More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2793 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2793  tRNA synthetase class II (D K and N)  100 
 
 
351 aa  701    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2955  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  81.09 
 
 
351 aa  547  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2505  lysine--tRNA ligase  81.38 
 
 
351 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.418111  normal  0.522252 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1642  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  75.15 
 
 
347 aa  518  1e-146  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.576369  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4013  putative lysyl-tRNA synthetase (lysine--tRNA ligase)  75.07 
 
 
351 aa  517  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2301  lysine--tRNA ligase  75.87 
 
 
345 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.275563  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2808  lysine--tRNA ligase  73.28 
 
 
350 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133874  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0762  lysine--tRNA ligase  66.57 
 
 
349 aa  427  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2739  lysine--tRNA ligase  63.58 
 
 
351 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.525407 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3798  Lysine--tRNA ligase  60.86 
 
 
353 aa  411  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00227981  normal  0.497071 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4127  Lysine--tRNA ligase  59.71 
 
 
353 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.271818 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1885  tRNA synthetase class II (D K and N)  64.33 
 
 
350 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.70209  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3193  tRNA synthetase class II (D K and N)  62.43 
 
 
352 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0378  lysine--tRNA ligase  64.33 
 
 
350 aa  404  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.682721 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2530  lysine--tRNA ligase  63.29 
 
 
363 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.83  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3004  tRNA synthetase class II (D K and N)  61.92 
 
 
352 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0405088  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3229  tRNA synthetase class II (D K and N)  61.63 
 
 
352 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6025  lysyl-tRNA synthetase  60.23 
 
 
357 aa  394  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.858577  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3477  lysine--tRNA ligase  61.63 
 
 
350 aa  395  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2403  lysine--tRNA ligase  63.16 
 
 
380 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.550576 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0454  Lysine--tRNA ligase  58.26 
 
 
351 aa  386  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.444787 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0478  putative lysyl-tRNA synthetase  62.35 
 
 
345 aa  388  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181681  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2130  lysine--tRNA ligase  61.76 
 
 
375 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1654  lysine--tRNA ligase  58.89 
 
 
348 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.693299 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3224  lysine--tRNA ligase  56.56 
 
 
361 aa  361  8e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.428603  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2375  lysine--tRNA ligase  51.2 
 
 
329 aa  292  6e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1078  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  51.14 
 
 
358 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1498  tRNA synthetase class II (D K and N)  48.12 
 
 
340 aa  252  5.000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.205908  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1839  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  42.64 
 
 
307 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000593972  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3854  tRNA synthetase class II (D K and N)  49.05 
 
 
390 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.64996  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2162  tRNA synthetase class II (D K and N)  42.28 
 
 
305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3783  tRNA synthetase class II (D K and N)  47.04 
 
 
339 aa  229  5e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2054  tRNA synthetase class II (D K and N)  42.59 
 
 
302 aa  229  5e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3867  tRNA synthetase class II (D K and N)  46.73 
 
 
339 aa  229  6e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3726  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  47.66 
 
 
340 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2148  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  38.6 
 
 
307 aa  218  2e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000938384  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0076  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  42.77 
 
 
308 aa  216  5e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000211286 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1753  lysyl-tRNA synthetase-related protein  41.18 
 
 
307 aa  206  6e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.032171  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2490  hypothetical protein  42.07 
 
 
304 aa  206  7e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1764  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.69 
 
 
301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.076019  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1914  tRNA synthetase class II (D K and N)  40.49 
 
 
302 aa  197  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000371414  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0685  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  42.09 
 
 
314 aa  197  3e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.572683  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3277  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  34.85 
 
 
326 aa  191  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680936  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2229  lysyl-tRNA synthetase  37.2 
 
 
349 aa  188  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.188508  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0442  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  35.92 
 
 
327 aa  188  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1233  tRNA synthetase class II (D K and N)  40.95 
 
 
299 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3164  tRNA synthetase class II (D K and N)  40.12 
 
 
301 aa  186  4e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0465087  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4741  lysyl-tRNA synthetase  37 
 
 
325 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4622  lysyl-tRNA synthetase  37 
 
 
325 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4762  lysyl-tRNA synthetase  37 
 
 
325 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.827317 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4614  lysyl-tRNA synthetase  36.7 
 
 
325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4170  tRNA synthetase class II (D K and N)  44.52 
 
 
416 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.555556  normal  0.90101 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4705  lysyl-tRNA synthetase  36.7 
 
 
325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04027  lysyl-tRNA synthetase  35.78 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3835  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  35.78 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4687  lysyl-tRNA synthetase  35.78 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.981409  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4399  lysyl-tRNA synthetase  35.78 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5673  lysyl-tRNA synthetase  35.78 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.17046 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0344  lysyl-tRNA synthetase  36.56 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  unclonable  0.00000187091 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4714  lysyl-tRNA synthetase  35.78 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4626  lysyl-tRNA synthetase  35.78 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0839984 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03989  hypothetical protein  35.78 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3855  lysyl-tRNA synthetase  35.78 
 
 
325 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00133285 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2787  lysyl-tRNA synthetase  35.67 
 
 
328 aa  182  7e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.638173  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002238  lysyl-tRNA synthetase  36.23 
 
 
323 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2625  lysyl-tRNA synthetase-related protein  36.69 
 
 
356 aa  182  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00737  tRNA synthetases class II (D, K and N) subfamily  39.25 
 
 
320 aa  181  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.885463  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3935  lysyl-tRNA synthetase  37.96 
 
 
325 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1276  lysyl-tRNA synthetase  35.19 
 
 
323 aa  179  9e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2016  lysyl-tRNA synthetase homolog GenX  33.13 
 
 
321 aa  178  1e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0046  hypothetical protein  33.13 
 
 
343 aa  178  1e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0420  lysyl-tRNA synthetase  35.38 
 
 
325 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000643447 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0383  lysyl-tRNA synthetase  37.85 
 
 
325 aa  177  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00130  lysyl-tRNA synthetase  34 
 
 
323 aa  177  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3757  lysyl-tRNA synthetase  36.73 
 
 
325 aa  176  5e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0472  lysyl-tRNA synthetase  35.58 
 
 
325 aa  176  6e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0787  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  36.76 
 
 
309 aa  176  7e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0551  lysyl-tRNA synthetase  34.67 
 
 
498 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0578  lysyl-tRNA synthetase  34.86 
 
 
498 aa  172  7.999999999999999e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.873191  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0712  lysyl-tRNA synthetase  34.46 
 
 
325 aa  171  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.292044  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2045  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.45 
 
 
316 aa  171  1e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3665  lysyl-tRNA synthetase  34.46 
 
 
325 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3812  lysyl-tRNA synthetase  34.46 
 
 
325 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03677  lysyl-tRNA synthetase  37.04 
 
 
322 aa  171  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0547578  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2581  Lysine--tRNA ligase  39.48 
 
 
318 aa  170  4e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_517  lysyl-tRNA synthetase (class II)  34.57 
 
 
498 aa  168  1e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.152204  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2126  lysine--tRNA ligase  35.83 
 
 
316 aa  168  1e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.840396  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0659  lysyl-tRNA synthetase  31.71 
 
 
497 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000863751  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0209  lysyl-tRNA synthetase  34.2 
 
 
495 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000164497  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1248  lysyl-tRNA synthetase  31.41 
 
 
494 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.88178e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0869  lysyl-tRNA synthetase-related protein  34.58 
 
 
309 aa  164  3e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.584702  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0251  lysyl-tRNA synthetase  31.03 
 
 
499 aa  164  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000260184  normal  0.314985 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1740  lysine--tRNA ligase  35.28 
 
 
324 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2781  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  37.61 
 
 
322 aa  163  5.0000000000000005e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0913  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  35.76 
 
 
320 aa  162  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0726  lysyl-tRNA synthetase  34.3 
 
 
504 aa  162  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000447446  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0156  lysyl-tRNA synthetase  31.61 
 
 
495 aa  161  2e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.033113  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_772  lysyl-tRNA synthetase, truncated  34.27 
 
 
309 aa  161  2e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0078  lysyl-tRNA synthetase  31.61 
 
 
494 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.312229  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2530  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  38.46 
 
 
324 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115251  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>