More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2375 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_2375  lysine--tRNA ligase  100 
 
 
329 aa  653    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1498  tRNA synthetase class II (D K and N)  61.45 
 
 
340 aa  353  2.9999999999999997e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.205908  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4013  putative lysyl-tRNA synthetase (lysine--tRNA ligase)  48.8 
 
 
351 aa  289  5.0000000000000004e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2808  lysine--tRNA ligase  48.96 
 
 
350 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133874  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2505  lysine--tRNA ligase  50 
 
 
351 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.418111  normal  0.522252 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2793  tRNA synthetase class II (D K and N)  50.3 
 
 
351 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3867  tRNA synthetase class II (D K and N)  53.63 
 
 
339 aa  283  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3798  Lysine--tRNA ligase  48.21 
 
 
353 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00227981  normal  0.497071 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4127  Lysine--tRNA ligase  47.92 
 
 
353 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.271818 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3193  tRNA synthetase class II (D K and N)  49.4 
 
 
352 aa  281  1e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2739  lysine--tRNA ligase  49.7 
 
 
351 aa  280  3e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.525407 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3229  tRNA synthetase class II (D K and N)  48.81 
 
 
352 aa  279  5e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2955  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  48.8 
 
 
351 aa  279  5e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3004  tRNA synthetase class II (D K and N)  48.81 
 
 
352 aa  279  6e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0405088  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3783  tRNA synthetase class II (D K and N)  53 
 
 
339 aa  278  9e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1642  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  47.01 
 
 
347 aa  278  9e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.576369  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0454  Lysine--tRNA ligase  46.87 
 
 
351 aa  276  4e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.444787 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0478  putative lysyl-tRNA synthetase  48.51 
 
 
345 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181681  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2403  lysine--tRNA ligase  48.81 
 
 
380 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.550576 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2301  lysine--tRNA ligase  46.99 
 
 
345 aa  273  3e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.275563  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6025  lysyl-tRNA synthetase  46.73 
 
 
357 aa  272  5.000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.858577  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1654  lysine--tRNA ligase  48.36 
 
 
348 aa  271  9e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.693299 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0378  lysine--tRNA ligase  48.21 
 
 
350 aa  270  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.682721 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2130  lysine--tRNA ligase  47.92 
 
 
375 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0762  lysine--tRNA ligase  48.21 
 
 
349 aa  269  5e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1885  tRNA synthetase class II (D K and N)  48.21 
 
 
350 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.70209  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3726  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  53.31 
 
 
340 aa  269  5.9999999999999995e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3224  lysine--tRNA ligase  47.16 
 
 
361 aa  268  1e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.428603  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1078  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  47.54 
 
 
358 aa  263  3e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3854  tRNA synthetase class II (D K and N)  50.48 
 
 
390 aa  260  3e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.64996  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2530  lysine--tRNA ligase  48.07 
 
 
363 aa  250  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.83  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3477  lysine--tRNA ligase  48.38 
 
 
350 aa  248  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2162  tRNA synthetase class II (D K and N)  42.72 
 
 
305 aa  231  1e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1839  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  43.69 
 
 
307 aa  231  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000593972  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2490  hypothetical protein  44.06 
 
 
304 aa  230  3e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4705  lysyl-tRNA synthetase  41.16 
 
 
325 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4614  lysyl-tRNA synthetase  41.16 
 
 
325 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2054  tRNA synthetase class II (D K and N)  42.81 
 
 
302 aa  229  5e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4741  lysyl-tRNA synthetase  41.16 
 
 
325 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4622  lysyl-tRNA synthetase  41.16 
 
 
325 aa  228  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4762  lysyl-tRNA synthetase  41.16 
 
 
325 aa  228  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.827317 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4714  lysyl-tRNA synthetase  40.55 
 
 
325 aa  227  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04027  lysyl-tRNA synthetase  40.55 
 
 
325 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3835  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  40.55 
 
 
325 aa  227  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4626  lysyl-tRNA synthetase  40.55 
 
 
325 aa  227  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0839984 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4399  lysyl-tRNA synthetase  40.55 
 
 
325 aa  227  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5673  lysyl-tRNA synthetase  40.55 
 
 
325 aa  227  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.17046 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03989  hypothetical protein  40.55 
 
 
325 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4687  lysyl-tRNA synthetase  40.55 
 
 
325 aa  227  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.981409  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3855  lysyl-tRNA synthetase  40.55 
 
 
325 aa  226  3e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00133285 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3757  lysyl-tRNA synthetase  41.95 
 
 
325 aa  222  6e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0344  lysyl-tRNA synthetase  39.94 
 
 
325 aa  222  6e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  unclonable  0.00000187091 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2148  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  41.8 
 
 
307 aa  222  8e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000938384  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1753  lysyl-tRNA synthetase-related protein  43.91 
 
 
307 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.032171  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2045  tRNA synthetase class II (D K and N)  43.63 
 
 
316 aa  221  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3935  lysyl-tRNA synthetase  41.34 
 
 
325 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0472  lysyl-tRNA synthetase  41.16 
 
 
325 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0712  lysyl-tRNA synthetase  40.24 
 
 
325 aa  219  5e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.292044  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3665  lysyl-tRNA synthetase  40.24 
 
 
325 aa  219  5e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3812  lysyl-tRNA synthetase  40.24 
 
 
325 aa  219  5e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3277  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  39.09 
 
 
326 aa  219  6e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680936  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0383  lysyl-tRNA synthetase  42.3 
 
 
325 aa  219  6e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00737  tRNA synthetases class II (D, K and N) subfamily  43.12 
 
 
320 aa  217  2e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.885463  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2126  lysine--tRNA ligase  42.99 
 
 
316 aa  217  2.9999999999999998e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.840396  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1276  lysyl-tRNA synthetase  39.33 
 
 
323 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0420  lysyl-tRNA synthetase  40.24 
 
 
325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000643447 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0442  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  38.41 
 
 
327 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0076  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  42.72 
 
 
308 aa  210  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000211286 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4763  hypothetical protein  39.81 
 
 
325 aa  208  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2625  lysyl-tRNA synthetase-related protein  41.9 
 
 
356 aa  208  1e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2229  lysyl-tRNA synthetase  40.36 
 
 
349 aa  208  1e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.188508  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2787  lysyl-tRNA synthetase  38.55 
 
 
328 aa  202  4e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.638173  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0765  lysyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
312 aa  202  5e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000080763  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1914  tRNA synthetase class II (D K and N)  42.14 
 
 
302 aa  202  7e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000371414  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00130  lysyl-tRNA synthetase  39.51 
 
 
323 aa  202  7e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2781  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  41.07 
 
 
322 aa  200  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002238  lysyl-tRNA synthetase  39.08 
 
 
323 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0685  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  43.75 
 
 
314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.572683  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2581  Lysine--tRNA ligase  42.01 
 
 
318 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03677  lysyl-tRNA synthetase  38.87 
 
 
322 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0547578  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1764  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  40.58 
 
 
301 aa  194  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.076019  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2207  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.62 
 
 
330 aa  194  2e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0913  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  37.58 
 
 
320 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1740  lysine--tRNA ligase  37.01 
 
 
324 aa  191  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1233  tRNA synthetase class II (D K and N)  42.95 
 
 
299 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2016  lysyl-tRNA synthetase homolog GenX  33.94 
 
 
321 aa  189  5e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0046  hypothetical protein  33.94 
 
 
343 aa  189  7e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2530  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  40.55 
 
 
324 aa  188  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115251  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1319  hypothetical protein  40.19 
 
 
329 aa  187  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3164  tRNA synthetase class II (D K and N)  37.69 
 
 
301 aa  187  3e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0465087  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0787  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  36.31 
 
 
309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0869  lysyl-tRNA synthetase-related protein  35.44 
 
 
309 aa  182  6e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.584702  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0659  lysyl-tRNA synthetase  33.54 
 
 
497 aa  182  1e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000863751  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4170  tRNA synthetase class II (D K and N)  42.53 
 
 
416 aa  179  4e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.555556  normal  0.90101 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0588  lysyl-tRNA synthetase-like GenX  34.45 
 
 
327 aa  180  4e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  decreased coverage  0.00871089  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0273  putative lysyl-tRNA synthetase, class II  36.45 
 
 
342 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1647  lysyl-tRNA synthetase  34.38 
 
 
489 aa  174  9.999999999999999e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0551  lysyl-tRNA synthetase  33.84 
 
 
498 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0152  lysyl-tRNA synthetase  34.8 
 
 
489 aa  174  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000016249  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_517  lysyl-tRNA synthetase (class II)  33.84 
 
 
498 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.152204  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>