More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0454 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0454  Lysine--tRNA ligase  100 
 
 		 351 aa  709    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.444787 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3224  lysine--tRNA ligase  64.33 
 
 		 361 aa  441  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.428603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3798  Lysine--tRNA ligase  62.1 
 
 		 353 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00227981  normal  0.497071 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6025  lysyl-tRNA synthetase  60.98 
 
 		 357 aa  432  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.858577  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4127  Lysine--tRNA ligase  61.63 
 
 		 353 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.271818 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2739  lysine--tRNA ligase  62.11 
 
 		 351 aa  426  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.525407 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3193  tRNA synthetase class II (D K and N)  63.43 
 
 		 352 aa  424  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0762  lysine--tRNA ligase  64.83 
 
 		 349 aa  424  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3477  lysine--tRNA ligase  61.67 
 
 		 350 aa  424  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3229  tRNA synthetase class II (D K and N)  63.4 
 
 		 352 aa  420  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3004  tRNA synthetase class II (D K and N)  63.29 
 
 		 352 aa  418  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0405088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1885  tRNA synthetase class II (D K and N)  64.35 
 
 		 350 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.70209  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1654  lysine--tRNA ligase  62.65 
 
 		 348 aa  412  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.693299 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0378  lysine--tRNA ligase  64.83 
 
 		 350 aa  410  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.682721 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2130  lysine--tRNA ligase  61.76 
 
 		 375 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2403  lysine--tRNA ligase  61.4 
 
 		 380 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.550576 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0478  putative lysyl-tRNA synthetase  61.76 
 
 		 345 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181681  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4013  putative lysyl-tRNA synthetase (lysine--tRNA ligase)  59.18 
 
 		 351 aa  391  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2301  lysine--tRNA ligase  58.48 
 
 		 345 aa  385  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.275563  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2808  lysine--tRNA ligase  56.89 
 
 		 350 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2505  lysine--tRNA ligase  58.77 
 
 		 351 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.418111  normal  0.522252 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1642  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  56.73 
 
 		 347 aa  379  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.576369  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2793  tRNA synthetase class II (D K and N)  56.81 
 
 		 351 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2955  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  59.24 
 
 		 351 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2530  lysine--tRNA ligase  59.48 
 
 		 363 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.83  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1078  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  52.42 
 
 		 358 aa  320  3e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2375  lysine--tRNA ligase  46.87 
 
 		 329 aa  281  9e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3867  tRNA synthetase class II (D K and N)  45.51 
 
 		 339 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3783  tRNA synthetase class II (D K and N)  45.51 
 
 		 339 aa  235  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3726  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  44.1 
 
 		 340 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1498  tRNA synthetase class II (D K and N)  42.25 
 
 		 340 aa  228  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.205908  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3854  tRNA synthetase class II (D K and N)  43.96 
 
 		 390 aa  223  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.64996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2490  hypothetical protein  42.34 
 
 		 304 aa  219  7e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1753  lysyl-tRNA synthetase-related protein  40.82 
 
 		 307 aa  205  8e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.032171  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2148  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  38.18 
 
 		 307 aa  205  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000938384  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0383  lysyl-tRNA synthetase  39.38 
 
 		 325 aa  202  8e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1839  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.29 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000593972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002238  lysyl-tRNA synthetase  35.88 
 
 		 323 aa  198  9e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0472  lysyl-tRNA synthetase  38.25 
 
 		 325 aa  196  5.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2625  lysyl-tRNA synthetase-related protein  38.46 
 
 		 356 aa  196  7e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2162  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.72 
 
 		 305 aa  195  9e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0442  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  36.23 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0076  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  38.97 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000211286 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1764  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  38.96 
 
 		 301 aa  193  4e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.076019  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2054  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.02 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3277  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  35.67 
 
 		 326 aa  192  9e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3935  lysyl-tRNA synthetase  37.22 
 
 		 325 aa  192  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0344  lysyl-tRNA synthetase  36.7 
 
 		 325 aa  191  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000187091 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0712  lysyl-tRNA synthetase  36.39 
 
 		 325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.292044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3812  lysyl-tRNA synthetase  36.39 
 
 		 325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3665  lysyl-tRNA synthetase  36.39 
 
 		 325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0685  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  40.19 
 
 		 314 aa  189  7e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.572683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4687  lysyl-tRNA synthetase  35.36 
 
 		 325 aa  188  9e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.981409  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04027  lysyl-tRNA synthetase  35.36 
 
 		 325 aa  188  9e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3835  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  35.36 
 
 		 325 aa  188  9e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03989  hypothetical protein  35.36 
 
 		 325 aa  188  9e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4714  lysyl-tRNA synthetase  35.36 
 
 		 325 aa  188  9e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5673  lysyl-tRNA synthetase  35.36 
 
 		 325 aa  188  9e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.17046 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3757  lysyl-tRNA synthetase  36.45 
 
 		 325 aa  189  9e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4626  lysyl-tRNA synthetase  35.36 
 
 		 325 aa  188  9e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0839984 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4399  lysyl-tRNA synthetase  35.36 
 
 		 325 aa  188  9e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3855  lysyl-tRNA synthetase  35.36 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00133285 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4741  lysyl-tRNA synthetase  36.39 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4614  lysyl-tRNA synthetase  36.39 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4622  lysyl-tRNA synthetase  36.39 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0420  lysyl-tRNA synthetase  35.84 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000643447 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4762  lysyl-tRNA synthetase  36.39 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.827317 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4705  lysyl-tRNA synthetase  36.39 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00130  lysyl-tRNA synthetase  35 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2229  lysyl-tRNA synthetase  35.54 
 
 		 349 aa  187  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.188508  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1276  lysyl-tRNA synthetase  36.12 
 
 		 323 aa  186  5e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1914  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.53 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000371414  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2787  lysyl-tRNA synthetase  34.58 
 
 		 328 aa  182  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.638173  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1740  lysine--tRNA ligase  36.47 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2781  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  33.71 
 
 		 322 aa  177  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03677  lysyl-tRNA synthetase  34.59 
 
 		 322 aa  175  9e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0547578  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_517  lysyl-tRNA synthetase (class II)  32.84 
 
 		 498 aa  170  4e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.152204  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2847  lysyl-tRNA synthetase  35.71 
 
 		 484 aa  169  7e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1681  lysyl-tRNA synthetase  36.89 
 
 		 491 aa  168  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_002936  DET0578  lysyl-tRNA synthetase  33.14 
 
 		 498 aa  166  4e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.873191  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2530  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  35.08 
 
 		 324 aa  166  5e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115251  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1647  lysyl-tRNA synthetase  34.25 
 
 		 489 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0551  lysyl-tRNA synthetase  32.55 
 
 		 498 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4763  hypothetical protein  36.09 
 
 		 325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0659  lysyl-tRNA synthetase  32.73 
 
 		 497 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000863751  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3164  tRNA synthetase class II (D K and N)  35.89 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0465087  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1485  lysyl-tRNA synthetase  32.85 
 
 		 562 aa  162  6e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1319  hypothetical protein  33.81 
 
 		 329 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1233  tRNA synthetase class II (D K and N)  37.3 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1242  lysyl-tRNA synthetase  33.05 
 
 		 502 aa  162  1e-38  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0152  lysyl-tRNA synthetase  34.46 
 
 		 489 aa  161  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000016249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0251  lysyl-tRNA synthetase  30.98 
 
 		 499 aa  160  3e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000260184  normal  0.314985 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2207  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  34.15 
 
 		 330 aa  160  4e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0913  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  33.83 
 
 		 320 aa  160  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0949  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  36.31 
 
 		 317 aa  159  5e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000776878  decreased coverage  0.000118121 
 
 
-
 
NC_002936  DET0869  lysyl-tRNA synthetase-related protein  32.61 
 
 		 309 aa  159  6e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.584702  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2016  lysyl-tRNA synthetase homolog GenX  30.77 
 
 		 321 aa  159  6e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0046  hypothetical protein  30.77 
 
 		 343 aa  159  6e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0588  lysyl-tRNA synthetase-like GenX  33.14 
 
 		 327 aa  159  9e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  decreased coverage  0.00871089  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3742  lysyl-tRNA synthetase  32.63 
 
 		 496 aa  159  9e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.464722  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>