More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2955 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2955  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  100 
 
 		 351 aa  704    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2505  lysine--tRNA ligase  86.89 
 
 		 351 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.418111  normal  0.522252 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2793  tRNA synthetase class II (D K and N)  81.09 
 
 		 351 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2301  lysine--tRNA ligase  74.93 
 
 		 345 aa  517  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.275563  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4013  putative lysyl-tRNA synthetase (lysine--tRNA ligase)  74.5 
 
 		 351 aa  511  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1642  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  74.64 
 
 		 347 aa  511  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.576369  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2808  lysine--tRNA ligase  73.56 
 
 		 350 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133874  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4127  Lysine--tRNA ligase  61.6 
 
 		 353 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.271818 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3798  Lysine--tRNA ligase  61.89 
 
 		 353 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00227981  normal  0.497071 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0762  lysine--tRNA ligase  64.47 
 
 		 349 aa  409  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6025  lysyl-tRNA synthetase  62.25 
 
 		 357 aa  405  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.858577  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2739  lysine--tRNA ligase  63.56 
 
 		 351 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.525407 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3004  tRNA synthetase class II (D K and N)  63.34 
 
 		 352 aa  403  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0405088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3193  tRNA synthetase class II (D K and N)  62.97 
 
 		 352 aa  402  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3229  tRNA synthetase class II (D K and N)  63.34 
 
 		 352 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0378  lysine--tRNA ligase  63.85 
 
 		 350 aa  403  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.682721 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1885  tRNA synthetase class II (D K and N)  62.79 
 
 		 350 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.70209  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3477  lysine--tRNA ligase  62.97 
 
 		 350 aa  394  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0454  Lysine--tRNA ligase  59.24 
 
 		 351 aa  382  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.444787 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2403  lysine--tRNA ligase  61.1 
 
 		 380 aa  378  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.550576 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2530  lysine--tRNA ligase  61.7 
 
 		 363 aa  376  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.83  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0478  putative lysyl-tRNA synthetase  60.82 
 
 		 345 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181681  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2130  lysine--tRNA ligase  60.23 
 
 		 375 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1654  lysine--tRNA ligase  58.72 
 
 		 348 aa  366  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.693299 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3224  lysine--tRNA ligase  56.3 
 
 		 361 aa  360  1e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.428603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1078  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  51.14 
 
 		 358 aa  293  4e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2375  lysine--tRNA ligase  49.1 
 
 		 329 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3867  tRNA synthetase class II (D K and N)  49.84 
 
 		 339 aa  246  6e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3783  tRNA synthetase class II (D K and N)  49.2 
 
 		 339 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3726  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  49.52 
 
 		 340 aa  236  4e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3854  tRNA synthetase class II (D K and N)  47.77 
 
 		 390 aa  232  6e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.64996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1498  tRNA synthetase class II (D K and N)  44.22 
 
 		 340 aa  223  4e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.205908  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1839  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  41.64 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000593972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0076  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  42.77 
 
 		 308 aa  211  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000211286 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2162  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.81 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2054  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.81 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2148  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  38.91 
 
 		 307 aa  202  6e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000938384  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1753  lysyl-tRNA synthetase-related protein  39.76 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.032171  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2490  hypothetical protein  41.77 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1914  tRNA synthetase class II (D K and N)  41.41 
 
 		 302 aa  195  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000371414  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2229  lysyl-tRNA synthetase  37.85 
 
 		 349 aa  194  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.188508  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0685  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  42.48 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.572683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3164  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.51 
 
 		 301 aa  189  9e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0465087  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4614  lysyl-tRNA synthetase  38.11 
 
 		 325 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4741  lysyl-tRNA synthetase  38.11 
 
 		 325 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4705  lysyl-tRNA synthetase  38.11 
 
 		 325 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4762  lysyl-tRNA synthetase  38.11 
 
 		 325 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.827317 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4622  lysyl-tRNA synthetase  38.11 
 
 		 325 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4170  tRNA synthetase class II (D K and N)  43.55 
 
 		 416 aa  185  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.555556  normal  0.90101 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0420  lysyl-tRNA synthetase  37.99 
 
 		 325 aa  184  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000643447 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1764  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.38 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.076019  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3935  lysyl-tRNA synthetase  38.51 
 
 		 325 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2625  lysyl-tRNA synthetase-related protein  36.98 
 
 		 356 aa  182  7e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3277  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  35.14 
 
 		 326 aa  182  9.000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0442  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  37.54 
 
 		 327 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00737  tRNA synthetases class II (D, K and N) subfamily  37.61 
 
 		 320 aa  180  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.885463  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0344  lysyl-tRNA synthetase  36.89 
 
 		 325 aa  179  4.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000187091 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03677  lysyl-tRNA synthetase  38.27 
 
 		 322 aa  179  5.999999999999999e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0547578  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2581  Lysine--tRNA ligase  38.98 
 
 		 318 aa  179  9e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0472  lysyl-tRNA synthetase  36.34 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3757  lysyl-tRNA synthetase  37.27 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4687  lysyl-tRNA synthetase  36.89 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.981409  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04027  lysyl-tRNA synthetase  36.89 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3835  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  36.89 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03989  hypothetical protein  36.89 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3812  lysyl-tRNA synthetase  37.65 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5673  lysyl-tRNA synthetase  36.89 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.17046 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3855  lysyl-tRNA synthetase  36.89 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00133285 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4626  lysyl-tRNA synthetase  36.89 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0839984 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3665  lysyl-tRNA synthetase  37.65 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0712  lysyl-tRNA synthetase  37.65 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.292044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4714  lysyl-tRNA synthetase  36.89 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4399  lysyl-tRNA synthetase  36.89 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0383  lysyl-tRNA synthetase  38.41 
 
 		 325 aa  177  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1276  lysyl-tRNA synthetase  34.78 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2787  lysyl-tRNA synthetase  35.87 
 
 		 328 aa  176  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.638173  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002238  lysyl-tRNA synthetase  35.87 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00130  lysyl-tRNA synthetase  35.69 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2045  tRNA synthetase class II (D K and N)  36 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2126  lysine--tRNA ligase  36.5 
 
 		 316 aa  172  1e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.840396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2530  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.08 
 
 		 324 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115251  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1233  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.17 
 
 		 299 aa  168  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0578  lysyl-tRNA synthetase  33.71 
 
 		 498 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.873191  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4763  hypothetical protein  34.95 
 
 		 325 aa  166  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_517  lysyl-tRNA synthetase (class II)  33.71 
 
 		 498 aa  163  3e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.152204  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0551  lysyl-tRNA synthetase  33.71 
 
 		 498 aa  164  3e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2207  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  34.67 
 
 		 330 aa  160  4e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2016  lysyl-tRNA synthetase homolog GenX  32.93 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2781  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  35.69 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0046  hypothetical protein  32.93 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2847  lysyl-tRNA synthetase  34.29 
 
 		 484 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0642  hypothetical protein  35.89 
 
 		 317 aa  158  2e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1681  lysyl-tRNA synthetase  36.53 
 
 		 491 aa  158  2e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0251  lysyl-tRNA synthetase  30.46 
 
 		 499 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000260184  normal  0.314985 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1248  lysyl-tRNA synthetase  31.58 
 
 		 494 aa  156  6e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.88178e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0658  hypothetical protein  35.89 
 
 		 317 aa  155  1e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2270  lysyl-tRNA synthetase  33.79 
 
 		 511 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1740  lysine--tRNA ligase  34.36 
 
 		 324 aa  155  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0597  Lysine--tRNA ligase  36.71 
 
 		 356 aa  153  4e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0744336  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0588  lysyl-tRNA synthetase-like GenX  36.89 
 
 		 327 aa  153  4e-36  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  decreased coverage  0.00871089  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>