55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4920 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4920  NHL repeat containing protein  100 
 
 		 542 aa  1066    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.610425  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4246  NHL repeat-containing protein  85.79 
 
 		 542 aa  942    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359028  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4276  NHL repeat-containing protein  78.97 
 
 		 543 aa  865    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0329  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  52.23 
 
 		 553 aa  525  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2800  NHL repeat-containing protein  48.14 
 
 		 538 aa  501  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.350365  normal  0.74213 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1635  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  45.17 
 
 		 545 aa  435  1e-121  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.260295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4495  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.47 
 
 		 538 aa  194  3e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.789599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4408  NHL repeat-containing protein  31.47 
 
 		 538 aa  194  3e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4789  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.28 
 
 		 550 aa  193  8e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.425 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3693  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.07 
 
 		 531 aa  191  4e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0345166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1786  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.83 
 
 		 526 aa  179  1e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.222131 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4964  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.67 
 
 		 529 aa  174  5e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0275  hypothetical protein  27.31 
 
 		 502 aa  162  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4866  NHL repeat containing protein  29.6 
 
 		 510 aa  158  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2610  hypothetical protein  36.4 
 
 		 302 aa  146  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000643636  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2265  NHL repeat-containing protein  24.12 
 
 		 963 aa  66.2  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.397951  normal  0.439164 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2396  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.14 
 
 		 275 aa  66.2  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.00000000000818527  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2158  NHL repeat-containing protein  23.76 
 
 		 1750 aa  55.1  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1858  serine/threonine-protein kinase  30.08 
 
 		 274 aa  55.1  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.129879 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2846  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.3 
 
 		 333 aa  54.3  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1474  NHL repeat containing protein  20.47 
 
 		 668 aa  53.9  0.000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0914572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06180  YVTN family beta-propeller repeat protein  25.48 
 
 		 408 aa  53.5  0.000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0574  hypothetical protein  26.59 
 
 		 316 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.30321  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7086  serine/threonine protein kinase  25.58 
 
 		 732 aa  52  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4199  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.52 
 
 		 316 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13098  normal  0.347847 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10998  PE-PGRS family protein  31.15 
 
 		 457 aa  51.6  0.00004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104383  normal  0.995085 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2524  VCBS  25 
 
 		 1143 aa  50.4  0.00007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.543748  normal  0.893675 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2237  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.39 
 
 		 273 aa  50.4  0.00009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06130  hypothetical protein  26.77 
 
 		 316 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.772958  decreased coverage  0.00656931 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2500  leucine-rich repeat-containing protein  23.5 
 
 		 1351 aa  49.7  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3225  NHL repeat-containing protein  30.63 
 
 		 365 aa  49.7  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  26.96 
 
 		 1667 aa  49.7  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1414  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  24.38 
 
 		 279 aa  49.3  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.853392 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2867  putative hydrolase  27.43 
 
 		 291 aa  48.5  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.618426  normal  0.632922 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1378  hypothetical protein  25.52 
 
 		 1030 aa  47.8  0.0006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.872311  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4185  serine/threonine protein kinase  27.45 
 
 		 719 aa  47.4  0.0007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1358  NHL repeat containing protein  30.88 
 
 		 646 aa  47.4  0.0007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.967304 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  27.53 
 
 		 381 aa  47.4  0.0008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  29.03 
 
 		 1189 aa  47  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0370  Fibronectin type III domain protein  33.1 
 
 		 841 aa  46.6  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.800383  normal  0.932394 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4830  hypothetical protein  37.35 
 
 		 420 aa  47  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.109334  normal  0.0898029 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09933  hypothetical protein  28.4 
 
 		 349 aa  45.8  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10949  transmembrane serine/threonine-protein kinase D pknD  33.07 
 
 		 664 aa  45.8  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3293  strictosidine synthase  34.15 
 
 		 367 aa  45.4  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894775  normal  0.62202 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1833  hypothetical protein  37.35 
 
 		 387 aa  45.8  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338877  normal  0.489419 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1903  gluconolactonase precursor  41.43 
 
 		 309 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3465  senescence marker protein-30 (SMP-30)  42.65 
 
 		 309 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.391955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4618  NHL repeat-containing protein  22.91 
 
 		 1026 aa  45.1  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0355  NHL repeat-containing protein  30.71 
 
 		 1030 aa  45.1  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.64892  normal  0.0641589 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4144  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  41.18 
 
 		 309 aa  44.7  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3573  hypothetical protein  28.07 
 
 		 367 aa  44.3  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0820856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3948  NHL repeat-containing protein  29.59 
 
 		 371 aa  44.3  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.200178  normal  0.26608 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0969  gluconolactonase  30.14 
 
 		 304 aa  43.9  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3982  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.95 
 
 		 305 aa  43.5  0.009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0181856  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3952  hypothetical protein  36.14 
 
 		 377 aa  43.5  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00149453  normal  0.0512715 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>