More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2301 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2301  lysine--tRNA ligase  100 
 
 		 345 aa  694    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.275563  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1642  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  85.01 
 
 		 347 aa  595  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.576369  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2808  lysine--tRNA ligase  73.9 
 
 		 350 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4013  putative lysyl-tRNA synthetase (lysine--tRNA ligase)  75.59 
 
 		 351 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2505  lysine--tRNA ligase  75.51 
 
 		 351 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.418111  normal  0.522252 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2955  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  74.64 
 
 		 351 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2793  tRNA synthetase class II (D K and N)  75.29 
 
 		 351 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4127  Lysine--tRNA ligase  60.29 
 
 		 353 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.271818 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1885  tRNA synthetase class II (D K and N)  63.69 
 
 		 350 aa  412  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.70209  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3798  Lysine--tRNA ligase  60.58 
 
 		 353 aa  414  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00227981  normal  0.497071 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0378  lysine--tRNA ligase  64.37 
 
 		 350 aa  409  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.682721 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6025  lysyl-tRNA synthetase  62.68 
 
 		 357 aa  407  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.858577  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2739  lysine--tRNA ligase  62.97 
 
 		 351 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.525407 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0762  lysine--tRNA ligase  62.87 
 
 		 349 aa  400  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3477  lysine--tRNA ligase  60.23 
 
 		 350 aa  388  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3004  tRNA synthetase class II (D K and N)  61.47 
 
 		 352 aa  389  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0405088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3229  tRNA synthetase class II (D K and N)  61.18 
 
 		 352 aa  386  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3193  tRNA synthetase class II (D K and N)  61.11 
 
 		 352 aa  387  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2530  lysine--tRNA ligase  60.82 
 
 		 363 aa  375  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.83  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0478  putative lysyl-tRNA synthetase  60.88 
 
 		 345 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181681  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2130  lysine--tRNA ligase  60.29 
 
 		 375 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0454  Lysine--tRNA ligase  58.48 
 
 		 351 aa  374  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.444787 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3224  lysine--tRNA ligase  56.43 
 
 		 361 aa  370  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.428603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2403  lysine--tRNA ligase  60.29 
 
 		 380 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.550576 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1654  lysine--tRNA ligase  59.59 
 
 		 348 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.693299 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1078  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  49.3 
 
 		 358 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2375  lysine--tRNA ligase  46.99 
 
 		 329 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1498  tRNA synthetase class II (D K and N)  46.49 
 
 		 340 aa  239  5.999999999999999e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.205908  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3783  tRNA synthetase class II (D K and N)  45.69 
 
 		 339 aa  216  4e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3726  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  46.13 
 
 		 340 aa  216  4e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3867  tRNA synthetase class II (D K and N)  45.48 
 
 		 339 aa  215  9e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1839  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  40.24 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000593972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2054  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.39 
 
 		 302 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2162  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.79 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0076  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  41.59 
 
 		 308 aa  206  6e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000211286 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3854  tRNA synthetase class II (D K and N)  43.22 
 
 		 390 aa  205  9e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.64996  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1753  lysyl-tRNA synthetase-related protein  39.47 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.032171  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2490  hypothetical protein  40.85 
 
 		 304 aa  202  7e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2148  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  37.08 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000938384  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0685  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  40.94 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.572683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1914  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.51 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000371414  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3277  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  36.5 
 
 		 326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2625  lysyl-tRNA synthetase-related protein  37.29 
 
 		 356 aa  182  9.000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1276  lysyl-tRNA synthetase  36.45 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3935  lysyl-tRNA synthetase  35.47 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4622  lysyl-tRNA synthetase  37.04 
 
 		 325 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4762  lysyl-tRNA synthetase  37.04 
 
 		 325 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.827317 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0383  lysyl-tRNA synthetase  35.78 
 
 		 325 aa  177  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4741  lysyl-tRNA synthetase  37.04 
 
 		 325 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3757  lysyl-tRNA synthetase  34.59 
 
 		 325 aa  177  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00737  tRNA synthetases class II (D, K and N) subfamily  39.2 
 
 		 320 aa  176  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.885463  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0344  lysyl-tRNA synthetase  36.73 
 
 		 325 aa  176  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000187091 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4705  lysyl-tRNA synthetase  37.04 
 
 		 325 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4614  lysyl-tRNA synthetase  37.04 
 
 		 325 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3812  lysyl-tRNA synthetase  35.84 
 
 		 325 aa  176  8e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0712  lysyl-tRNA synthetase  35.84 
 
 		 325 aa  176  8e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.292044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3665  lysyl-tRNA synthetase  35.84 
 
 		 325 aa  176  8e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0420  lysyl-tRNA synthetase  36.81 
 
 		 325 aa  175  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000643447 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1233  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.16 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0442  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  34.82 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4170  tRNA synthetase class II (D K and N)  42.12 
 
 		 416 aa  173  3.9999999999999995e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.555556  normal  0.90101 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2229  lysyl-tRNA synthetase  35.38 
 
 		 349 aa  173  5e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.188508  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0472  lysyl-tRNA synthetase  35.09 
 
 		 325 aa  173  5e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2787  lysyl-tRNA synthetase  35.49 
 
 		 328 aa  172  5.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.638173  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3164  tRNA synthetase class II (D K and N)  37.65 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0465087  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1764  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  36.31 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.076019  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04027  lysyl-tRNA synthetase  35.49 
 
 		 325 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3835  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  35.49 
 
 		 325 aa  172  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03989  hypothetical protein  35.49 
 
 		 325 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4714  lysyl-tRNA synthetase  35.49 
 
 		 325 aa  172  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5673  lysyl-tRNA synthetase  35.49 
 
 		 325 aa  172  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.17046 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4399  lysyl-tRNA synthetase  35.49 
 
 		 325 aa  172  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3855  lysyl-tRNA synthetase  35.49 
 
 		 325 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00133285 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4626  lysyl-tRNA synthetase  35.49 
 
 		 325 aa  172  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0839984 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4687  lysyl-tRNA synthetase  35.49 
 
 		 325 aa  172  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.981409  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03677  lysyl-tRNA synthetase  33.04 
 
 		 322 aa  170  4e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0547578  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2530  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  40.06 
 
 		 324 aa  169  7e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115251  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002238  lysyl-tRNA synthetase  34.43 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4763  hypothetical protein  34.97 
 
 		 325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00130  lysyl-tRNA synthetase  34.44 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2045  tRNA synthetase class II (D K and N)  33.23 
 
 		 316 aa  162  6e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2581  Lysine--tRNA ligase  38.15 
 
 		 318 aa  162  8.000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1740  lysine--tRNA ligase  34.15 
 
 		 324 aa  162  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0251  lysyl-tRNA synthetase  32.09 
 
 		 499 aa  160  3e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000260184  normal  0.314985 
 
 
-
 
NC_002936  DET0578  lysyl-tRNA synthetase  32.85 
 
 		 498 aa  160  4e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.873191  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0551  lysyl-tRNA synthetase  33.91 
 
 		 498 aa  160  4e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2126  lysine--tRNA ligase  32.93 
 
 		 316 aa  159  7e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.840396  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2781  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  35.26 
 
 		 322 aa  159  8e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2016  lysyl-tRNA synthetase homolog GenX  32.52 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0046  hypothetical protein  32.52 
 
 		 343 aa  158  2e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0913  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  34.56 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_517  lysyl-tRNA synthetase (class II)  32.85 
 
 		 498 aa  156  6e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.152204  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2207  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  35.24 
 
 		 330 aa  155  7e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1319  hypothetical protein  34.65 
 
 		 329 aa  155  1e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0787  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  33.86 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0949  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  34.48 
 
 		 317 aa  152  7e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000776878  decreased coverage  0.000118121 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1681  lysyl-tRNA synthetase  35.84 
 
 		 491 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0765  lysyl-tRNA synthetase  28.52 
 
 		 312 aa  151  2e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000080763  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0078  lysyl-tRNA synthetase  30.36 
 
 		 494 aa  149  7e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.312229  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0075  lysyl-tRNA synthetase  30.36 
 
 		 494 aa  149  8e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>