More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0798 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0798  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  100 
 
 
429 aa  873    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.963683  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1910  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  86.25 
 
 
428 aa  727    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4843  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  65.56 
 
 
435 aa  551  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5868  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  59.63 
 
 
440 aa  502  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5387  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  60.19 
 
 
434 aa  498  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.37135  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0741  homoaconitate hydratase family protein  43.88 
 
 
432 aa  350  3e-95  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.375835  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0601  3-isopropylmalate dehydratase  41.2 
 
 
431 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0129  homoaconitate hydratase family protein  40.71 
 
 
418 aa  326  6e-88  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.525388  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1722  homoaconitate hydratase family protein  39.81 
 
 
432 aa  323  4e-87  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.410724 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0436  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.81 
 
 
424 aa  322  9.000000000000001e-87  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.560563  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0738  homoaconitate hydratase family protein  40.23 
 
 
432 aa  321  9.999999999999999e-87  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1194  homoaconitate hydratase family protein  39.14 
 
 
418 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1100  3-isopropylmalate dehydratase  41.53 
 
 
418 aa  319  5e-86  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1520  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.1 
 
 
424 aa  319  5e-86  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.984893  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0990  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  41.57 
 
 
423 aa  319  6e-86  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0399  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.1 
 
 
424 aa  319  7e-86  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.320252  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0724  homoaconitate hydratase family protein  38.66 
 
 
418 aa  318  1e-85  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.694886  normal  0.102444 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0110  homoaconitate hydratase family protein  36.95 
 
 
435 aa  318  1e-85  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1466  homoaconitate hydratase family protein  40.05 
 
 
429 aa  317  4e-85  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0167474  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1961  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  42.45 
 
 
413 aa  315  8e-85  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.344282  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0471  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.39 
 
 
424 aa  315  9e-85  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.699773  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0848  homoaconitate hydratase family protein  40.28 
 
 
431 aa  315  9.999999999999999e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0098  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  38.42 
 
 
418 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2167  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.67 
 
 
431 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1883  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  40.18 
 
 
428 aa  313  4.999999999999999e-84  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2175  homoaconitate hydratase family protein  39.81 
 
 
431 aa  312  5.999999999999999e-84  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2338  homoaconitate hydratase family protein  40.43 
 
 
418 aa  312  5.999999999999999e-84  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1742  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  40 
 
 
420 aa  312  6.999999999999999e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.482523  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3516  3-isopropylmalate dehydratase  42.14 
 
 
410 aa  311  1e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0519  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.23 
 
 
424 aa  311  1e-83  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000192959  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0390  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  40.87 
 
 
419 aa  311  1e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1191  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  37.77 
 
 
424 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0789  homoaconitate hydratase family protein  37.71 
 
 
418 aa  310  4e-83  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2728  homoaconitate hydratase family protein  38.5 
 
 
439 aa  309  6.999999999999999e-83  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.339985  normal  0.0109667 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0311  3-isopropylmalate dehydratase  37.44 
 
 
421 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0737  homoaconitate hydratase family protein  40.23 
 
 
431 aa  307  3e-82  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0506  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.38 
 
 
420 aa  306  4.0000000000000004e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0356  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.14 
 
 
420 aa  305  7e-82  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.928431  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1900  3-isopropylmalate dehydratase  38.43 
 
 
431 aa  305  8.000000000000001e-82  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2485  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.53 
 
 
424 aa  305  8.000000000000001e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.836058  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1792  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  41.25 
 
 
418 aa  305  9.000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.602442 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1030  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.05 
 
 
431 aa  304  2.0000000000000002e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000620705 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1704  homoaconitate hydratase family protein  37.71 
 
 
419 aa  303  3.0000000000000004e-81  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0289  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.83 
 
 
425 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0376  3-isopropylmalate dehydratase  38.28 
 
 
416 aa  303  4.0000000000000003e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0596  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.56 
 
 
420 aa  301  2e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000659262  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1588  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  36.04 
 
 
419 aa  298  1e-79  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3474  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  42.04 
 
 
419 aa  298  1e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0568206  hitchhiker  0.00508785 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0286  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.71 
 
 
418 aa  298  1e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1366  3-isopropylmalate dehydratase  39.1 
 
 
420 aa  298  2e-79  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0420  3-isopropylmalate dehydratase  37.97 
 
 
422 aa  298  2e-79  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0665356 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3219  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.09 
 
 
418 aa  298  2e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1630  3-isopropylmalate dehydratase  38.06 
 
 
418 aa  297  3e-79  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1053  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  41.57 
 
 
421 aa  295  9e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1458  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  38.72 
 
 
419 aa  295  1e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.888399  normal  0.260054 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0383  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  38.81 
 
 
417 aa  293  3e-78  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2017  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  35.65 
 
 
419 aa  292  7e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0476  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.95 
 
 
431 aa  291  1e-77  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0146744  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1036  homoaconitate hydratase family protein  41.39 
 
 
418 aa  292  1e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2263  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  41.15 
 
 
413 aa  291  1e-77  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0366  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  38.81 
 
 
417 aa  291  1e-77  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0227  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  38.57 
 
 
421 aa  291  2e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0402  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.6 
 
 
418 aa  291  2e-77  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.344506 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2254  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.05 
 
 
421 aa  290  3e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2987  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  36.36 
 
 
419 aa  290  3e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0958791  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3029  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  36.36 
 
 
419 aa  290  3e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.367513 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3165  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  38.06 
 
 
427 aa  290  4e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.770733  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2762  3-isopropylmalate dehydratase  39.42 
 
 
413 aa  288  2e-76  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.452591  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2220  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  33.89 
 
 
415 aa  286  2.9999999999999996e-76  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2194  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.88 
 
 
421 aa  287  2.9999999999999996e-76  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.454447  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10870  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  36.04 
 
 
420 aa  284  2.0000000000000002e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2142  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.75 
 
 
419 aa  284  3.0000000000000004e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.245729  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3709  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.31 
 
 
427 aa  283  6.000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000129198  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0583  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  38.15 
 
 
422 aa  282  6.000000000000001e-75  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00310931  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0828  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.78 
 
 
416 aa  282  7.000000000000001e-75  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0608  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.5 
 
 
421 aa  282  9e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1102  3-isopropylmalate dehydratase  38.63 
 
 
437 aa  282  9e-75  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1622  homoaconitate hydratase family protein  34.69 
 
 
418 aa  281  1e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0747  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.54 
 
 
416 aa  281  2e-74  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2259  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  35.24 
 
 
421 aa  280  3e-74  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000792323  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0124  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.97 
 
 
419 aa  279  7e-74  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_732  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  36.54 
 
 
417 aa  278  2e-73  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.999081  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2101  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  34.05 
 
 
429 aa  278  2e-73  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0493977  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1504  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.3 
 
 
427 aa  276  3e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.691126 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2737  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.82 
 
 
427 aa  276  7e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000214153  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1903  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  35.98 
 
 
427 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.473608  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04370  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  38.69 
 
 
423 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.910728 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0624  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.57 
 
 
427 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.588299  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1926  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.57 
 
 
427 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.700325  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2075  3-isopropylmalate dehydratase  37.08 
 
 
416 aa  275  1.0000000000000001e-72  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1268  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  35.82 
 
 
427 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000132862  hitchhiker  0.0000000000181918 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3302  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  39.48 
 
 
421 aa  273  5.000000000000001e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.879653  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1610  homoaconitate hydratase family protein  36.19 
 
 
417 aa  273  5.000000000000001e-72  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0195  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.26 
 
 
421 aa  273  5.000000000000001e-72  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0788  3-isopropylmalate dehydratase  40.31 
 
 
382 aa  272  8.000000000000001e-72  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0185  homoaconitate hydratase family protein  38.9 
 
 
419 aa  271  1e-71  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.576372  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_002936  DET0448  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  37.86 
 
 
417 aa  271  2e-71  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_390  aconitase/homoaconitase/3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  37.62 
 
 
417 aa  271  2e-71  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3356  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  35 
 
 
421 aa  267  2.9999999999999995e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1949  homoaconitate hydratase family protein  40.71 
 
 
417 aa  266  4e-70  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>