More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_732 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0828  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  99.28 
 
 
416 aa  850    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_732  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  100 
 
 
417 aa  859    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.999081  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0747  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  96.15 
 
 
416 aa  808    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2254  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  68.82 
 
 
421 aa  590  1e-167  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0356  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  62.59 
 
 
420 aa  574  1.0000000000000001e-163  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.928431  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0286  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  65.47 
 
 
418 aa  573  1.0000000000000001e-162  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10870  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  65.47 
 
 
420 aa  568  1e-161  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1588  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  62.59 
 
 
419 aa  570  1e-161  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0227  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  64.03 
 
 
421 aa  558  1e-158  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2142  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  63.07 
 
 
419 aa  556  1e-157  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.245729  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0596  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  64.27 
 
 
420 aa  553  1e-156  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000659262  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2211  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  63.55 
 
 
419 aa  552  1e-156  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00871543  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1191  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  62.2 
 
 
424 aa  547  1e-154  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2485  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  60.53 
 
 
424 aa  545  1e-154  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.836058  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2987  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  62.59 
 
 
419 aa  547  1e-154  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0958791  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3029  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  62.59 
 
 
419 aa  547  1e-154  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.367513 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0126  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  62.83 
 
 
419 aa  542  1e-153  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0015  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  61.63 
 
 
418 aa  535  1e-151  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0519  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  59.28 
 
 
424 aa  533  1e-150  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000192959  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2101  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  61.24 
 
 
429 aa  529  1e-149  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0493977  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0583  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  59.47 
 
 
422 aa  508  1e-143  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00310931  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2220  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  57 
 
 
415 aa  502  1e-141  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0476  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  57.79 
 
 
431 aa  501  1e-141  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0146744  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1742  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  59.38 
 
 
420 aa  493  9.999999999999999e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.482523  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04370  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  57.79 
 
 
423 aa  488  1e-137  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.910728 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1458  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  55.05 
 
 
419 aa  484  1e-136  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.888399  normal  0.260054 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3356  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  56.35 
 
 
421 aa  486  1e-136  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0390  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  55.53 
 
 
419 aa  484  1e-135  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0383  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  58.95 
 
 
417 aa  479  1e-134  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0366  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  58.95 
 
 
417 aa  478  1e-133  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1792  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  57.69 
 
 
418 aa  473  1e-132  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.602442 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0506  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  54.18 
 
 
420 aa  465  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1610  homoaconitate hydratase family protein  52.05 
 
 
417 aa  464  1e-129  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3219  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  54.24 
 
 
418 aa  454  1e-127  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2017  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  51.08 
 
 
419 aa  430  1e-119  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2194  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  51.67 
 
 
421 aa  423  1e-117  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.454447  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1693  homoaconitate hydratase family protein  48.92 
 
 
424 aa  422  1e-117  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.27842  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0608  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  51.55 
 
 
421 aa  421  1e-116  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0195  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  52.05 
 
 
421 aa  421  1e-116  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1100  3-isopropylmalate dehydratase  49.03 
 
 
418 aa  412  1e-114  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1466  homoaconitate hydratase family protein  50.48 
 
 
429 aa  409  1e-113  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0167474  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1036  homoaconitate hydratase family protein  50 
 
 
418 aa  410  1e-113  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0124  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  51.32 
 
 
419 aa  411  1e-113  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2259  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  50.36 
 
 
421 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000792323  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2338  homoaconitate hydratase family protein  46.97 
 
 
418 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2167  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  49.76 
 
 
431 aa  404  1e-111  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0402  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  49.88 
 
 
418 aa  404  1e-111  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.344506 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0376  3-isopropylmalate dehydratase  47.83 
 
 
416 aa  402  1e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0436  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  47.39 
 
 
424 aa  395  1e-109  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.560563  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1030  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  45.93 
 
 
431 aa  396  1e-109  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000620705 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0129  homoaconitate hydratase family protein  45.67 
 
 
418 aa  392  1e-108  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.525388  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2762  3-isopropylmalate dehydratase  48.2 
 
 
413 aa  392  1e-108  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.452591  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0471  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  46.34 
 
 
424 aa  387  1e-106  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.699773  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0399  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  46.45 
 
 
424 aa  388  1e-106  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.320252  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0098  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  45.95 
 
 
418 aa  386  1e-106  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1883  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  48.34 
 
 
428 aa  385  1e-106  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1520  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  46.21 
 
 
424 aa  386  1e-106  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.984893  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1622  homoaconitate hydratase family protein  46.14 
 
 
418 aa  387  1e-106  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0990  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  46.04 
 
 
423 aa  382  1e-105  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0311  3-isopropylmalate dehydratase  47.04 
 
 
421 aa  378  1e-103  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0420  3-isopropylmalate dehydratase  44.58 
 
 
422 aa  377  1e-103  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0665356 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0289  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  45.99 
 
 
425 aa  377  1e-103  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1704  homoaconitate hydratase family protein  44.77 
 
 
419 aa  375  1e-103  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2075  3-isopropylmalate dehydratase  45.3 
 
 
416 aa  376  1e-103  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1630  3-isopropylmalate dehydratase  45.17 
 
 
418 aa  377  1e-103  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1194  homoaconitate hydratase family protein  44.76 
 
 
418 aa  377  1e-103  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0724  homoaconitate hydratase family protein  44.76 
 
 
418 aa  376  1e-103  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.694886  normal  0.102444 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1366  3-isopropylmalate dehydratase  47.13 
 
 
420 aa  376  1e-103  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0621  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  48.31 
 
 
418 aa  374  1e-102  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0188797  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0646  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  48.07 
 
 
418 aa  372  1e-102  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00455068  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2361  homoaconitate hydratase family protein  46.51 
 
 
417 aa  367  1e-100  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.859627 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0607  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  48.98 
 
 
392 aa  368  1e-100  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.181914 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2263  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  47.47 
 
 
413 aa  363  2e-99  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1903  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  43.74 
 
 
427 aa  362  5.0000000000000005e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.473608  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0448  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  45.67 
 
 
417 aa  360  2e-98  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1268  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  44.52 
 
 
427 aa  360  2e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000132862  hitchhiker  0.0000000000181918 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0185  homoaconitate hydratase family protein  44.84 
 
 
419 aa  360  2e-98  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.576372  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0741  homoaconitate hydratase family protein  43.49 
 
 
432 aa  359  5e-98  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.375835  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1961  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  46.53 
 
 
413 aa  355  7.999999999999999e-97  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.344282  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0789  homoaconitate hydratase family protein  43.84 
 
 
418 aa  353  2e-96  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_390  aconitase/homoaconitase/3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  45.19 
 
 
417 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0425  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  44.95 
 
 
431 aa  352  5e-96  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1949  homoaconitate hydratase family protein  44.74 
 
 
417 aa  352  1e-95  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3165  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  44.05 
 
 
427 aa  346  4e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.770733  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3709  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  43.16 
 
 
427 aa  346  4e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000129198  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0624  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  43.03 
 
 
427 aa  345  7e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.588299  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1926  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  43.03 
 
 
427 aa  345  7e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.700325  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1504  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  41.98 
 
 
427 aa  344  2e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.691126 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2737  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  41.75 
 
 
427 aa  343  4e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000214153  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0788  3-isopropylmalate dehydratase  45.48 
 
 
382 aa  341  1e-92  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1906  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  41.78 
 
 
426 aa  340  2e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0606993  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2159  3-isopropylmalate dehydratase  41.2 
 
 
398 aa  338  8e-92  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.219475 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1053  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  41.87 
 
 
421 aa  338  9e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0110  homoaconitate hydratase family protein  42.23 
 
 
435 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3474  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  41.87 
 
 
419 aa  337  1.9999999999999998e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0568206  hitchhiker  0.00508785 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1102  3-isopropylmalate dehydratase  41.81 
 
 
437 aa  336  2.9999999999999997e-91  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3302  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  41.01 
 
 
421 aa  334  2e-90  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.879653  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2728  homoaconitate hydratase family protein  40.41 
 
 
439 aa  328  1.0000000000000001e-88  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.339985  normal  0.0109667 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3516  3-isopropylmalate dehydratase  40.96 
 
 
410 aa  327  2.0000000000000001e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1900  3-isopropylmalate dehydratase  40.42 
 
 
431 aa  325  6e-88  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>