More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3277 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_3277  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  100 
 
 
326 aa  674    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680936  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002238  lysyl-tRNA synthetase  59.81 
 
 
323 aa  402  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2229  lysyl-tRNA synthetase  60.94 
 
 
349 aa  402  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.188508  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3812  lysyl-tRNA synthetase  58.9 
 
 
325 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3665  lysyl-tRNA synthetase  58.9 
 
 
325 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0712  lysyl-tRNA synthetase  58.9 
 
 
325 aa  395  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.292044  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00130  lysyl-tRNA synthetase  59.81 
 
 
323 aa  397  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0472  lysyl-tRNA synthetase  59.63 
 
 
325 aa  395  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2787  lysyl-tRNA synthetase  58.9 
 
 
328 aa  395  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.638173  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0383  lysyl-tRNA synthetase  57.19 
 
 
325 aa  391  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4741  lysyl-tRNA synthetase  58.28 
 
 
325 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4705  lysyl-tRNA synthetase  58.59 
 
 
325 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4622  lysyl-tRNA synthetase  58.59 
 
 
325 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4614  lysyl-tRNA synthetase  58.59 
 
 
325 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4762  lysyl-tRNA synthetase  58.59 
 
 
325 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.827317 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3935  lysyl-tRNA synthetase  57.06 
 
 
325 aa  389  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3757  lysyl-tRNA synthetase  57.06 
 
 
325 aa  385  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04027  lysyl-tRNA synthetase  57.67 
 
 
325 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3835  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  57.67 
 
 
325 aa  382  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4714  lysyl-tRNA synthetase  57.67 
 
 
325 aa  382  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0420  lysyl-tRNA synthetase  57.06 
 
 
325 aa  384  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000643447 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4399  lysyl-tRNA synthetase  57.67 
 
 
325 aa  382  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4626  lysyl-tRNA synthetase  57.67 
 
 
325 aa  382  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0839984 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03989  hypothetical protein  57.67 
 
 
325 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3855  lysyl-tRNA synthetase  57.67 
 
 
325 aa  382  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00133285 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4687  lysyl-tRNA synthetase  57.67 
 
 
325 aa  382  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.981409  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5673  lysyl-tRNA synthetase  57.67 
 
 
325 aa  382  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.17046 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0344  lysyl-tRNA synthetase  56.75 
 
 
325 aa  377  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  unclonable  0.00000187091 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0442  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  55.69 
 
 
327 aa  374  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1276  lysyl-tRNA synthetase  56.92 
 
 
323 aa  357  1.9999999999999998e-97  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03677  lysyl-tRNA synthetase  56.13 
 
 
322 aa  345  6e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0547578  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4763  hypothetical protein  51.83 
 
 
325 aa  334  2e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0046  hypothetical protein  51.38 
 
 
343 aa  321  9.999999999999999e-87  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2016  lysyl-tRNA synthetase homolog GenX  51.38 
 
 
321 aa  320  1.9999999999999998e-86  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0913  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  51.53 
 
 
320 aa  313  1.9999999999999998e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0658  hypothetical protein  50.77 
 
 
317 aa  307  2.0000000000000002e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0642  hypothetical protein  50.77 
 
 
317 aa  306  3e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2625  lysyl-tRNA synthetase-related protein  49.85 
 
 
356 aa  305  6e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0588  lysyl-tRNA synthetase-like GenX  49.85 
 
 
327 aa  299  4e-80  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  decreased coverage  0.00871089  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2781  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  45.71 
 
 
322 aa  274  2.0000000000000002e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2045  tRNA synthetase class II (D K and N)  45.03 
 
 
316 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0685  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  45.79 
 
 
314 aa  268  1e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.572683  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1233  tRNA synthetase class II (D K and N)  46.56 
 
 
299 aa  265  8e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2126  lysine--tRNA ligase  44.41 
 
 
316 aa  264  2e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.840396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2530  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  44.92 
 
 
324 aa  255  6e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115251  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00737  tRNA synthetases class II (D, K and N) subfamily  41.43 
 
 
320 aa  249  4e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.885463  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1319  hypothetical protein  43.84 
 
 
329 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2207  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  40.37 
 
 
330 aa  241  2e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1740  lysine--tRNA ligase  39.09 
 
 
324 aa  236  3e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2581  Lysine--tRNA ligase  42.37 
 
 
318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0299  lysine--tRNA ligase  40.12 
 
 
340 aa  232  8.000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.631971 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0273  putative lysyl-tRNA synthetase, class II  38.69 
 
 
342 aa  228  1e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1083  serine/threonine protein kinase  41.25 
 
 
325 aa  227  2e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.712957  normal  0.182317 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0949  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.88 
 
 
317 aa  226  3e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000776878  decreased coverage  0.000118121 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2375  lysine--tRNA ligase  39.09 
 
 
329 aa  219  6e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0466  Lysine--tRNA ligase  40.54 
 
 
321 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.828924 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1839  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  35.89 
 
 
307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000593972  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0597  Lysine--tRNA ligase  39.03 
 
 
356 aa  206  5e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0744336  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1978  lysine--tRNA ligase  39.94 
 
 
316 aa  205  7e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3229  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.39 
 
 
352 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2162  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.89 
 
 
305 aa  203  3e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2739  lysine--tRNA ligase  37.92 
 
 
351 aa  203  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.525407 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3004  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.39 
 
 
352 aa  203  3e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0405088  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3193  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.39 
 
 
352 aa  202  5e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3164  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.8 
 
 
301 aa  202  9e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0465087  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0076  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  35.74 
 
 
308 aa  200  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000211286 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2148  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  37.46 
 
 
307 aa  198  9e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000938384  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0869  lysyl-tRNA synthetase-related protein  36.45 
 
 
309 aa  197  3e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.584702  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1885  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.17 
 
 
350 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.70209  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2808  lysine--tRNA ligase  34.81 
 
 
350 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133874  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2054  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.78 
 
 
302 aa  196  6e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0378  lysine--tRNA ligase  37.84 
 
 
350 aa  195  9e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.682721 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1498  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.02 
 
 
340 aa  194  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.205908  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2490  hypothetical protein  37.27 
 
 
304 aa  194  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1764  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  38.46 
 
 
301 aa  192  6e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.076019  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4013  putative lysyl-tRNA synthetase (lysine--tRNA ligase)  36.07 
 
 
351 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1642  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  36.17 
 
 
347 aa  191  1e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.576369  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4127  Lysine--tRNA ligase  34.99 
 
 
353 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.271818 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0762  lysine--tRNA ligase  36.21 
 
 
349 aa  189  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3854  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.22 
 
 
390 aa  190  4e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.64996  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3867  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.09 
 
 
339 aa  189  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1753  lysyl-tRNA synthetase-related protein  36.89 
 
 
307 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.032171  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3783  tRNA synthetase class II (D K and N)  35.78 
 
 
339 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_772  lysyl-tRNA synthetase, truncated  34.12 
 
 
309 aa  187  2e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2793  tRNA synthetase class II (D K and N)  34.76 
 
 
351 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0454  Lysine--tRNA ligase  35.67 
 
 
351 aa  185  7e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.444787 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0787  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  34.42 
 
 
309 aa  185  8e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0478  putative lysyl-tRNA synthetase  35.78 
 
 
345 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181681  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3798  Lysine--tRNA ligase  34.69 
 
 
353 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00227981  normal  0.497071 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6025  lysyl-tRNA synthetase  35.09 
 
 
357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.858577  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2301  lysine--tRNA ligase  36.5 
 
 
345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.275563  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3224  lysine--tRNA ligase  35.87 
 
 
361 aa  182  6e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.428603  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2130  lysine--tRNA ligase  36.17 
 
 
375 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1078  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  36.86 
 
 
358 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2955  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  35.14 
 
 
351 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1914  tRNA synthetase class II (D K and N)  37.54 
 
 
302 aa  181  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000371414  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2505  lysine--tRNA ligase  33.63 
 
 
351 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.418111  normal  0.522252 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2403  lysine--tRNA ligase  36.47 
 
 
380 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.550576 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3726  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  35.24 
 
 
340 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2530  lysine--tRNA ligase  36.56 
 
 
363 aa  179  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.83  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>