More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0514 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_0483  Peptidyl-dipeptidase Dcp  55.36 
 
 
699 aa  684    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0940  Peptidyl-dipeptidase Dcp  54.73 
 
 
696 aa  680    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.131573  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0011  peptidyl-dipeptidase Dcp  56.8 
 
 
683 aa  679    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.100519 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0878  peptidyl-dipeptidase Dcp  53.35 
 
 
682 aa  687    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0446  Peptidyl-dipeptidase Dcp  54.95 
 
 
699 aa  673    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.428364  normal  0.240346 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0016  peptidase M3A and M3B thimet/oligopeptidase F  57.74 
 
 
685 aa  726    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3687  Peptidyl-dipeptidase Dcp  55.24 
 
 
689 aa  720    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115326 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3302  peptidyl-dipeptidase Dcp  53.35 
 
 
682 aa  703    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.423656  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0926  peptidase M3A and M3B, thimet/oligopeptidase F  56 
 
 
692 aa  673    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2973  peptidyl-dipeptidase  69.63 
 
 
673 aa  860    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4158  peptidyl-dipeptidase  56.23 
 
 
694 aa  744    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.964957  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0596  peptidyl-dipeptidase Dcp  91.07 
 
 
672 aa  1180    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3711  Peptidyl-dipeptidase Dcp  55.96 
 
 
695 aa  709    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2249  peptidyl-dipeptidase Dcp  91.22 
 
 
672 aa  1182    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0488613  normal  0.482949 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0332  M3 family peptidase  49.55 
 
 
674 aa  649    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3177  peptidyl-dipeptidase Dcp  54.64 
 
 
687 aa  718    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4545  peptidyl-dipeptidase Dcp  54.95 
 
 
694 aa  684    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.757808 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0912  peptidyl-dipeptidase Dcp  73.05 
 
 
674 aa  985    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1351  peptidyl-dipeptidase  54.13 
 
 
693 aa  688    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4839  peptidyl-dipeptidase Dcp  53.97 
 
 
696 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0823  peptidyl-dipeptidase Dcp  53.35 
 
 
733 aa  685    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0413  peptidyl-dipeptidase Dcp  54.83 
 
 
699 aa  684    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.689859 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3258  peptidyl-dipeptidase Dcp  57.44 
 
 
689 aa  739    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703837  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0858  peptidyl-dipeptidase Dcp  55.47 
 
 
696 aa  689    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.556421 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3417  peptidyl-dipeptidase Dcp  55.6 
 
 
696 aa  690    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0514  peptidyl-dipeptidase Dcp  100 
 
 
672 aa  1352    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0408972  normal  0.0574959 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0465  peptidyl-dipeptidase Dcp  68.41 
 
 
671 aa  955    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0127  peptidyl-dipeptidase Dcp  52.67 
 
 
681 aa  655    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2934  peptidyl-dipeptidase Dcp  56.78 
 
 
689 aa  717    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.667939  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4032  Peptidyl-dipeptidase Dcp  55.23 
 
 
695 aa  699    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1944  peptidyl-dipeptidase Dcp  61.78 
 
 
678 aa  772    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.357111  normal  0.0103926 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3108  peptidyl-dipeptidase Dcp  48.74 
 
 
716 aa  608  9.999999999999999e-173  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3217  Peptidyl-dipeptidase Dcp  48.15 
 
 
717 aa  600  1e-170  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.738556  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3302  Peptidyl-dipeptidase Dcp  48.45 
 
 
717 aa  601  1e-170  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335869  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1608  peptidyl-dipeptidase Dcp  43.87 
 
 
687 aa  577  1.0000000000000001e-163  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.000301747  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1048  peptidyl-dipeptidase Dcp  46.68 
 
 
687 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2161  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.92 
 
 
726 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000156598  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2334  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.54 
 
 
727 aa  571  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00135351  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1857  peptidyl-dipeptidase Dcp  43.07 
 
 
729 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000553999  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1927  peptidyl-dipeptidase Dcp  43.45 
 
 
725 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000906587  normal  0.0591624 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2692  peptidyl-dipeptidase Dcp  43.07 
 
 
726 aa  560  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00136088  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2739  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.18 
 
 
734 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000196014  normal  0.488715 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2372  peptidyl-dipeptidase Dcp  41.89 
 
 
742 aa  555  1e-157  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00637637  normal  0.641493 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2627  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.18 
 
 
734 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0147146  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2302  peptidyl-dipeptidase Dcp  41.89 
 
 
742 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000226304  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1724  Peptidyl-dipeptidase Dcp  42.04 
 
 
734 aa  551  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000140268  hitchhiker  0.0039604 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2661  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.18 
 
 
734 aa  551  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000935257  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2492  peptidyl-dipeptidase Dcp  41.74 
 
 
742 aa  551  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000562002  normal  0.0797641 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48190  predicted protein  45.14 
 
 
780 aa  546  1e-154  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5800  Peptidyl-dipeptidase Dcp  42.9 
 
 
848 aa  546  1e-154  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.882586 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1597  peptidyl-dipeptidase Dcp  40.77 
 
 
726 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000288176  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1564  peptidyl-dipeptidase Dcp  43.07 
 
 
730 aa  538  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0934  Peptidyl-dipeptidase Dcp  40.06 
 
 
714 aa  525  1e-147  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3161  peptidyl-dipeptidase Dcp  42.38 
 
 
728 aa  520  1e-146  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2661  Peptidyl-dipeptidase Dcp  41.13 
 
 
712 aa  506  9.999999999999999e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.678732  normal  0.107916 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4267  peptidyl-dipeptidase Dcp  40.32 
 
 
746 aa  503  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.726891  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00465  peptidyl-dipeptidase Dcp  40.62 
 
 
729 aa  504  1e-141  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0349623  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1858  Oligopeptidase A  39.59 
 
 
709 aa  501  1e-140  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.375638  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02761  peptidyl-dipeptidase dcp  41.26 
 
 
722 aa  497  1e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.538923  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1636  peptidyl-dipeptidase Dcp  43.02 
 
 
718 aa  496  1e-139  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.919214  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0143  peptidyl-dipeptidase Dcp  41.97 
 
 
734 aa  497  1e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.62915  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2581  peptidyl-dipeptidase Dcp  40.27 
 
 
714 aa  491  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.416327  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1586  peptidyl-dipeptidase Dcp  39.82 
 
 
736 aa  491  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.153146  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1262  peptidyl-dipeptidase Dcp  41.58 
 
 
716 aa  479  1e-134  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.776976  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1028  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.6 
 
 
723 aa  480  1e-134  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.317856  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0904  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.89 
 
 
723 aa  481  1e-134  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1448  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.79 
 
 
722 aa  476  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0138668  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1408  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.79 
 
 
716 aa  479  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.289641  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3142  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.2 
 
 
716 aa  475  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2508  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.3 
 
 
717 aa  474  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000673549  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1355  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.2 
 
 
716 aa  472  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0122052 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1420  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.5 
 
 
716 aa  474  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.712278  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19990  peptidyl-dipeptidase Dcp  44.49 
 
 
683 aa  474  1e-132  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.813325  hitchhiker  0.000902932 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2852  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.35 
 
 
711 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5541  Peptidyl-dipeptidase Dcp  42.54 
 
 
677 aa  470  1.0000000000000001e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.481391 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1514  Peptidyl-dipeptidase Dcp  38.09 
 
 
716 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0181  Peptidyl-dipeptidase Dcp  38.53 
 
 
718 aa  467  9.999999999999999e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.585787 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2863  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.05 
 
 
716 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2992  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.05 
 
 
716 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2844  peptidyl-dipeptidase Dcp  37.76 
 
 
716 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.835993  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1172  peptidyl-dipeptidase Dcp  39.82 
 
 
718 aa  463  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1271  Oligopeptidase A  37.56 
 
 
671 aa  459  9.999999999999999e-129  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2306  peptidyl-dipeptidase Dcp  36.99 
 
 
733 aa  459  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.283841  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2786  peptidyl-dipeptidase Dcp  37.63 
 
 
712 aa  449  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0046774  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0758  peptidyl-dipeptidase Dcp  35.63 
 
 
695 aa  448  1.0000000000000001e-124  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.703412 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0429  oligopeptidase A  38.7 
 
 
675 aa  443  1e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.735767  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2212  peptidyl-dipeptidase Dcp  37.22 
 
 
720 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.198958 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1628  dipeptidyl carboxypeptidase II  37.7 
 
 
681 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000356686  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1627  dipeptidyl carboxypeptidase II  37.56 
 
 
681 aa  437  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000101595  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2120  dipeptidyl carboxypeptidase II  37.56 
 
 
681 aa  437  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000189096  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3613  peptidyl-dipeptidase Dcp  36.98 
 
 
718 aa  438  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000460509  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2154  dipeptidyl carboxypeptidase II  37.56 
 
 
681 aa  437  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000542867  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1702  dipeptidyl carboxypeptidase II  37.56 
 
 
681 aa  437  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0043073  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01497  dipeptidyl carboxypeptidase II  37.41 
 
 
681 aa  435  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000554972  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2107  Peptidyl-dipeptidase Dcp  37.41 
 
 
681 aa  434  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000100258  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1789  peptidyl-dipeptidase Dcp  38.95 
 
 
678 aa  433  1e-120  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1747  dipeptidyl carboxypeptidase II  37.41 
 
 
681 aa  435  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000176461  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1612  peptidyl-dipeptidase Dcp  36.82 
 
 
714 aa  434  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.922334  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1889  Peptidyl-dipeptidase Dcp  36.97 
 
 
680 aa  433  1e-120  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.994052  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01508  hypothetical protein  37.41 
 
 
681 aa  435  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000866306  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>