787 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2403  lysine--tRNA ligase  55.71 
 
 		 380 aa  323  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.550576 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0378  lysine--tRNA ligase  55.4 
 
 		 350 aa  323  3e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.682721 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4127  Lysine--tRNA ligase  51.27 
 
 		 353 aa  322  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.271818 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3477  lysine--tRNA ligase  54.08 
 
 		 350 aa  321  9.999999999999999e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1885  tRNA synthetase class II (D K and N)  52.71 
 
 		 350 aa  318  9e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.70209  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2739  lysine--tRNA ligase  51.82 
 
 		 351 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.525407 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0762  lysine--tRNA ligase  52.38 
 
 		 349 aa  311  2e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1654  lysine--tRNA ligase  52.56 
 
 		 348 aa  306  5.0000000000000004e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.693299 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3224  lysine--tRNA ligase  50 
 
 		 361 aa  305  1.0000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.428603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4013  putative lysyl-tRNA synthetase (lysine--tRNA ligase)  49.72 
 
 		 351 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1642  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  50.29 
 
 		 347 aa  301  1e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.576369  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2955  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  51.14 
 
 		 351 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2808  lysine--tRNA ligase  49.15 
 
 		 350 aa  295  7e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2301  lysine--tRNA ligase  49.29 
 
 		 345 aa  295  8e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.275563  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2793  tRNA synthetase class II (D K and N)  51.14 
 
 		 351 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2505  lysine--tRNA ligase  48.02 
 
 		 351 aa  290  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.418111  normal  0.522252 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2375  lysine--tRNA ligase  48.7 
 
 		 329 aa  271  1e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3783  tRNA synthetase class II (D K and N)  47.77 
 
 		 339 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3867  tRNA synthetase class II (D K and N)  48.04 
 
 		 339 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3854  tRNA synthetase class II (D K and N)  50.15 
 
 		 390 aa  249  5e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.64996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1498  tRNA synthetase class II (D K and N)  48.06 
 
 		 340 aa  247  2e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.205908  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3726  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  46.67 
 
 		 340 aa  247  2e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2148  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.35 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000938384  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1276  lysyl-tRNA synthetase  39.58 
 
 		 323 aa  217  2.9999999999999998e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2625  lysyl-tRNA synthetase-related protein  40.94 
 
 		 356 aa  215  9.999999999999999e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3935  lysyl-tRNA synthetase  41.19 
 
 		 325 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4614  lysyl-tRNA synthetase  40.65 
 
 		 325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4762  lysyl-tRNA synthetase  40.65 
 
 		 325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.827317 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4705  lysyl-tRNA synthetase  40.65 
 
 		 325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4741  lysyl-tRNA synthetase  40.65 
 
 		 325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4622  lysyl-tRNA synthetase  40.65 
 
 		 325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4170  tRNA synthetase class II (D K and N)  45 
 
 		 416 aa  213  3.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.555556  normal  0.90101 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1839  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  40.47 
 
 		 307 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000593972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2162  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.47 
 
 		 305 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2054  tRNA synthetase class II (D K and N)  40.65 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0442  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  37.04 
 
 		 327 aa  211  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0383  lysyl-tRNA synthetase  39.94 
 
 		 325 aa  211  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3757  lysyl-tRNA synthetase  40.3 
 
 		 325 aa  210  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04027  lysyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3835  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  39.47 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4687  lysyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.981409  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4714  lysyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4626  lysyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0839984 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4399  lysyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5673  lysyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.17046 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03989  hypothetical protein  39.47 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2787  lysyl-tRNA synthetase  38.28 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.638173  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3855  lysyl-tRNA synthetase  39.17 
 
 		 325 aa  207  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00133285 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002238  lysyl-tRNA synthetase  38.17 
 
 		 323 aa  206  4e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0472  lysyl-tRNA synthetase  38.81 
 
 		 325 aa  206  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0344  lysyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 		 325 aa  206  5e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000187091 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1753  lysyl-tRNA synthetase-related protein  41.41 
 
 		 307 aa  205  8e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.032171  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0420  lysyl-tRNA synthetase  38.64 
 
 		 325 aa  205  1e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000643447 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2229  lysyl-tRNA synthetase  36.97 
 
 		 349 aa  204  3e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.188508  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3812  lysyl-tRNA synthetase  38.64 
 
 		 325 aa  202  6e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0712  lysyl-tRNA synthetase  38.64 
 
 		 325 aa  202  6e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.292044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3665  lysyl-tRNA synthetase  38.64 
 
 		 325 aa  202  6e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00130  lysyl-tRNA synthetase  38.21 
 
 		 323 aa  202  7e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03677  lysyl-tRNA synthetase  38.28 
 
 		 322 aa  200  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0547578  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2490  hypothetical protein  38.87 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1233  tRNA synthetase class II (D K and N)  41.41 
 
 		 299 aa  195  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0685  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  40.99 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.572683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3277  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  36.92 
 
 		 326 aa  191  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0046  hypothetical protein  34.38 
 
 		 343 aa  190  4e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2016  lysyl-tRNA synthetase homolog GenX  35.05 
 
 		 321 aa  189  5e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2781  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  38.05 
 
 		 322 aa  189  9e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0076  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  40.94 
 
 		 308 aa  188  1e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000211286 
 
 
-
 
NC_002936  DET0578  lysyl-tRNA synthetase  33.91 
 
 		 498 aa  187  3e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.873191  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4763  hypothetical protein  36.25 
 
 		 325 aa  186  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1647  lysyl-tRNA synthetase  33.24 
 
 		 489 aa  185  9e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0551  lysyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 		 498 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1914  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.99 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000371414  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1032  lysyl-tRNA synthetase  35.1 
 
 		 501 aa  184  2.0000000000000003e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.565305  normal  0.238368 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_517  lysyl-tRNA synthetase (class II)  33.33 
 
 		 498 aa  184  3e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.152204  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0251  lysyl-tRNA synthetase  32.06 
 
 		 499 aa  182  6e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000260184  normal  0.314985 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1681  lysyl-tRNA synthetase  37.43 
 
 		 491 aa  182  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00737  tRNA synthetases class II (D, K and N) subfamily  37.46 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.885463  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3164  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.99 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0465087  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2530  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  37.91 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115251  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0396  lysyl-tRNA synthetase  31.12 
 
 		 499 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0787  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  35.14 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0659  lysyl-tRNA synthetase  31.98 
 
 		 497 aa  180  4e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000863751  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16530  lysyl-tRNA synthetase  34.72 
 
 		 501 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.530256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2045  tRNA synthetase class II (D K and N)  35.88 
 
 		 316 aa  178  1e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0209  lysyl-tRNA synthetase  33.82 
 
 		 495 aa  178  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000164497  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0992  lysyl-tRNA synthetase  32.66 
 
 		 500 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1438  lysyl-tRNA synthetase  34.42 
 
 		 501 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0810  lysyl-tRNA synthetase  31.87 
 
 		 499 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000714975  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0175  lysyl-tRNA synthetase  30.9 
 
 		 510 aa  178  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000127982  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2126  lysine--tRNA ligase  35.48 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.840396  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>