163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1546 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1546  hypothetical protein  100 
 
 		 1351 aa  2762    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369989 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0208  pyruvate formate-lyase  27.2 
 
 		 847 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1397  glycerol dehydratase  24.01 
 
 		 799 aa  159  4e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0903  pyruvate formate-lyase  24.57 
 
 		 846 aa  153  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1163  pyruvate formate-lyase  23.45 
 
 		 847 aa  148  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.948697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4092  pyruvate formate-lyase  23.27 
 
 		 847 aa  146  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1246  pyruvate formate-lyase  22.28 
 
 		 796 aa  142  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1174  pyruvate formate-lyase  21.99 
 
 		 867 aa  138  6.0000000000000005e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00269172  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0906  formate C-acetyltransferase  23.39 
 
 		 782 aa  135  7.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3543  Formate C-acetyltransferase  23.24 
 
 		 831 aa  125  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0937  pyruvate-formate lyase  22.27 
 
 		 808 aa  125  7e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000309949  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5411  putative formate acetyltransferase 2  23.62 
 
 		 765 aa  124  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03836  predicted formate acetyltransferase 2 (pyruvate formate lyase II)  23.48 
 
 		 765 aa  124  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03785  hypothetical protein  23.48 
 
 		 765 aa  124  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4185  putative formate acetyltransferase 2  23.48 
 
 		 765 aa  124  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4065  putative formate acetyltransferase 2  23.48 
 
 		 765 aa  124  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4398  putative formate acetyltransferase 2  23.35 
 
 		 765 aa  122  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.514532 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4035  pyruvate formate-lyase  23.35 
 
 		 765 aa  122  7e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4437  putative formate acetyltransferase 2  23.21 
 
 		 765 aa  121  7e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1074  pyruvate formate-lyase  21.98 
 
 		 802 aa  121  7.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.981923  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4490  putative formate acetyltransferase 2  23.35 
 
 		 765 aa  121  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3039  formate C-acetyltransferase  24.66 
 
 		 808 aa  119  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1937  pyruvate formate-lyase  20.3 
 
 		 765 aa  118  7.999999999999999e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000216234  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4445  putative formate acetyltransferase 2  24.09 
 
 		 765 aa  117  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.299807 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4519  putative formate acetyltransferase 2  24.09 
 
 		 765 aa  117  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000438514 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0169  Formate C-acetyltransferase  21.77 
 
 		 811 aa  116  3e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3282  formate C-acetyltransferase  22.12 
 
 		 846 aa  116  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3259  pyruvate formate-lyase  21.22 
 
 		 805 aa  115  4.0000000000000004e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.435374  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2642  pyruvate formate-lyase  23.64 
 
 		 810 aa  115  5e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.611015  hitchhiker  0.000425531 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0331  formate acetyltransferase  20.99 
 
 		 818 aa  115  6e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3703  pyruvate formate-lyase  23.11 
 
 		 807 aa  115  6e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2366  Formate C-acetyltransferase  23.5 
 
 		 786 aa  114  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.124831  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3714  Formate C-acetyltransferase  22.42 
 
 		 834 aa  114  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2965  pyruvate formate-lyase  22.69 
 
 		 785 aa  113  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0233628  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2191  formate C-acetyltransferase  23.23 
 
 		 987 aa  113  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1437  Formate C-acetyltransferase  23.05 
 
 		 786 aa  109  3e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2476  Formate C-acetyltransferase  22.6 
 
 		 796 aa  106  2e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1417  formate C-acetyltransferase  22.03 
 
 		 848 aa  106  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001156  pyruvate formate-lyase  23.38 
 
 		 807 aa  103  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.124703  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4905  Formate C-acetyltransferase  21.05 
 
 		 848 aa  103  3e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1357  Formate C-acetyltransferase  22.28 
 
 		 848 aa  102  5e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0894  formate C-acetyltransferas  21.98 
 
 		 810 aa  100  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.412479  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00790  predicted pyruvate formate lyase  21.98 
 
 		 810 aa  100  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00807  hypothetical protein  21.98 
 
 		 810 aa  100  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2819  pyruvate formate-lyase  21.6 
 
 		 810 aa  99.4  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0539131  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17440  pyruvate-formate lyase  21.19 
 
 		 789 aa  99.8  4e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2821  pyruvate formate-lyase  21.6 
 
 		 810 aa  99.8  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0848  formate C-acetyltransferase 3  21.85 
 
 		 810 aa  99.4  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2525  formate C-acetyltransferase 3  21.76 
 
 		 810 aa  98.6  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.802727  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3278  formate C-acetyltransferase  21.74 
 
 		 847 aa  97.8  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0881  formate C-acetyltransferas  21.85 
 
 		 810 aa  97.8  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1317  pyruvate formate-lyase  21.57 
 
 		 810 aa  97.4  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.334389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0944  formate C-acetyltransferase 3  21.49 
 
 		 810 aa  94  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0911  formate C-acetyltransferase 3  21.49 
 
 		 810 aa  93.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0884  formate C-acetyltransferase 3  21.49 
 
 		 810 aa  92.8  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.712756  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0994  formate C-acetyltransferase 3  21.49 
 
 		 810 aa  92.4  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1587  Formate C-acetyltransferase  20.33 
 
 		 830 aa  92  8e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00731627  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0973  formate C-acetyltransferase 3  21.49 
 
 		 810 aa  91.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.807347  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2101  formate acetyltransferase  22.31 
 
 		 786 aa  90.5  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.384988  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1273  formate C-acetyltransferase  21.08 
 
 		 829 aa  90.1  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1436  Formate C-acetyltransferase  21.32 
 
 		 831 aa  88.2  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2750  formate C-acetyltransferase  21.66 
 
 		 828 aa  87.8  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0979  formate C-acetyltransferase  23.15 
 
 		 817 aa  86.7  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385052 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0366  Formate C-acetyltransferase  20.73 
 
 		 825 aa  83.2  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0491  formate C-acetyltransferase  21.39 
 
 		 828 aa  79  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.212821 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2145  Formate C-acetyltransferase  20.27 
 
 		 823 aa  78.6  0.0000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7089  Dyp-type peroxidase family protein  33.87 
 
 		 359 aa  78.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.264761  normal  0.129458 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3461  Formate C-acetyltransferase  21.27 
 
 		 826 aa  77.4  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1403  Dyp-type peroxidase  33.87 
 
 		 359 aa  75.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6426  Dyp-type peroxidase family protein  33.87 
 
 		 359 aa  75.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.353753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2499  pyruvate formate-lyase PFL  23.27 
 
 		 786 aa  75.9  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7001  Dyp-type peroxidase  31.38 
 
 		 353 aa  74.7  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0670  melanin biosynthesis protein TyrA, putative  32.32 
 
 		 311 aa  74.3  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3026  Formate C-acetyltransferase  20.48 
 
 		 768 aa  73.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2753  formate C-acetyltransferase  21.85 
 
 		 518 aa  73.2  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5473  Dyp-type peroxidase family protein  29.27 
 
 		 352 aa  72.8  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.308432  normal  0.0526287 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5665  Dyp-type peroxidase family protein  31.18 
 
 		 356 aa  72.4  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6414  Dyp-type peroxidase family protein  31.18 
 
 		 349 aa  72.4  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.285799  normal  0.19542 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5572  Dyp-type peroxidase  29.03 
 
 		 315 aa  69.7  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5414  Dyp-type peroxidase family protein  33.15 
 
 		 353 aa  70.1  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.872456  normal  0.0333574 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0076  Dyp-type peroxidase family  24.38 
 
 		 310 aa  68.9  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3833  Dyp-type peroxidase  32.64 
 
 		 354 aa  68.6  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.718236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10814  hypothetical protein  26.42 
 
 		 335 aa  68.6  0.0000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0864  Dyp-type peroxidase family protein  29.07 
 
 		 314 aa  67  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.746492  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3201  Dyp-type peroxidase family  30.94 
 
 		 340 aa  66.6  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4014  Dyp-type peroxidase family protein  31.55 
 
 		 340 aa  66.6  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.881992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3631  Dyp-type peroxidase family  28.48 
 
 		 306 aa  66.6  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0605  Dyp-type peroxidase family protein  28.48 
 
 		 311 aa  66.2  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3689  Dyp-type peroxidase family protein  28.48 
 
 		 311 aa  66.2  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3813  Dyp-type peroxidase family protein  28.48 
 
 		 311 aa  66.2  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3343  Dyp-type peroxidase family protein  30.12 
 
 		 313 aa  65.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0610  Dyp-type peroxidase family protein  30.12 
 
 		 313 aa  65.9  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6187  Dyp-type peroxidase family  33.33 
 
 		 368 aa  65.5  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3513  Dyp-type peroxidase family protein  29.52 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0740  melanin biosynthesis protein TyrA, putative  29.52 
 
 		 311 aa  63.5  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0389  Dyp-type peroxidase  30.37 
 
 		 307 aa  64.3  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.442459  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1001  Dyp-type peroxidase family  31.75 
 
 		 299 aa  63.2  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.153616  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3200  Dyp-type peroxidase family  30.67 
 
 		 299 aa  63.2  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0949  Dyp-type peroxidase family protein  28.65 
 
 		 312 aa  63.2  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0764  Dyp-type peroxidase family  32.9 
 
 		 299 aa  62  0.00000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>