211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1163 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1397  glycerol dehydratase  50.65 
 
 		 799 aa  824    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0903  pyruvate formate-lyase  87.13 
 
 		 846 aa  1543    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1163  pyruvate formate-lyase  100 
 
 		 847 aa  1754    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.948697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4092  pyruvate formate-lyase  75.18 
 
 		 847 aa  1354    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0208  pyruvate formate-lyase  60.56 
 
 		 847 aa  1072    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1174  pyruvate formate-lyase  51.03 
 
 		 867 aa  910    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00269172  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1246  pyruvate formate-lyase  37.51 
 
 		 796 aa  563  1.0000000000000001e-159  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1074  pyruvate formate-lyase  35.53 
 
 		 802 aa  548  1e-154  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.981923  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4519  putative formate acetyltransferase 2  37.13 
 
 		 765 aa  546  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000438514 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4445  putative formate acetyltransferase 2  37.13 
 
 		 765 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.299807 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0331  formate acetyltransferase  35.7 
 
 		 818 aa  532  1e-149  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1937  pyruvate formate-lyase  36.49 
 
 		 765 aa  524  1e-147  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000216234  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00790  predicted pyruvate formate lyase  34.69 
 
 		 810 aa  489  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0848  formate C-acetyltransferase 3  35.04 
 
 		 810 aa  490  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00807  hypothetical protein  34.69 
 
 		 810 aa  489  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2821  pyruvate formate-lyase  35.16 
 
 		 810 aa  492  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2525  formate C-acetyltransferase 3  35.19 
 
 		 810 aa  490  1e-137  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.802727  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2819  pyruvate formate-lyase  34.58 
 
 		 810 aa  489  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0539131  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3259  pyruvate formate-lyase  34.69 
 
 		 805 aa  486  1e-136  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.435374  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0881  formate C-acetyltransferas  34.81 
 
 		 810 aa  488  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0894  formate C-acetyltransferas  34.34 
 
 		 810 aa  487  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.412479  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1317  pyruvate formate-lyase  34.22 
 
 		 810 aa  485  1e-135  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.334389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0911  formate C-acetyltransferase 3  34.33 
 
 		 810 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0994  formate C-acetyltransferase 3  34.45 
 
 		 810 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0884  formate C-acetyltransferase 3  34.45 
 
 		 810 aa  482  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.712756  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0944  formate C-acetyltransferase 3  34.33 
 
 		 810 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0973  formate C-acetyltransferase 3  33.6 
 
 		 810 aa  472  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.807347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2642  pyruvate formate-lyase  34.15 
 
 		 810 aa  465  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.611015  hitchhiker  0.000425531 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2965  pyruvate formate-lyase  33.8 
 
 		 785 aa  460  9.999999999999999e-129  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0233628  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3703  pyruvate formate-lyase  33.49 
 
 		 807 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1437  Formate C-acetyltransferase  33.25 
 
 		 786 aa  452  1e-125  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2366  Formate C-acetyltransferase  33.45 
 
 		 786 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.124831  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1417  formate C-acetyltransferase  33.41 
 
 		 848 aa  440  9.999999999999999e-123  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2101  formate acetyltransferase  33.89 
 
 		 786 aa  436  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.384988  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2499  pyruvate formate-lyase PFL  33.73 
 
 		 786 aa  433  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3282  formate C-acetyltransferase  33.73 
 
 		 846 aa  436  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1357  Formate C-acetyltransferase  34.59 
 
 		 848 aa  435  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3543  Formate C-acetyltransferase  33.69 
 
 		 831 aa  424  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3714  Formate C-acetyltransferase  33.33 
 
 		 834 aa  420  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1587  Formate C-acetyltransferase  32.15 
 
 		 830 aa  411  1e-113  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00731627  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2476  Formate C-acetyltransferase  33.61 
 
 		 796 aa  411  1e-113  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1436  Formate C-acetyltransferase  32 
 
 		 831 aa  408  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3278  formate C-acetyltransferase  32.7 
 
 		 847 aa  409  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1273  formate C-acetyltransferase  32.45 
 
 		 829 aa  405  1e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2750  formate C-acetyltransferase  31.72 
 
 		 828 aa  405  1e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4905  Formate C-acetyltransferase  33.22 
 
 		 848 aa  403  1e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0366  Formate C-acetyltransferase  32.25 
 
 		 825 aa  403  1e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4437  putative formate acetyltransferase 2  36.61 
 
 		 765 aa  401  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3039  formate C-acetyltransferase  31.96 
 
 		 808 aa  397  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5411  putative formate acetyltransferase 2  36.27 
 
 		 765 aa  396  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4398  putative formate acetyltransferase 2  36.27 
 
 		 765 aa  398  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.514532 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03836  predicted formate acetyltransferase 2 (pyruvate formate lyase II)  35.93 
 
 		 765 aa  395  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4065  putative formate acetyltransferase 2  35.93 
 
 		 765 aa  395  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4035  pyruvate formate-lyase  35.93 
 
 		 765 aa  394  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03785  hypothetical protein  35.93 
 
 		 765 aa  395  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4185  putative formate acetyltransferase 2  35.93 
 
 		 765 aa  395  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4490  putative formate acetyltransferase 2  35.98 
 
 		 765 aa  395  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0937  pyruvate-formate lyase  31.59 
 
 		 808 aa  387  1e-106  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000309949  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3461  Formate C-acetyltransferase  31.52 
 
 		 826 aa  388  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2145  Formate C-acetyltransferase  30.54 
 
 		 823 aa  380  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0491  formate C-acetyltransferase  31 
 
 		 828 aa  381  1e-104  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.212821 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0906  formate C-acetyltransferase  30.57 
 
 		 782 aa  378  1e-103  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001156  pyruvate formate-lyase  34.75 
 
 		 807 aa  353  1e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.124703  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17440  pyruvate-formate lyase  34.12 
 
 		 789 aa  333  1e-89  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0979  formate C-acetyltransferase  29.51 
 
 		 817 aa  332  2e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385052 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3055  formate C-acetyltransferase  30.14 
 
 		 811 aa  325  3e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2191  formate C-acetyltransferase  27.23 
 
 		 987 aa  311  2e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0169  Formate C-acetyltransferase  32.2 
 
 		 811 aa  298  4e-79  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1539  formate C-acetyltransferase glycine radical:pyruvate formate-lyase, PFL  25.17 
 
 		 862 aa  209  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.811686 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3026  Formate C-acetyltransferase  26.4 
 
 		 768 aa  207  7e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2753  formate C-acetyltransferase  26.55 
 
 		 518 aa  173  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2755  pyruvate-formate lyase  36 
 
 		 326 aa  160  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0853745  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1546  hypothetical protein  23.45 
 
 		 1351 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369989 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0505  formate acetyltransferase  37.63 
 
 		 742 aa  141  4.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00288175  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1006  formate acetyltransferase  37.7 
 
 		 760 aa  133  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1037  formate acetyltransferase  37.7 
 
 		 760 aa  133  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0101477  normal  0.620237 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0978  formate acetyltransferase  37.7 
 
 		 760 aa  133  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1071  formate acetyltransferase  37.7 
 
 		 760 aa  133  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.54519 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1729  formate acetyltransferase  37.17 
 
 		 760 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.636901  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1086  formate acetyltransferase  37.7 
 
 		 760 aa  133  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2582  formate acetyltransferase  36.56 
 
 		 742 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.435283  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1997  formate acetyltransferase  37.17 
 
 		 760 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2345  formate acetyltransferase  37.17 
 
 		 760 aa  132  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2243  formate acetyltransferase  37.17 
 
 		 760 aa  131  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1423  formate acetyltransferase  37.17 
 
 		 760 aa  131  6e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003976  pyruvate formate-lyase  38.22 
 
 		 758 aa  130  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1946  formate acetyltransferase 1  36.65 
 
 		 760 aa  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0218638  normal  0.0948953 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2677  formate acetyltransferase  36.65 
 
 		 760 aa  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2589  formate acetyltransferase  36.65 
 
 		 760 aa  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.830316  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1702  formate acetyltransferase  36.65 
 
 		 760 aa  129  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.548402 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0039  formate acetyltransferase  36.56 
 
 		 743 aa  129  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2838  formate acetyltransferase  35.48 
 
 		 760 aa  128  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0892614 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01546  pyruvate-formate lyase  37.17 
 
 		 758 aa  128  5e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00907  pyruvate formate lyase I  36.65 
 
 		 760 aa  127  6e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593107  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2425  formate acetyltransferase  36.65 
 
 		 760 aa  127  6e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.341931  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1136  formate acetyltransferase  36.08 
 
 		 774 aa  127  6e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.678757  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00914  hypothetical protein  36.65 
 
 		 760 aa  127  6e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.606271  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1000  formate acetyltransferase  36.65 
 
 		 760 aa  127  6e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.623819  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2693  formate acetyltransferase  36.65 
 
 		 760 aa  127  6e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.456571 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1064  formate acetyltransferase  36.65 
 
 		 760 aa  127  6e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.95333  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>