More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0597 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0597  Lysine--tRNA ligase  100 
 
 		 356 aa  720    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0744336  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1276  lysyl-tRNA synthetase  38.24 
 
 		 323 aa  235  9e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4741  lysyl-tRNA synthetase  38.86 
 
 		 325 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4614  lysyl-tRNA synthetase  39.19 
 
 		 325 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4622  lysyl-tRNA synthetase  38.86 
 
 		 325 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4762  lysyl-tRNA synthetase  38.86 
 
 		 325 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.827317 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4705  lysyl-tRNA synthetase  39.19 
 
 		 325 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3935  lysyl-tRNA synthetase  38.86 
 
 		 325 aa  222  7e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3757  lysyl-tRNA synthetase  38.29 
 
 		 325 aa  218  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5673  lysyl-tRNA synthetase  38.62 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.17046 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04027  lysyl-tRNA synthetase  38.62 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3835  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  38.62 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0046  hypothetical protein  35.36 
 
 		 343 aa  218  2e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2016  lysyl-tRNA synthetase homolog GenX  35.36 
 
 		 321 aa  218  2e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4687  lysyl-tRNA synthetase  38.62 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.981409  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4714  lysyl-tRNA synthetase  38.62 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4626  lysyl-tRNA synthetase  38.62 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0839984 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4399  lysyl-tRNA synthetase  38.62 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0344  lysyl-tRNA synthetase  38.04 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000187091 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03989  hypothetical protein  38.62 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3855  lysyl-tRNA synthetase  38.62 
 
 		 325 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00133285 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0472  lysyl-tRNA synthetase  38.33 
 
 		 325 aa  212  7e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2530  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  41.03 
 
 		 324 aa  212  9e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115251  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2625  lysyl-tRNA synthetase-related protein  39.37 
 
 		 356 aa  211  2e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0383  lysyl-tRNA synthetase  37.75 
 
 		 325 aa  210  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2229  lysyl-tRNA synthetase  38.24 
 
 		 349 aa  210  4e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.188508  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0420  lysyl-tRNA synthetase  37.43 
 
 		 325 aa  210  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000643447 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002238  lysyl-tRNA synthetase  37.93 
 
 		 323 aa  208  9e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0712  lysyl-tRNA synthetase  37.97 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.292044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2787  lysyl-tRNA synthetase  36.9 
 
 		 328 aa  208  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.638173  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3812  lysyl-tRNA synthetase  37.97 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3665  lysyl-tRNA synthetase  37.97 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0442  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  36.39 
 
 		 327 aa  206  5e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3277  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  39.03 
 
 		 326 aa  206  5e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2781  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  38.15 
 
 		 322 aa  203  4e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00130  lysyl-tRNA synthetase  37.68 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1233  tRNA synthetase class II (D K and N)  39.64 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0913  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  38.92 
 
 		 320 aa  195  8.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0658  hypothetical protein  35.88 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0642  hypothetical protein  35.88 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0685  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.14 
 
 		 314 aa  190  4e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.572683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00737  tRNA synthetases class II (D, K and N) subfamily  36.44 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.885463  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1083  serine/threonine protein kinase  36.63 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.712957  normal  0.182317 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0588  lysyl-tRNA synthetase-like GenX  35.65 
 
 		 327 aa  181  2e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  decreased coverage  0.00871089  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2207  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  34.48 
 
 		 330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1740  lysine--tRNA ligase  34.83 
 
 		 324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0949  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  35.36 
 
 		 317 aa  174  2.9999999999999996e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000776878  decreased coverage  0.000118121 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1839  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  35.74 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000593972  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1319  hypothetical protein  34.38 
 
 		 329 aa  171  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03677  lysyl-tRNA synthetase  33.43 
 
 		 322 aa  171  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0547578  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0466  Lysine--tRNA ligase  37.65 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.828924 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2054  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.28 
 
 		 302 aa  170  4e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0299  lysine--tRNA ligase  32.1 
 
 		 340 aa  169  8e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.631971 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2162  tRNA synthetase class II (D K and N)  35.56 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3783  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.25 
 
 		 339 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2490  hypothetical protein  35.95 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3164  tRNA synthetase class II (D K and N)  35.95 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0465087  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3867  tRNA synthetase class II (D K and N)  37.46 
 
 		 339 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4763  hypothetical protein  34.29 
 
 		 325 aa  166  8e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0869  lysyl-tRNA synthetase-related protein  34.82 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.584702  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2581  Lysine--tRNA ligase  34.38 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2148  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  33.84 
 
 		 307 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000938384  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0273  putative lysyl-tRNA synthetase, class II  30.7 
 
 		 342 aa  161  1e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3726  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  36.18 
 
 		 340 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2045  tRNA synthetase class II (D K and N)  34.71 
 
 		 316 aa  161  2e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0787  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  34.02 
 
 		 309 aa  159  7e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1753  lysyl-tRNA synthetase-related protein  36.64 
 
 		 307 aa  159  8e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.032171  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0076  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  37.13 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000211286 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3798  Lysine--tRNA ligase  36.5 
 
 		 353 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00227981  normal  0.497071 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_772  lysyl-tRNA synthetase, truncated  34.22 
 
 		 309 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2375  lysine--tRNA ligase  35.14 
 
 		 329 aa  156  6e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3193  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.37 
 
 		 352 aa  155  7e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3854  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.25 
 
 		 390 aa  155  9e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.64996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1914  tRNA synthetase class II (D K and N)  33.43 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000371414  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2126  lysine--tRNA ligase  34.12 
 
 		 316 aa  155  1e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.840396  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6025  lysyl-tRNA synthetase  35.29 
 
 		 357 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.858577  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2793  tRNA synthetase class II (D K and N)  37.17 
 
 		 351 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4127  Lysine--tRNA ligase  35.01 
 
 		 353 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.271818 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3224  lysine--tRNA ligase  36.09 
 
 		 361 aa  152  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.428603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1764  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  34.13 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.076019  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1642  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  37.39 
 
 		 347 aa  151  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.576369  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1498  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.92 
 
 		 340 aa  150  4e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.205908  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3229  tRNA synthetase class II (D K and N)  37.75 
 
 		 352 aa  150  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2955  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  35.38 
 
 		 351 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3004  tRNA synthetase class II (D K and N)  37.75 
 
 		 352 aa  149  9e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0405088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2739  lysine--tRNA ligase  36.36 
 
 		 351 aa  149  9e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.525407 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1978  lysine--tRNA ligase  34.88 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2505  lysine--tRNA ligase  37.06 
 
 		 351 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.418111  normal  0.522252 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4013  putative lysyl-tRNA synthetase (lysine--tRNA ligase)  34.6 
 
 		 351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0454  Lysine--tRNA ligase  35 
 
 		 351 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.444787 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18101  lysyl-tRNA synthetase  28.78 
 
 		 512 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18281  lysyl-tRNA synthetase  28.78 
 
 		 488 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.505849  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0378  lysine--tRNA ligase  35.76 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.682721 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2282  tRNA synthetase, class II family protein  29.75 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0156488  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0478  putative lysyl-tRNA synthetase  35.4 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181681  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18071  lysyl-tRNA synthetase  28.02 
 
 		 512 aa  144  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.66414  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2130  lysine--tRNA ligase  35.4 
 
 		 375 aa  143  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0865  lysyl-tRNA synthetase  28.37 
 
 		 505 aa  142  6e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3888  lysyl-tRNA synthetase  28.09 
 
 		 505 aa  142  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0649  lysyl-tRNA synthetase  28.37 
 
 		 505 aa  142  7e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>