More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002238 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00130  lysyl-tRNA synthetase  93.19 
 
 		 323 aa  635    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002238  lysyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 323 aa  672    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2229  lysyl-tRNA synthetase  82.61 
 
 		 349 aa  566  1e-160  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.188508  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2787  lysyl-tRNA synthetase  81.07 
 
 		 328 aa  541  1e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.638173  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0712  lysyl-tRNA synthetase  63.75 
 
 		 325 aa  431  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.292044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3812  lysyl-tRNA synthetase  63.75 
 
 		 325 aa  431  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3665  lysyl-tRNA synthetase  63.75 
 
 		 325 aa  431  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0420  lysyl-tRNA synthetase  63.61 
 
 		 325 aa  426  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000643447 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0383  lysyl-tRNA synthetase  63.61 
 
 		 325 aa  423  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04027  lysyl-tRNA synthetase  62.22 
 
 		 325 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3835  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  62.22 
 
 		 325 aa  420  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4687  lysyl-tRNA synthetase  62.22 
 
 		 325 aa  420  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.981409  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4399  lysyl-tRNA synthetase  62.22 
 
 		 325 aa  420  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3855  lysyl-tRNA synthetase  62.22 
 
 		 325 aa  419  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00133285 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03989  hypothetical protein  62.22 
 
 		 325 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5673  lysyl-tRNA synthetase  62.22 
 
 		 325 aa  420  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.17046 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4741  lysyl-tRNA synthetase  63.17 
 
 		 325 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4705  lysyl-tRNA synthetase  62.86 
 
 		 325 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4714  lysyl-tRNA synthetase  62.22 
 
 		 325 aa  420  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4762  lysyl-tRNA synthetase  62.86 
 
 		 325 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.827317 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4626  lysyl-tRNA synthetase  62.22 
 
 		 325 aa  420  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0839984 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4614  lysyl-tRNA synthetase  62.86 
 
 		 325 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4622  lysyl-tRNA synthetase  62.86 
 
 		 325 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0472  lysyl-tRNA synthetase  63.61 
 
 		 325 aa  421  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3757  lysyl-tRNA synthetase  62.66 
 
 		 325 aa  414  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3935  lysyl-tRNA synthetase  61.71 
 
 		 325 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0344  lysyl-tRNA synthetase  62.22 
 
 		 325 aa  414  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000187091 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3277  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  59.81 
 
 		 326 aa  402  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0442  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  56.96 
 
 		 327 aa  380  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1276  lysyl-tRNA synthetase  55.66 
 
 		 323 aa  353  1e-96  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03677  lysyl-tRNA synthetase  56.65 
 
 		 322 aa  348  7e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0547578  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2016  lysyl-tRNA synthetase homolog GenX  53.89 
 
 		 321 aa  333  2e-90  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0046  hypothetical protein  53.89 
 
 		 343 aa  333  2e-90  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4763  hypothetical protein  51.41 
 
 		 325 aa  328  1.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0588  lysyl-tRNA synthetase-like GenX  50.16 
 
 		 327 aa  302  4.0000000000000003e-81  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  decreased coverage  0.00871089  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2625  lysyl-tRNA synthetase-related protein  49.38 
 
 		 356 aa  299  5e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0642  hypothetical protein  48.75 
 
 		 317 aa  295  5e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0913  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  49.37 
 
 		 320 aa  295  7e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0658  hypothetical protein  48.44 
 
 		 317 aa  293  3e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1319  hypothetical protein  46.75 
 
 		 329 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2781  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  46.42 
 
 		 322 aa  280  2e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2530  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  47.24 
 
 		 324 aa  270  2e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115251  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1233  tRNA synthetase class II (D K and N)  48.68 
 
 		 299 aa  268  8e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0685  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  47.63 
 
 		 314 aa  268  1e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.572683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1740  lysine--tRNA ligase  41.82 
 
 		 324 aa  256  3e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2207  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  44.69 
 
 		 330 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2045  tRNA synthetase class II (D K and N)  45.54 
 
 		 316 aa  253  4.0000000000000004e-66  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2126  lysine--tRNA ligase  45.22 
 
 		 316 aa  250  2e-65  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.840396  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0949  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  45.43 
 
 		 317 aa  249  5e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000776878  decreased coverage  0.000118121 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00737  tRNA synthetases class II (D, K and N) subfamily  44.55 
 
 		 320 aa  247  2e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.885463  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1083  serine/threonine protein kinase  42.77 
 
 		 325 aa  240  2.9999999999999997e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.712957  normal  0.182317 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0466  Lysine--tRNA ligase  43.56 
 
 		 321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.828924 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2581  Lysine--tRNA ligase  43.26 
 
 		 318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1978  lysine--tRNA ligase  44.04 
 
 		 316 aa  224  1e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0299  lysine--tRNA ligase  40.61 
 
 		 340 aa  223  3e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.631971 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0273  putative lysyl-tRNA synthetase, class II  38.3 
 
 		 342 aa  220  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1839  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.06 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000593972  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0597  Lysine--tRNA ligase  37.93 
 
 		 356 aa  208  8e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0744336  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2490  hypothetical protein  38.68 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2375  lysine--tRNA ligase  39.08 
 
 		 329 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0076  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  38.14 
 
 		 308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000211286 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3229  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.81 
 
 		 352 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1078  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  37.65 
 
 		 358 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3004  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.81 
 
 		 352 aa  194  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0405088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3193  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.07 
 
 		 352 aa  192  4e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1498  tRNA synthetase class II (D K and N)  41.51 
 
 		 340 aa  192  6e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.205908  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2739  lysine--tRNA ligase  37.88 
 
 		 351 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.525407 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0454  Lysine--tRNA ligase  35.59 
 
 		 351 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.444787 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1764  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  38.28 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.076019  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3164  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.31 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0465087  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3224  lysine--tRNA ligase  38.3 
 
 		 361 aa  189  5.999999999999999e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.428603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2148  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  35 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000938384  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3867  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.53 
 
 		 339 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3783  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.53 
 
 		 339 aa  186  6e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4127  Lysine--tRNA ligase  36.73 
 
 		 353 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.271818 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0478  putative lysyl-tRNA synthetase  36.36 
 
 		 345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181681  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2054  tRNA synthetase class II (D K and N)  35.44 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1667  lysyl-tRNA synthetase  34.69 
 
 		 515 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.208313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2808  lysine--tRNA ligase  35.1 
 
 		 350 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133874  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2162  tRNA synthetase class II (D K and N)  34.29 
 
 		 305 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2130  lysine--tRNA ligase  36.07 
 
 		 375 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6025  lysyl-tRNA synthetase  36.05 
 
 		 357 aa  180  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.858577  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3726  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  34.78 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2331  lysyl-tRNA synthetase  33.74 
 
 		 514 aa  181  2e-44  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3798  Lysine--tRNA ligase  34.69 
 
 		 353 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00227981  normal  0.497071 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1753  lysyl-tRNA synthetase-related protein  37.73 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.032171  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3854  tRNA synthetase class II (D K and N)  35.24 
 
 		 390 aa  179  7e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.64996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1885  tRNA synthetase class II (D K and N)  35.48 
 
 		 350 aa  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.70209  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2530  lysine--tRNA ligase  34.8 
 
 		 363 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.83  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4013  putative lysyl-tRNA synthetase (lysine--tRNA ligase)  36.34 
 
 		 351 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2403  lysine--tRNA ligase  36.66 
 
 		 380 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.550576 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1642  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  36.01 
 
 		 347 aa  175  9e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.576369  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2341  lysyl-tRNA synthetase  35.05 
 
 		 508 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2505  lysine--tRNA ligase  33.04 
 
 		 351 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.418111  normal  0.522252 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0378  lysine--tRNA ligase  34.02 
 
 		 350 aa  173  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.682721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2793  tRNA synthetase class II (D K and N)  35.06 
 
 		 351 aa  172  5e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0762  lysine--tRNA ligase  34.81 
 
 		 349 aa  172  6.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2955  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  36 
 
 		 351 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1914  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.24 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000371414  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1654  lysine--tRNA ligase  35.14 
 
 		 348 aa  166  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.693299 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>