More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1654 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1654  lysine--tRNA ligase  100 
 
 		 348 aa  702    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.693299 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2403  lysine--tRNA ligase  76.25 
 
 		 380 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.550576 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2130  lysine--tRNA ligase  75.29 
 
 		 375 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0478  putative lysyl-tRNA synthetase  75.29 
 
 		 345 aa  488  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181681  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6025  lysyl-tRNA synthetase  67.63 
 
 		 357 aa  456  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.858577  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3798  Lysine--tRNA ligase  65.9 
 
 		 353 aa  456  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00227981  normal  0.497071 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4127  Lysine--tRNA ligase  64.84 
 
 		 353 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.271818 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3477  lysine--tRNA ligase  67.25 
 
 		 350 aa  433  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3193  tRNA synthetase class II (D K and N)  66.47 
 
 		 352 aa  432  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3004  tRNA synthetase class II (D K and N)  65.32 
 
 		 352 aa  425  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0405088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0762  lysine--tRNA ligase  65.71 
 
 		 349 aa  427  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3229  tRNA synthetase class II (D K and N)  64.84 
 
 		 352 aa  425  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1885  tRNA synthetase class II (D K and N)  67.25 
 
 		 350 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.70209  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2739  lysine--tRNA ligase  64.27 
 
 		 351 aa  422  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.525407 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0378  lysine--tRNA ligase  67.43 
 
 		 350 aa  423  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.682721 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0454  Lysine--tRNA ligase  62.65 
 
 		 351 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.444787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2530  lysine--tRNA ligase  62.43 
 
 		 363 aa  390  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.83  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4013  putative lysyl-tRNA synthetase (lysine--tRNA ligase)  60.47 
 
 		 351 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3224  lysine--tRNA ligase  57.35 
 
 		 361 aa  380  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.428603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1642  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  58.41 
 
 		 347 aa  379  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.576369  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2808  lysine--tRNA ligase  58.7 
 
 		 350 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2301  lysine--tRNA ligase  59.59 
 
 		 345 aa  381  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.275563  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2505  lysine--tRNA ligase  59.06 
 
 		 351 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.418111  normal  0.522252 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2793  tRNA synthetase class II (D K and N)  58.6 
 
 		 351 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2955  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  58.43 
 
 		 351 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1078  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  52.56 
 
 		 358 aa  300  2e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2375  lysine--tRNA ligase  48.36 
 
 		 329 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1498  tRNA synthetase class II (D K and N)  46.36 
 
 		 340 aa  252  8.000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.205908  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3867  tRNA synthetase class II (D K and N)  44.41 
 
 		 339 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3783  tRNA synthetase class II (D K and N)  44.41 
 
 		 339 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3726  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  45.34 
 
 		 340 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1839  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  43.58 
 
 		 307 aa  222  6e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000593972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3854  tRNA synthetase class II (D K and N)  43.22 
 
 		 390 aa  213  5.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.64996  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2162  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.63 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1753  lysyl-tRNA synthetase-related protein  41.46 
 
 		 307 aa  206  5e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.032171  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2148  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  38.48 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000938384  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2054  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.33 
 
 		 302 aa  202  5e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2490  hypothetical protein  41.44 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0383  lysyl-tRNA synthetase  39.45 
 
 		 325 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0472  lysyl-tRNA synthetase  38.23 
 
 		 325 aa  193  3e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1764  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  40.8 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.076019  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3757  lysyl-tRNA synthetase  38.23 
 
 		 325 aa  192  9e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0076  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  37.8 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000211286 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3935  lysyl-tRNA synthetase  38.23 
 
 		 325 aa  189  4e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0209  lysyl-tRNA synthetase  37.05 
 
 		 495 aa  189  4e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000164497  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3277  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  36.14 
 
 		 326 aa  189  5.999999999999999e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4705  lysyl-tRNA synthetase  38.65 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4614  lysyl-tRNA synthetase  38.65 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4741  lysyl-tRNA synthetase  38.34 
 
 		 325 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4622  lysyl-tRNA synthetase  38.34 
 
 		 325 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4762  lysyl-tRNA synthetase  38.34 
 
 		 325 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.827317 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0344  lysyl-tRNA synthetase  37.5 
 
 		 325 aa  186  7e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000187091 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1276  lysyl-tRNA synthetase  37.46 
 
 		 323 aa  186  7e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3665  lysyl-tRNA synthetase  36.78 
 
 		 325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0712  lysyl-tRNA synthetase  36.78 
 
 		 325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.292044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3812  lysyl-tRNA synthetase  36.78 
 
 		 325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0420  lysyl-tRNA synthetase  37.08 
 
 		 325 aa  182  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000643447 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0685  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  41.04 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.572683  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04027  lysyl-tRNA synthetase  36.81 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3835  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  36.81 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4626  lysyl-tRNA synthetase  36.81 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0839984 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4399  lysyl-tRNA synthetase  36.81 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4714  lysyl-tRNA synthetase  36.81 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2625  lysyl-tRNA synthetase-related protein  36.72 
 
 		 356 aa  181  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5673  lysyl-tRNA synthetase  36.81 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.17046 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03989  hypothetical protein  36.81 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4687  lysyl-tRNA synthetase  36.81 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.981409  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0078  lysyl-tRNA synthetase  32.42 
 
 		 494 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.312229  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3855  lysyl-tRNA synthetase  36.81 
 
 		 325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00133285 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0251  lysyl-tRNA synthetase  33.23 
 
 		 499 aa  179  4e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000260184  normal  0.314985 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0539  lysyl-tRNA synthetase  32.22 
 
 		 515 aa  180  4e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00455686  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0152  lysyl-tRNA synthetase  35.76 
 
 		 489 aa  180  4e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000016249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0553  lysyl-tRNA synthetase  32.22 
 
 		 515 aa  180  4e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0116888  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03677  lysyl-tRNA synthetase  35.5 
 
 		 322 aa  179  4.999999999999999e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0547578  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0075  lysyl-tRNA synthetase  32.42 
 
 		 494 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0551  lysyl-tRNA synthetase  33.53 
 
 		 498 aa  179  8e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_517  lysyl-tRNA synthetase (class II)  33.24 
 
 		 498 aa  178  1e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.152204  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0156  lysyl-tRNA synthetase  31.91 
 
 		 495 aa  178  1e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.033113  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1647  lysyl-tRNA synthetase  35.98 
 
 		 489 aa  178  1e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0578  lysyl-tRNA synthetase  33.24 
 
 		 498 aa  177  2e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.873191  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1914  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.18 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000371414  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002238  lysyl-tRNA synthetase  35.14 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2229  lysyl-tRNA synthetase  34.86 
 
 		 349 aa  178  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.188508  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0175  lysyl-tRNA synthetase  32.83 
 
 		 510 aa  176  4e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000127982  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00750  Lysyl-tRNA synthetase  32.83 
 
 		 491 aa  176  5e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253681  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0442  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  36.47 
 
 		 327 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0983  lysyl-tRNA synthetase  35.56 
 
 		 496 aa  172  5.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2787  lysyl-tRNA synthetase  36.56 
 
 		 328 aa  172  5.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.638173  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00130  lysyl-tRNA synthetase  34.74 
 
 		 323 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2234  lysyl-tRNA synthetase  33.23 
 
 		 504 aa  172  9e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0396  lysyl-tRNA synthetase  31.42 
 
 		 499 aa  171  2e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0588  lysyl-tRNA synthetase-like GenX  35.76 
 
 		 327 aa  170  4e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  decreased coverage  0.00871089  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0271  lysyl-tRNA synthetase  33.54 
 
 		 508 aa  169  4e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000549631  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2847  lysyl-tRNA synthetase  33.43 
 
 		 484 aa  170  4e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0503  lysyl-tRNA synthetase  32.22 
 
 		 504 aa  169  5e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2271  lysyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 		 491 aa  169  7e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0280  lysyl-tRNA synthetase  32.93 
 
 		 504 aa  169  9e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0337786  hitchhiker  0.000160762 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3556  lysyl-tRNA synthetase  33.74 
 
 		 503 aa  168  1e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000444514  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2781  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  36.94 
 
 		 322 aa  168  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00737  tRNA synthetases class II (D, K and N) subfamily  35.8 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.885463  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>