60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2800 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2800  NHL repeat-containing protein  100 
 
 		 538 aa  1079    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.350365  normal  0.74213 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4246  NHL repeat-containing protein  47.03 
 
 		 542 aa  495  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359028  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4920  NHL repeat containing protein  48.14 
 
 		 542 aa  491  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.610425  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4276  NHL repeat-containing protein  46.99 
 
 		 543 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0329  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  43.22 
 
 		 553 aa  406  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1635  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  40.81 
 
 		 545 aa  388  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.260295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3693  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.53 
 
 		 531 aa  175  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0345166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1786  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.59 
 
 		 526 aa  173  9e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.222131 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4408  NHL repeat-containing protein  29.78 
 
 		 538 aa  170  6e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4495  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.78 
 
 		 538 aa  170  6e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.789599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4789  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.1 
 
 		 550 aa  167  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.425 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0275  hypothetical protein  28.94 
 
 		 502 aa  160  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4964  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.65 
 
 		 529 aa  146  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4866  NHL repeat containing protein  28.09 
 
 		 510 aa  145  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2610  hypothetical protein  35.1 
 
 		 302 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000643636  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1858  serine/threonine-protein kinase  26.88 
 
 		 274 aa  56.2  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.129879 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4199  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.38 
 
 		 316 aa  55.1  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13098  normal  0.347847 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2064  gluconolactonase  29.88 
 
 		 283 aa  54.3  0.000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2001  gluconolactonase  29.88 
 
 		 283 aa  54.3  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2018  gluconolactonase  29.88 
 
 		 283 aa  54.3  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4611  hypothetical protein  30.43 
 
 		 346 aa  53.9  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2237  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.44 
 
 		 273 aa  53.5  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1477  hypothetical protein  30.43 
 
 		 330 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.940326 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2738  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 		 359 aa  51.2  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4109  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.53 
 
 		 282 aa  49.7  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.51431 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1940  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.58 
 
 		 320 aa  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3112  NHL repeat containing protein  26.17 
 
 		 436 aa  49.3  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2500  leucine-rich repeat-containing protein  31.33 
 
 		 1351 aa  48.5  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1241  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.84 
 
 		 320 aa  48.5  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0330167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2396  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  24.54 
 
 		 275 aa  48.5  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.00000000000818527  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3570  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  28.4 
 
 		 268 aa  48.5  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.706274  normal  0.131485 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1869  NHL repeat containing protein  25.99 
 
 		 307 aa  48.1  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.49 
 
 		 338 aa  47.8  0.0005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0892  WD-40 repeat-containing protein  21.48 
 
 		 696 aa  47.8  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3293  strictosidine synthase  30.48 
 
 		 367 aa  47.8  0.0006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894775  normal  0.62202 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2583  hypothetical protein  32.84 
 
 		 312 aa  47  0.0008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2158  NHL repeat-containing protein  24.09 
 
 		 1750 aa  47.4  0.0008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2854  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.88 
 
 		 1292 aa  46.6  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0274394  normal  0.093276 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3770  gluconolactonase  24.58 
 
 		 323 aa  46.6  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1935  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  24.71 
 
 		 314 aa  46.6  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8029  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31 
 
 		 314 aa  45.8  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.882346  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0355  NHL repeat-containing protein  28.74 
 
 		 1030 aa  46.2  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.64892  normal  0.0641589 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1358  NHL repeat containing protein  26.38 
 
 		 646 aa  45.4  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.967304 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.6 
 
 		 406 aa  45.4  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3573  hypothetical protein  28.92 
 
 		 367 aa  44.7  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0820856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.83 
 
 		 318 aa  44.7  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3582  hypothetical protein  25 
 
 		 289 aa  44.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.104716  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2986  PA14 domain-containing protein  25.81 
 
 		 1293 aa  44.7  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42680  hypothetical protein  25 
 
 		 289 aa  44.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1325  WD40 repeat, subgroup  28.12 
 
 		 1484 aa  44.3  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.237461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  36.47 
 
 		 334 aa  43.9  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5447  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  29.94 
 
 		 424 aa  43.9  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3463  hypothetical protein  26.98 
 
 		 482 aa  43.9  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.595697  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2296  hypothetical protein  28.66 
 
 		 684 aa  43.9  0.007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0690  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.41 
 
 		 299 aa  43.9  0.008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.408931 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7086  serine/threonine protein kinase  26.38 
 
 		 732 aa  43.9  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3614  hypothetical protein  26.19 
 
 		 482 aa  43.5  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.661143  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  32 
 
 		 1094 aa  43.5  0.009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1788  NHL repeat-containing protein  29.55 
 
 		 354 aa  43.5  0.009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.565326  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5477  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.65 
 
 		 351 aa  43.5  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.521709 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>