More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0465 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4158  peptidyl-dipeptidase  56.91 
 
 		 694 aa  754    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.964957  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0446  Peptidyl-dipeptidase Dcp  53.79 
 
 		 699 aa  650    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.428364  normal  0.240346 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4032  Peptidyl-dipeptidase Dcp  54.49 
 
 		 695 aa  698    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0878  peptidyl-dipeptidase Dcp  53.56 
 
 		 682 aa  694    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0016  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  54.84 
 
 		 685 aa  699    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0413  peptidyl-dipeptidase Dcp  53.17 
 
 		 699 aa  661    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.689859 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0823  peptidyl-dipeptidase Dcp  53.41 
 
 		 733 aa  691    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0011  peptidyl-dipeptidase Dcp  56.49 
 
 		 683 aa  680    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.100519 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0514  peptidyl-dipeptidase Dcp  68.41 
 
 		 672 aa  915    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0408972  normal  0.0574959 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0926  peptidase M3A and M3B, thimet/oligopeptidase F  54.9 
 
 		 692 aa  660    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0940  Peptidyl-dipeptidase Dcp  53.56 
 
 		 696 aa  665    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.131573  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0596  peptidyl-dipeptidase Dcp  68.56 
 
 		 672 aa  909    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2249  peptidyl-dipeptidase Dcp  68.56 
 
 		 672 aa  910    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0488613  normal  0.482949 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3711  Peptidyl-dipeptidase Dcp  53.61 
 
 		 695 aa  693    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3177  peptidyl-dipeptidase Dcp  54.56 
 
 		 687 aa  720    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4545  peptidyl-dipeptidase Dcp  55.04 
 
 		 694 aa  687    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.757808 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0912  peptidyl-dipeptidase Dcp  71.41 
 
 		 674 aa  971    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2934  peptidyl-dipeptidase Dcp  53.2 
 
 		 689 aa  683    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.667939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4839  peptidyl-dipeptidase Dcp  53.25 
 
 		 696 aa  661    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0858  peptidyl-dipeptidase Dcp  55.04 
 
 		 696 aa  686    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.556421 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3417  peptidyl-dipeptidase Dcp  55.03 
 
 		 696 aa  689    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1351  peptidyl-dipeptidase  54.14 
 
 		 693 aa  691    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0465  peptidyl-dipeptidase Dcp  100 
 
 		 671 aa  1378    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2973  peptidyl-dipeptidase  68.11 
 
 		 673 aa  860    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0483  Peptidyl-dipeptidase Dcp  52.6 
 
 		 699 aa  654    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3258  peptidyl-dipeptidase Dcp  56.15 
 
 		 689 aa  725    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3687  Peptidyl-dipeptidase Dcp  55.27 
 
 		 689 aa  726    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115326 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1944  peptidyl-dipeptidase Dcp  60.27 
 
 		 678 aa  764    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.357111  normal  0.0103926 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3302  peptidyl-dipeptidase Dcp  52.67 
 
 		 682 aa  696    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.423656  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0127  peptidyl-dipeptidase Dcp  50.81 
 
 		 681 aa  634  1e-180  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0332  M3 family peptidase  48.81 
 
 		 674 aa  625  1e-177  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3108  peptidyl-dipeptidase Dcp  47.42 
 
 		 716 aa  595  1e-169  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3217  Peptidyl-dipeptidase Dcp  47.42 
 
 		 717 aa  592  1e-168  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.738556  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3302  Peptidyl-dipeptidase Dcp  47.27 
 
 		 717 aa  590  1e-167  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335869  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1608  peptidyl-dipeptidase Dcp  43.87 
 
 		 687 aa  574  1.0000000000000001e-162  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.000301747  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2161  peptidyl-dipeptidase Dcp  43.7 
 
 		 726 aa  567  1e-160  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000156598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1048  peptidyl-dipeptidase Dcp  45.47 
 
 		 687 aa  567  1e-160  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0934  Peptidyl-dipeptidase Dcp  43.78 
 
 		 714 aa  561  1e-158  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1927  peptidyl-dipeptidase Dcp  43.68 
 
 		 725 aa  558  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000906587  normal  0.0591624 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1857  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.94 
 
 		 729 aa  555  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000553999  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2692  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.65 
 
 		 726 aa  545  1e-154  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00136088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2739  peptidyl-dipeptidase Dcp  43.09 
 
 		 734 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000196014  normal  0.488715 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2627  peptidyl-dipeptidase Dcp  43.09 
 
 		 734 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0147146  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2334  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.16 
 
 		 727 aa  543  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00135351  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2661  peptidyl-dipeptidase Dcp  43.24 
 
 		 734 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000935257  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1724  Peptidyl-dipeptidase Dcp  42.94 
 
 		 734 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000140268  hitchhiker  0.0039604 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00465  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.33 
 
 		 729 aa  541  9.999999999999999e-153  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0349623  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1597  peptidyl-dipeptidase Dcp  41.83 
 
 		 726 aa  538  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000288176  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2302  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.21 
 
 		 742 aa  535  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000226304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2372  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.21 
 
 		 742 aa  536  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00637637  normal  0.641493 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0143  peptidyl-dipeptidase Dcp  43.59 
 
 		 734 aa  535  1e-151  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.62915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1564  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.54 
 
 		 730 aa  536  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48190  predicted protein  43.75 
 
 		 780 aa  534  1e-150  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2492  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.06 
 
 		 742 aa  533  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000562002  normal  0.0797641 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5800  Peptidyl-dipeptidase Dcp  41.86 
 
 		 848 aa  525  1e-148  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.882586 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4267  peptidyl-dipeptidase Dcp  41.76 
 
 		 746 aa  522  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.726891  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3161  peptidyl-dipeptidase Dcp  40.97 
 
 		 728 aa  507  9.999999999999999e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1858  Oligopeptidase A  40.56 
 
 		 709 aa  499  1e-140  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.375638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1586  peptidyl-dipeptidase Dcp  41.06 
 
 		 736 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.153146  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02761  peptidyl-dipeptidase dcp  41.41 
 
 		 722 aa  494  9.999999999999999e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.538923  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1636  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.9 
 
 		 718 aa  490  1e-137  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.919214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2661  Peptidyl-dipeptidase Dcp  40.44 
 
 		 712 aa  491  1e-137  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.678732  normal  0.107916 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1028  peptidyl-dipeptidase Dcp  40.81 
 
 		 723 aa  488  1e-136  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.317856  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0904  peptidyl-dipeptidase Dcp  40.96 
 
 		 723 aa  487  1e-136  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2581  peptidyl-dipeptidase Dcp  40.27 
 
 		 714 aa  478  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.416327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19990  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.21 
 
 		 683 aa  469  1.0000000000000001e-131  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.813325  hitchhiker  0.000902932 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3142  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.64 
 
 		 716 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0181  Peptidyl-dipeptidase Dcp  39.12 
 
 		 718 aa  467  9.999999999999999e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.585787 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2508  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.62 
 
 		 717 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000673549  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1408  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.64 
 
 		 716 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.289641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2863  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.64 
 
 		 716 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1355  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.2 
 
 		 716 aa  462  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0122052 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1420  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.5 
 
 		 716 aa  465  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.712278  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1271  Oligopeptidase A  38.78 
 
 		 671 aa  460  9.999999999999999e-129  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1262  peptidyl-dipeptidase Dcp  39.88 
 
 		 716 aa  460  9.999999999999999e-129  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.776976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2992  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.5 
 
 		 716 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2844  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.44 
 
 		 716 aa  462  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.835993  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1448  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.2 
 
 		 722 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0138668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1514  Peptidyl-dipeptidase Dcp  38.53 
 
 		 716 aa  462  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2306  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.5 
 
 		 733 aa  459  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.283841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2852  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.2 
 
 		 711 aa  457  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2786  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.64 
 
 		 712 aa  451  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0046774  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1889  Peptidyl-dipeptidase Dcp  37.85 
 
 		 680 aa  440  9.999999999999999e-123  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.994052  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3613  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.98 
 
 		 718 aa  438  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000460509  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1172  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.64 
 
 		 718 aa  434  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0429  oligopeptidase A  38.43 
 
 		 675 aa  431  1e-119  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.735767  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1627  dipeptidyl carboxypeptidase II  38 
 
 		 681 aa  426  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000101595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2212  peptidyl-dipeptidase Dcp  37.22 
 
 		 720 aa  428  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.198958 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1628  dipeptidyl carboxypeptidase II  38.14 
 
 		 681 aa  426  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000356686  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5541  Peptidyl-dipeptidase Dcp  39.15 
 
 		 677 aa  427  1e-118  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481391 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0817  Peptidyl-dipeptidase Dcp  37.76 
 
 		 726 aa  429  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.480968  normal  0.163451 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1659  dipeptidyl carboxypeptidase II  38.51 
 
 		 680 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.037506  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1702  dipeptidyl carboxypeptidase II  38 
 
 		 681 aa  423  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0043073  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1624  dipeptidyl carboxypeptidase II  38.71 
 
 		 680 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2120  dipeptidyl carboxypeptidase II  38 
 
 		 681 aa  424  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000189096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2154  dipeptidyl carboxypeptidase II  38 
 
 		 681 aa  423  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000542867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1615  dipeptidyl carboxypeptidase II  38.65 
 
 		 680 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.418466  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05555  peptidyl-dipeptidase  35.91 
 
 		 674 aa  424  1e-117  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1683  dipeptidyl carboxypeptidase II  38.51 
 
 		 680 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.897722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1586  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.58 
 
 		 715 aa  422  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.6132 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>