More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1048 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3687  Peptidyl-dipeptidase Dcp  49.49 
 
 		 689 aa  637    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115326 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1048  peptidyl-dipeptidase Dcp  100 
 
 		 687 aa  1405    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3258  peptidyl-dipeptidase Dcp  49.78 
 
 		 689 aa  654    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0016  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  49.71 
 
 		 685 aa  654    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2934  peptidyl-dipeptidase Dcp  49.05 
 
 		 689 aa  632  1e-180  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.667939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4545  peptidyl-dipeptidase Dcp  47.02 
 
 		 694 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.757808 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0413  peptidyl-dipeptidase Dcp  49.71 
 
 		 699 aa  620  1e-176  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.689859 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1351  peptidyl-dipeptidase  48.01 
 
 		 693 aa  616  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48190  predicted protein  46.42 
 
 		 780 aa  613  9.999999999999999e-175  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3177  peptidyl-dipeptidase Dcp  47.08 
 
 		 687 aa  608  1e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0858  peptidyl-dipeptidase Dcp  46.86 
 
 		 696 aa  610  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.556421 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0483  Peptidyl-dipeptidase Dcp  49.56 
 
 		 699 aa  611  1e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0446  Peptidyl-dipeptidase Dcp  50 
 
 		 699 aa  605  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.428364  normal  0.240346 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4839  peptidyl-dipeptidase Dcp  47.71 
 
 		 696 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0011  peptidyl-dipeptidase Dcp  49.78 
 
 		 683 aa  598  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.100519 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4158  peptidyl-dipeptidase  45.87 
 
 		 694 aa  595  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.964957  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3302  peptidyl-dipeptidase Dcp  45.13 
 
 		 682 aa  595  1e-168  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.423656  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0940  Peptidyl-dipeptidase Dcp  46.13 
 
 		 696 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.131573  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3417  peptidyl-dipeptidase Dcp  46.38 
 
 		 696 aa  592  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0878  peptidyl-dipeptidase Dcp  45.21 
 
 		 682 aa  580  1e-164  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0127  peptidyl-dipeptidase Dcp  46.51 
 
 		 681 aa  578  1e-164  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0823  peptidyl-dipeptidase Dcp  44.88 
 
 		 733 aa  578  1.0000000000000001e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3108  peptidyl-dipeptidase Dcp  44.41 
 
 		 716 aa  577  1.0000000000000001e-163  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3217  Peptidyl-dipeptidase Dcp  44.41 
 
 		 717 aa  573  1.0000000000000001e-162  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.738556  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0465  peptidyl-dipeptidase Dcp  45.62 
 
 		 671 aa  575  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3302  Peptidyl-dipeptidase Dcp  44.41 
 
 		 717 aa  575  1.0000000000000001e-162  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335869  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3711  Peptidyl-dipeptidase Dcp  45.75 
 
 		 695 aa  568  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0926  peptidase M3A and M3B, thimet/oligopeptidase F  45.53 
 
 		 692 aa  566  1e-160  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4032  Peptidyl-dipeptidase Dcp  45.75 
 
 		 695 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0514  peptidyl-dipeptidase Dcp  46.75 
 
 		 672 aa  556  1e-157  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0408972  normal  0.0574959 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0912  peptidyl-dipeptidase Dcp  46.14 
 
 		 674 aa  554  1e-156  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0596  peptidyl-dipeptidase Dcp  46.15 
 
 		 672 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2249  peptidyl-dipeptidase Dcp  46.15 
 
 		 672 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0488613  normal  0.482949 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5800  Peptidyl-dipeptidase Dcp  40.92 
 
 		 848 aa  538  1e-151  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.882586 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2973  peptidyl-dipeptidase  47.78 
 
 		 673 aa  534  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2161  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.77 
 
 		 726 aa  528  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000156598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1597  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.94 
 
 		 726 aa  525  1e-148  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000288176  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2302  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.64 
 
 		 742 aa  526  1e-148  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000226304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2372  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.64 
 
 		 742 aa  526  1e-148  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00637637  normal  0.641493 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1857  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.03 
 
 		 729 aa  525  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000553999  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1927  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.91 
 
 		 725 aa  523  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000906587  normal  0.0591624 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2334  peptidyl-dipeptidase Dcp  37.79 
 
 		 727 aa  521  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00135351  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2492  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.35 
 
 		 742 aa  522  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000562002  normal  0.0797641 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2739  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.56 
 
 		 734 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000196014  normal  0.488715 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2627  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.47 
 
 		 734 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0147146  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1724  Peptidyl-dipeptidase Dcp  38.47 
 
 		 734 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000140268  hitchhiker  0.0039604 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2692  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.33 
 
 		 726 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00136088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2661  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.47 
 
 		 734 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000935257  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0332  M3 family peptidase  42.56 
 
 		 674 aa  513  1e-144  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0934  Peptidyl-dipeptidase Dcp  37.97 
 
 		 714 aa  505  9.999999999999999e-143  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1564  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.57 
 
 		 730 aa  504  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1586  peptidyl-dipeptidase Dcp  39.62 
 
 		 736 aa  496  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.153146  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1608  peptidyl-dipeptidase Dcp  39.23 
 
 		 687 aa  494  9.999999999999999e-139  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.000301747  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4267  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.88 
 
 		 746 aa  488  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.726891  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3161  peptidyl-dipeptidase Dcp  39.18 
 
 		 728 aa  489  1e-136  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1636  peptidyl-dipeptidase Dcp  40.61 
 
 		 718 aa  486  1e-136  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.919214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19990  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.25 
 
 		 683 aa  479  1e-134  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.813325  hitchhiker  0.000902932 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1944  peptidyl-dipeptidase Dcp  43.13 
 
 		 678 aa  481  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.357111  normal  0.0103926 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5541  Peptidyl-dipeptidase Dcp  41.56 
 
 		 677 aa  476  1e-133  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481391 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1448  peptidyl-dipeptidase Dcp  36.97 
 
 		 722 aa  473  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0138668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0143  peptidyl-dipeptidase Dcp  40.56 
 
 		 734 aa  473  1e-132  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.62915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00465  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.03 
 
 		 729 aa  470  1.0000000000000001e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0349623  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0904  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.43 
 
 		 723 aa  469  1.0000000000000001e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1028  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.37 
 
 		 723 aa  464  1e-129  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.317856  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1262  peptidyl-dipeptidase Dcp  40.99 
 
 		 716 aa  462  1e-129  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.776976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2992  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.32 
 
 		 716 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2581  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.02 
 
 		 714 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.416327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2508  peptidyl-dipeptidase Dcp  37.79 
 
 		 717 aa  456  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000673549  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1514  Peptidyl-dipeptidase Dcp  38.14 
 
 		 716 aa  458  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2863  peptidyl-dipeptidase Dcp  37.88 
 
 		 716 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1420  peptidyl-dipeptidase Dcp  36.96 
 
 		 716 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.712278  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1408  peptidyl-dipeptidase Dcp  36.96 
 
 		 716 aa  457  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.289641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2852  peptidyl-dipeptidase Dcp  37.37 
 
 		 711 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2844  peptidyl-dipeptidase Dcp  37.59 
 
 		 716 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.835993  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1355  peptidyl-dipeptidase Dcp  36.39 
 
 		 716 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0122052 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0938  Peptidyl-dipeptidase Dcp  41.68 
 
 		 687 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964054  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1172  peptidyl-dipeptidase Dcp  39.3 
 
 		 718 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8022  Peptidyl-dipeptidase Dcp  38.6 
 
 		 659 aa  451  1e-125  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3142  peptidyl-dipeptidase Dcp  36.26 
 
 		 716 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1054  Peptidyl-dipeptidase Dcp  39.76 
 
 		 655 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.391003  normal  0.428625 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1858  Oligopeptidase A  35.44 
 
 		 709 aa  447  1.0000000000000001e-124  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.375638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02761  peptidyl-dipeptidase dcp  37.48 
 
 		 722 aa  445  1e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.538923  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1612  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.3 
 
 		 714 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.922334  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2313  peptidyl-dipeptidase Dcp  39.53 
 
 		 670 aa  440  9.999999999999999e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0197787  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0181  Peptidyl-dipeptidase Dcp  36.7 
 
 		 718 aa  437  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.585787 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2039  Peptidyl-dipeptidase Dcp  39.82 
 
 		 670 aa  436  1e-121  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000153602 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2661  Peptidyl-dipeptidase Dcp  37.55 
 
 		 712 aa  432  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.678732  normal  0.107916 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2212  peptidyl-dipeptidase Dcp  37.57 
 
 		 720 aa  434  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.198958 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3306  peptidyl-dipeptidase Dcp  37.34 
 
 		 711 aa  434  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1720  Peptidyl-dipeptidase Dcp  37.09 
 
 		 714 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.159822  hitchhiker  0.00025314 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2664  peptidyl-dipeptidase Dcp  37.31 
 
 		 714 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.136894  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2786  peptidyl-dipeptidase Dcp  37.01 
 
 		 712 aa  431  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0046774  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2743  peptidyl-dipeptidase Dcp  36.8 
 
 		 714 aa  429  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.811217 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2629  peptidyl-dipeptidase Dcp  37.16 
 
 		 714 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0454075  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0429  oligopeptidase A  36.24 
 
 		 675 aa  426  1e-118  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.735767  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2306  peptidyl-dipeptidase Dcp  36.46 
 
 		 733 aa  423  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.283841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3613  peptidyl-dipeptidase Dcp  37.57 
 
 		 718 aa  423  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000460509  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5074  Peptidyl-dipeptidase Dcp  38.81 
 
 		 679 aa  419  1e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1271  Oligopeptidase A  35.07 
 
 		 671 aa  416  9.999999999999999e-116  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3564  peptidyl-dipeptidase Dcp  36.9 
 
 		 716 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>