More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5868 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B5387  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  79.01 
 
 		 434 aa  682    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.37135  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5868  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  100 
 
 		 440 aa  890    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4843  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  62.35 
 
 		 435 aa  544  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0798  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  59.63 
 
 		 429 aa  502  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.963683  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1910  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  60 
 
 		 428 aa  498  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2167  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  40.05 
 
 		 431 aa  324  2e-87  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1194  homoaconitate hydratase family protein  39.14 
 
 		 418 aa  322  9.999999999999999e-87  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0098  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  38.66 
 
 		 418 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0311  3-isopropylmalate dehydratase  39.95 
 
 		 421 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0724  homoaconitate hydratase family protein  38.42 
 
 		 418 aa  319  5e-86  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.694886  normal  0.102444 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0741  homoaconitate hydratase family protein  40.32 
 
 		 432 aa  317  2e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.375835  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1100  3-isopropylmalate dehydratase  41.13 
 
 		 418 aa  317  2e-85  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0789  homoaconitate hydratase family protein  39.14 
 
 		 418 aa  317  2e-85  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0129  homoaconitate hydratase family protein  39.62 
 
 		 418 aa  317  3e-85  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.525388  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3516  3-isopropylmalate dehydratase  40.76 
 
 		 410 aa  313  3.9999999999999997e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2762  3-isopropylmalate dehydratase  41.71 
 
 		 413 aa  311  1e-83  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.452591  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0436  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.48 
 
 		 424 aa  311  1e-83  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.560563  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0399  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  38.44 
 
 		 424 aa  309  5.9999999999999995e-83  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.320252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0601  3-isopropylmalate dehydratase  40.23 
 
 		 431 aa  309  6.999999999999999e-83  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1520  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  38.21 
 
 		 424 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.984893  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0420  3-isopropylmalate dehydratase  38.14 
 
 		 422 aa  306  4.0000000000000004e-82  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0665356 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0289  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  38.92 
 
 		 425 aa  306  6e-82  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0471  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  38.77 
 
 		 424 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.699773  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0519  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  35.93 
 
 		 424 aa  303  4.0000000000000003e-81  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000192959  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1030  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  40.05 
 
 		 431 aa  303  5.000000000000001e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620705 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0990  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  40.43 
 
 		 423 aa  301  1e-80  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1366  3-isopropylmalate dehydratase  39.68 
 
 		 420 aa  300  5e-80  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0848  homoaconitate hydratase family protein  38.44 
 
 		 431 aa  297  2e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1961  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  41 
 
 		 413 aa  297  3e-79  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1883  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  38.64 
 
 		 428 aa  296  4e-79  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1191  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  35.87 
 
 		 424 aa  296  5e-79  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1630  3-isopropylmalate dehydratase  36.64 
 
 		 418 aa  295  1e-78  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1704  homoaconitate hydratase family protein  34.75 
 
 		 419 aa  295  1e-78  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1588  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  36.94 
 
 		 419 aa  295  2e-78  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2338  homoaconitate hydratase family protein  36.24 
 
 		 418 aa  294  2e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1722  homoaconitate hydratase family protein  37.64 
 
 		 432 aa  294  2e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.410724 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0738  homoaconitate hydratase family protein  37.87 
 
 		 432 aa  294  2e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2485  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  35.76 
 
 		 424 aa  292  7e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.836058  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2263  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  40.66 
 
 		 413 aa  292  8e-78  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1900  3-isopropylmalate dehydratase  37.53 
 
 		 431 aa  291  1e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0383  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.06 
 
 		 417 aa  291  2e-77  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0366  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.06 
 
 		 417 aa  290  3e-77  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0737  homoaconitate hydratase family protein  38.22 
 
 		 431 aa  290  3e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2017  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.15 
 
 		 419 aa  290  4e-77  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0390  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.44 
 
 		 419 aa  290  4e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2175  homoaconitate hydratase family protein  37.73 
 
 		 431 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0356  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.14 
 
 		 420 aa  290  5.0000000000000004e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.928431  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1903  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  38.23 
 
 		 427 aa  288  1e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.473608  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0286  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.26 
 
 		 418 aa  288  1e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1458  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.12 
 
 		 419 aa  288  1e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.888399  normal  0.260054 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0583  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  38.5 
 
 		 422 aa  288  1e-76  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00310931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2987  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  35.45 
 
 		 419 aa  287  2.9999999999999996e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0958791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3029  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  35.45 
 
 		 419 aa  287  2.9999999999999996e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.367513 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1268  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.77 
 
 		 427 aa  286  4e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000132862  hitchhiker  0.0000000000181918 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0110  homoaconitate hydratase family protein  34.17 
 
 		 435 aa  286  4e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2211  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.56 
 
 		 419 aa  286  4e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00871543  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0476  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  35.71 
 
 		 431 aa  285  9e-76  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0146744  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10870  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  36.56 
 
 		 420 aa  283  3.0000000000000004e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2259  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  36 
 
 		 421 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000792323  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1466  homoaconitate hydratase family protein  37.44 
 
 		 429 aa  283  4.0000000000000003e-75  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0167474  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0227  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  37.77 
 
 		 421 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1742  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.18 
 
 		 420 aa  283  4.0000000000000003e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.482523  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0596  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  35.95 
 
 		 420 aa  283  6.000000000000001e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000659262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3219  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  38.92 
 
 		 418 aa  282  1e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2220  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  33.73 
 
 		 415 aa  281  1e-74  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0828  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  35.78 
 
 		 416 aa  281  2e-74  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2075  3-isopropylmalate dehydratase  36.79 
 
 		 416 aa  280  3e-74  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1102  3-isopropylmalate dehydratase  37.74 
 
 		 437 aa  280  4e-74  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2254  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.41 
 
 		 421 aa  279  7e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1693  homoaconitate hydratase family protein  38.08 
 
 		 424 aa  279  7e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.27842  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0376  3-isopropylmalate dehydratase  34.6 
 
 		 416 aa  279  7e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0124  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  34.98 
 
 		 419 aa  277  3e-73  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_732  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  35.55 
 
 		 417 aa  276  4e-73  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.999081  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2142  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.32 
 
 		 419 aa  276  7e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.245729  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0126  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  34.33 
 
 		 419 aa  275  9e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3165  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.24 
 
 		 427 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.770733  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2194  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  34.35 
 
 		 421 aa  274  2.0000000000000002e-72  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.454447  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1610  homoaconitate hydratase family protein  37.68 
 
 		 417 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2728  homoaconitate hydratase family protein  35.12 
 
 		 439 aa  273  4.0000000000000004e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.339985  normal  0.0109667 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1036  homoaconitate hydratase family protein  37.35 
 
 		 418 aa  273  5.000000000000001e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0788  3-isopropylmalate dehydratase  40.61 
 
 		 382 aa  273  5.000000000000001e-72  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0747  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  35.07 
 
 		 416 aa  273  6e-72  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2101  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  34.04 
 
 		 429 aa  271  1e-71  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0493977  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0624  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.28 
 
 		 427 aa  272  1e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.588299  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1926  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.28 
 
 		 427 aa  272  1e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.700325  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3709  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.53 
 
 		 427 aa  271  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000129198  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3302  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.2 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.879653  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1053  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  40.24 
 
 		 421 aa  269  7e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0195  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  34.5 
 
 		 421 aa  269  7e-71  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3474  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  40.09 
 
 		 419 aa  269  8e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0568206  hitchhiker  0.00508785 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1504  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.76 
 
 		 427 aa  269  8.999999999999999e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.691126 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0402  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  34.89 
 
 		 418 aa  268  2e-70  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.344506 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2737  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.3 
 
 		 427 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000214153  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1949  homoaconitate hydratase family protein  39.58 
 
 		 417 aa  266  4e-70  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0608  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  35.28 
 
 		 421 aa  265  1e-69  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0621  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  35.06 
 
 		 418 aa  265  2e-69  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0188797  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04370  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  38.41 
 
 		 423 aa  265  2e-69  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.910728 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1792  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.72 
 
 		 418 aa  265  2e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.602442 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0646  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  34.82 
 
 		 418 aa  263  6e-69  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00455068  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1906  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.68 
 
 		 426 aa  263  6e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0606993  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>