More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3812 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A0712  lysyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 325 aa  672    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.292044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3665  lysyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 325 aa  672    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3812  lysyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 325 aa  672    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0420  lysyl-tRNA synthetase  89.85 
 
 		 325 aa  611  9.999999999999999e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000643447 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04027  lysyl-tRNA synthetase  84 
 
 		 325 aa  574  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3835  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  84 
 
 		 325 aa  574  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4626  lysyl-tRNA synthetase  84 
 
 		 325 aa  574  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0839984 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4714  lysyl-tRNA synthetase  84 
 
 		 325 aa  574  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5673  lysyl-tRNA synthetase  84 
 
 		 325 aa  574  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.17046 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4399  lysyl-tRNA synthetase  84 
 
 		 325 aa  574  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03989  hypothetical protein  84 
 
 		 325 aa  574  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4687  lysyl-tRNA synthetase  84 
 
 		 325 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.981409  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4622  lysyl-tRNA synthetase  84 
 
 		 325 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4614  lysyl-tRNA synthetase  84 
 
 		 325 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4762  lysyl-tRNA synthetase  84 
 
 		 325 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.827317 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4741  lysyl-tRNA synthetase  83.69 
 
 		 325 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4705  lysyl-tRNA synthetase  84 
 
 		 325 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3855  lysyl-tRNA synthetase  84 
 
 		 325 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00133285 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3935  lysyl-tRNA synthetase  82.77 
 
 		 325 aa  568  1e-161  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0344  lysyl-tRNA synthetase  83.38 
 
 		 325 aa  570  1e-161  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000187091 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3757  lysyl-tRNA synthetase  82.15 
 
 		 325 aa  567  1e-160  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0472  lysyl-tRNA synthetase  81.23 
 
 		 325 aa  561  1.0000000000000001e-159  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0383  lysyl-tRNA synthetase  79.69 
 
 		 325 aa  556  1e-157  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002238  lysyl-tRNA synthetase  63.75 
 
 		 323 aa  431  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2787  lysyl-tRNA synthetase  62.42 
 
 		 328 aa  422  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.638173  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2229  lysyl-tRNA synthetase  63.41 
 
 		 349 aa  419  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.188508  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00130  lysyl-tRNA synthetase  63.12 
 
 		 323 aa  420  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1276  lysyl-tRNA synthetase  62.77 
 
 		 323 aa  419  1e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3277  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  58.9 
 
 		 326 aa  395  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0442  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  56.15 
 
 		 327 aa  377  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0588  lysyl-tRNA synthetase-like GenX  57.19 
 
 		 327 aa  367  1e-100  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  decreased coverage  0.00871089  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4763  hypothetical protein  52.96 
 
 		 325 aa  338  5e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0046  hypothetical protein  50.79 
 
 		 343 aa  331  9e-90  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2016  lysyl-tRNA synthetase homolog GenX  50.79 
 
 		 321 aa  331  1e-89  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03677  lysyl-tRNA synthetase  54.83 
 
 		 322 aa  329  3e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0547578  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2625  lysyl-tRNA synthetase-related protein  50.62 
 
 		 356 aa  308  9e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0658  hypothetical protein  50.31 
 
 		 317 aa  302  6.000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0913  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  49.06 
 
 		 320 aa  299  4e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0642  hypothetical protein  49.38 
 
 		 317 aa  295  1e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2781  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  47.09 
 
 		 322 aa  286  2e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1319  hypothetical protein  46.63 
 
 		 329 aa  275  7e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1233  tRNA synthetase class II (D K and N)  49.67 
 
 		 299 aa  268  1e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2530  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  45.96 
 
 		 324 aa  265  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115251  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2045  tRNA synthetase class II (D K and N)  48.08 
 
 		 316 aa  261  1e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1740  lysine--tRNA ligase  43.08 
 
 		 324 aa  256  4e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2126  lysine--tRNA ligase  47.44 
 
 		 316 aa  255  8e-67  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.840396  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00737  tRNA synthetases class II (D, K and N) subfamily  46.79 
 
 		 320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.885463  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0685  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  46.98 
 
 		 314 aa  249  4e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.572683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2207  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  44.41 
 
 		 330 aa  247  2e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1083  serine/threonine protein kinase  42.55 
 
 		 325 aa  245  6e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.712957  normal  0.182317 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0299  lysine--tRNA ligase  43.73 
 
 		 340 aa  243  3e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.631971 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2581  Lysine--tRNA ligase  44.34 
 
 		 318 aa  235  6e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0949  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  42.06 
 
 		 317 aa  233  4.0000000000000004e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000776878  decreased coverage  0.000118121 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0273  putative lysyl-tRNA synthetase, class II  40.24 
 
 		 342 aa  227  2e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0466  Lysine--tRNA ligase  44.09 
 
 		 321 aa  225  7e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.828924 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2375  lysine--tRNA ligase  40.24 
 
 		 329 aa  219  5e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1978  lysine--tRNA ligase  45.12 
 
 		 316 aa  216  4e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0597  Lysine--tRNA ligase  37.97 
 
 		 356 aa  208  1e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0744336  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1498  tRNA synthetase class II (D K and N)  43.17 
 
 		 340 aa  205  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.205908  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1839  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  37.62 
 
 		 307 aa  199  7e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000593972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3783  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.65 
 
 		 339 aa  192  5e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1078  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  38.08 
 
 		 358 aa  192  6e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3867  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.65 
 
 		 339 aa  192  8e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3193  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.7 
 
 		 352 aa  191  1e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4013  putative lysyl-tRNA synthetase (lysine--tRNA ligase)  38.32 
 
 		 351 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3854  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.59 
 
 		 390 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.64996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0076  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  36.62 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000211286 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2739  lysine--tRNA ligase  38.3 
 
 		 351 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.525407 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0378  lysine--tRNA ligase  37.99 
 
 		 350 aa  189  8e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.682721 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3726  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  36.96 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3229  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.74 
 
 		 352 aa  187  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6025  lysyl-tRNA synthetase  38.21 
 
 		 357 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.858577  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2162  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.79 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2403  lysine--tRNA ligase  37.64 
 
 		 380 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.550576 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3004  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.14 
 
 		 352 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0405088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1885  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.9 
 
 		 350 aa  183  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.70209  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0454  Lysine--tRNA ligase  36.1 
 
 		 351 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.444787 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3164  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.25 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0465087  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2530  lysine--tRNA ligase  36.97 
 
 		 363 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.83  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2808  lysine--tRNA ligase  36.81 
 
 		 350 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1764  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.74 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.076019  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1753  lysyl-tRNA synthetase-related protein  37.93 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.032171  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3798  Lysine--tRNA ligase  36.26 
 
 		 353 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00227981  normal  0.497071 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1914  tRNA synthetase class II (D K and N)  40.26 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000371414  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2054  tRNA synthetase class II (D K and N)  37.3 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1642  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  36.29 
 
 		 347 aa  179  4.999999999999999e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.576369  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0478  putative lysyl-tRNA synthetase  36.18 
 
 		 345 aa  179  7e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181681  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2148  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  36.83 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000938384  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2130  lysine--tRNA ligase  35.9 
 
 		 375 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2955  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  37.35 
 
 		 351 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2301  lysine--tRNA ligase  35.84 
 
 		 345 aa  176  7e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.275563  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3224  lysine--tRNA ligase  35.67 
 
 		 361 aa  176  7e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.428603  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4127  Lysine--tRNA ligase  35.47 
 
 		 353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.271818 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0762  lysine--tRNA ligase  36.42 
 
 		 349 aa  173  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1654  lysine--tRNA ligase  36.78 
 
 		 348 aa  173  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.693299 
 
 
-
 
NC_002936  DET0869  lysyl-tRNA synthetase-related protein  35.11 
 
 		 309 aa  172  6.999999999999999e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.584702  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2490  hypothetical protein  36.88 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_772  lysyl-tRNA synthetase, truncated  35.29 
 
 		 309 aa  169  6e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2793  tRNA synthetase class II (D K and N)  34.15 
 
 		 351 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2331  lysyl-tRNA synthetase  32.72 
 
 		 514 aa  167  2e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>