193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3844 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3844  beta-lactamase-like  100 
 
 
366 aa  753    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4193  beta-lactamase-like  62.02 
 
 
394 aa  498  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4736  cyclic nucleotide-binding protein  65.32 
 
 
359 aa  495  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4200  beta-lactamase domain-containing protein  62.71 
 
 
363 aa  444  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000948581 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0101  beta-lactamase-like protein  57.34 
 
 
359 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0131  beta-lactamase domain protein  56.98 
 
 
359 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0139  beta-lactamase domain protein  56.98 
 
 
359 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.486193  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3370  hypothetical protein  59.72 
 
 
362 aa  433  1e-120  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0132  Beta-lactamase-like  56.3 
 
 
358 aa  427  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0465  beta-lactamase domain protein  58.03 
 
 
357 aa  422  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1982  beta-lactamase domain-containing protein  57.59 
 
 
361 aa  423  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0281  hypothetical protein  55.87 
 
 
359 aa  421  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.18209  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0093  metallo-beta-lactamase family protein  56.28 
 
 
383 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4251  putative metallo-beta-lactamase superfamily protein  57.51 
 
 
357 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.342604  normal  0.241726 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0182  beta-lactamase domain-containing protein  58.87 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3089  metallo-beta-lactamase family protein  57.46 
 
 
359 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2007  metallo-beta-lactamase family protein  57.46 
 
 
359 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0400  metallo-beta-lactamase family protein  57.46 
 
 
359 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0420  metallo-beta-lactamase family protein  57.46 
 
 
359 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.611131  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2281  metallo-beta-lactamase family protein  57.46 
 
 
359 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.858667  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2311  beta-lactamase-like  55.37 
 
 
359 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2925  beta-lactamase domain-containing protein  55.37 
 
 
359 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6268  Beta-lactamase-like  55.65 
 
 
359 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2837  beta-lactamase domain-containing protein  55.49 
 
 
358 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.9285 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2940  beta-lactamase domain-containing protein  55.08 
 
 
359 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.571743 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0380  beta-lactamase domain-containing protein  56.78 
 
 
359 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.335712 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2974  beta-lactamase domain-containing protein  55.49 
 
 
384 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0582  metallo-beta-lactamase family protein  57.32 
 
 
331 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4822  beta-lactamase domain-containing protein  52.68 
 
 
357 aa  385  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.405979  normal  0.833796 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0347  metallo-beta-lactamase family protein  58.82 
 
 
326 aa  382  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.607947  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0103  Beta-lactamase-like  49.42 
 
 
341 aa  315  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2629  Beta-lactamase-like  46.4 
 
 
342 aa  301  2e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0729  beta-lactamase domain protein  46.39 
 
 
344 aa  295  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0777  beta-lactamase domain-containing protein  43.83 
 
 
352 aa  264  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.493847  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01454  metallo-beta-lactamase family protein  39.52 
 
 
343 aa  254  1.0000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0839  beta-lactamase-like  40.34 
 
 
354 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.228122 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0310  beta-lactamase-like  38.3 
 
 
348 aa  251  2e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4274  Beta-lactamase-like  40.56 
 
 
357 aa  250  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4825  beta-lactamase-like  40.23 
 
 
354 aa  249  7e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.601465  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0923  beta-lactamase domain protein  40.36 
 
 
354 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.526967  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2417  beta-lactamase domain-containing protein  39.48 
 
 
371 aa  246  6.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.146205  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4696  beta-lactamase domain-containing protein  38.5 
 
 
400 aa  243  5e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.750931  normal  0.0866563 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4562  Beta-lactamase-like  39.04 
 
 
354 aa  242  9e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.809352  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0368  beta-lactamase-like protein  39.65 
 
 
374 aa  237  2e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.967784  normal  0.392052 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5569  beta-lactamase domain-containing protein  39.77 
 
 
363 aa  235  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0506555  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2635  beta-lactamase domain protein  39.02 
 
 
349 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.963581 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0680  beta-lactamase domain-containing protein  37.85 
 
 
365 aa  232  7.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0253  metallo-beta-lactamase family protein  39.07 
 
 
365 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.921693 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0864  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase superfamily protein  38.92 
 
 
352 aa  230  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.342538 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3893  beta-lactamase-like  36.04 
 
 
349 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.042904 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4932  beta-lactamase domain-containing protein  39.94 
 
 
335 aa  207  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2461  beta-lactamase domain-containing protein  36.73 
 
 
344 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.889355 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0741  putative metallo-beta-lactamase family protein  36.25 
 
 
344 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.844995  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2397  beta-lactamase domain-containing protein  35.95 
 
 
344 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.21584  normal  0.814785 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3086  metallo-beta-lactamase family protein  35 
 
 
349 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.825394  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2123  beta-lactamase domain-containing protein  34.87 
 
 
369 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.747407  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2141  Beta-lactamase-like  34.51 
 
 
354 aa  192  6e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3058  beta-lactamase-like  35.33 
 
 
329 aa  191  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0433  beta-lactamase domain-containing protein  32.92 
 
 
340 aa  182  9.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0151814  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3993  beta-lactamase domain-containing protein  34.06 
 
 
321 aa  167  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000582662 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1152  beta-lactamase domain-containing protein  31.97 
 
 
321 aa  161  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.489043  hitchhiker  0.0056375 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2650  beta-lactamase domain-containing protein  31.37 
 
 
324 aa  136  5e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1439  beta-lactamase domain protein  30.7 
 
 
329 aa  135  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000967067  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5264  beta-lactamase-like  32.05 
 
 
353 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2834  beta-lactamase domain protein  30.65 
 
 
324 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1440  beta-lactamase domain-containing protein  29.85 
 
 
331 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.482344  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4113  beta-lactamase domain protein  26.74 
 
 
355 aa  108  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.011437  normal  0.053603 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1728  beta-lactamase domain protein  28.4 
 
 
324 aa  106  5e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1745  beta-lactamase-like protein  30.22 
 
 
335 aa  104  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.931232  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1528  beta-lactamase-like protein  28.08 
 
 
331 aa  103  4e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0999562  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4704  beta-lactamase domain protein  27.04 
 
 
325 aa  103  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0158  beta-lactamase domain-containing protein  28.96 
 
 
314 aa  99.4  8e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.625085 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3655  beta-lactamase domain protein  31.27 
 
 
332 aa  99.4  9e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.114597  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2457  beta-lactamase domain-containing protein  29.55 
 
 
327 aa  96.7  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130811  normal  0.600713 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0832  beta-lactamase domain protein  26.33 
 
 
324 aa  95.9  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000197877 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1004  beta-lactamase domain-containing protein  27.13 
 
 
320 aa  94.7  2e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.217464 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2059  beta-lactamase domain protein  26.47 
 
 
350 aa  94  4e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000000271524  normal  0.300872 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1013  beta-lactamase domain protein  28.08 
 
 
322 aa  90.9  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.151542  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0322  beta-lactamase domain protein  27.1 
 
 
310 aa  90.1  5e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.933059  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1879  beta-lactamase domain-containing protein  27.11 
 
 
322 aa  90.1  6e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3173  beta-lactamase domain protein  28.37 
 
 
344 aa  89.4  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1372  beta-lactamase domain protein  27.88 
 
 
328 aa  89.4  9e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.93843  normal  0.529651 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8202  beta-lactamase domain-containing protein  29.55 
 
 
339 aa  88.6  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1079  beta-lactamase domain protein  27.03 
 
 
332 aa  86.3  8e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0383209  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1031  beta-lactamase domain protein  28.47 
 
 
323 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0210455  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2556  beta-lactamase domain-containing protein  24.85 
 
 
323 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4516  beta-lactamase domain-containing protein  28.19 
 
 
346 aa  84  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0390  beta-lactamase domain protein  27.07 
 
 
318 aa  82.8  0.000000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0438  hypothetical protein  25.82 
 
 
328 aa  81.3  0.00000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000571233  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2131  beta-lactamase domain protein  27.59 
 
 
337 aa  80.9  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1691  beta-lactamase domain protein  55.07 
 
 
72 aa  80.1  0.00000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2879  AMP-dependent synthetase and ligase  27.36 
 
 
862 aa  79.3  0.0000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2888  beta-lactamase domain-containing protein  26.25 
 
 
368 aa  77.8  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8278  Zn-dependent hydrolase including glyoxylase- like protein  28.73 
 
 
348 aa  76.6  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0643928 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0050  Beta-lactamase-like  26.15 
 
 
334 aa  76.6  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0066  beta-lactamase domain protein  27.58 
 
 
334 aa  76.6  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.391302  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0054  beta-lactamase domain protein  26.3 
 
 
334 aa  73.9  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08650  Zn-dependent hydrolase, glyoxylase  26.77 
 
 
346 aa  72.4  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.637388  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3066  beta-lactamase-like  30.66 
 
 
363 aa  72.4  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.193945  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0991  hypothetical protein  23.15 
 
 
317 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>