97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4296 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4296  ANTAR  100 
 
 		 194 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0466063 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6673  ANTAR domain protein with unknown sensor  28.26 
 
 		 193 aa  85.1  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0170316  normal  0.327107 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3637  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  30.32 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0573839  normal  0.0644959 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4901  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  31.75 
 
 		 216 aa  78.2  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.138975 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1847  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  30.05 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.871675  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5693  ANTAR domain protein with unknown sensor  27.78 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0468503  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6646  ANTAR domain protein with unknown sensor  27.78 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.274077  normal  0.0846161 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3021  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  29.69 
 
 		 221 aa  73.2  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.646198 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2662  response regulator receiver and ANTAR domain protein  31.37 
 
 		 221 aa  70.5  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.151243  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1304  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  29.89 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3323  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  32.09 
 
 		 213 aa  67.8  0.00000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.168384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5638  Response regulator antiterminator domain-containing protein  27.81 
 
 		 201 aa  67.4  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0386912  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3201  hypothetical protein  30.88 
 
 		 221 aa  67  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3259  transcription antitermination protein  31.45 
 
 		 199 aa  66.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3278  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.82 
 
 		 199 aa  66.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.225286  normal  0.994762 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3991  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  31.45 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2995  hypothetical protein  28.42 
 
 		 213 aa  65.1  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0802  ANTAR domain protein with unknown sensor  25.27 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0673655  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2207  ANTAR  26.26 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2420  transcription antitermination protein, putative  26.82 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1146  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  29.52 
 
 		 188 aa  62  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000356105  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1754  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  30.5 
 
 		 204 aa  61.2  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.299806  normal  0.0795607 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5906  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.63 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.311364  normal  0.0816062 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5752  response regulator receiver and ANTAR domain protein  24.18 
 
 		 216 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.320255  normal  0.798388 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0050  response regulator receiver and ANTAR domain protein  29.35 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2822  response regulator  34.52 
 
 		 191 aa  56.6  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4597  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.7 
 
 		 199 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3151  response regulator receiver  33.73 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.332536 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0660  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  28.57 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.132289  normal  0.0166929 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2955  response regulator  32.53 
 
 		 199 aa  54.7  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2035  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  27.56 
 
 		 199 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3378  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  31.46 
 
 		 206 aa  53.9  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0248143 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1618  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  29.03 
 
 		 199 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.144201  normal  0.292856 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2893  response regulator receiver  34.94 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.723289  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0461  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.84 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.537058 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2483  response regulator receiver and ANTAR domain protein  33.73 
 
 		 205 aa  52.4  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2394  response regulator receiver and ANTAR domain protein  29.58 
 
 		 218 aa  52.4  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00108275  hitchhiker  0.000509226 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3159  response regulator receiver and ANTAR domain protein  32.18 
 
 		 212 aa  51.6  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3061  response regulator receiver and ANTAR domain protein  29.06 
 
 		 194 aa  51.6  0.000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00113676  hitchhiker  0.000689676 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1081  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  30 
 
 		 247 aa  51.2  0.000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11642  two component system transcriptional regulator  31.33 
 
 		 205 aa  50.4  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0378541  normal  0.634495 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5540  response regulator receiver and ANTAR domain protein  32.95 
 
 		 200 aa  50.8  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2840  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  31.33 
 
 		 213 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0401204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1890  response regulator receiver and ANTAR domain protein  24.19 
 
 		 197 aa  50.8  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0366782  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14950  response regulator with putative antiterminator output domain  27.2 
 
 		 215 aa  50.1  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.117628  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3459  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  30.95 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3575  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  31.58 
 
 		 229 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.10936  normal  0.0183031 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3021  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  31.33 
 
 		 210 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5687  response regulator receiver and ANTAR domain protein  31.11 
 
 		 210 aa  49.7  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3036  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  31.33 
 
 		 210 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.222389  normal  0.216241 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2958  response regulator receiver and ANTAR domain protein  27.78 
 
 		 229 aa  49.3  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.799557  normal  0.502809 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3067  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  31.33 
 
 		 210 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2091  response regulator  30.25 
 
 		 187 aa  49.3  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1181  response regulator receiver  29.89 
 
 		 207 aa  48.9  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.928438  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25990  response regulator with putative antiterminator output domain protein  31.33 
 
 		 204 aa  48.9  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2860  response regulator receiver and ANTAR domain protein  32.98 
 
 		 214 aa  48.9  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.153721  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4420  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.78 
 
 		 208 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1468  response regulator receiver and ANTAR domain-containing protein  29.55 
 
 		 197 aa  48.1  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1132  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  30 
 
 		 194 aa  48.5  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.169793  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2177  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.03 
 
 		 190 aa  48.1  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1295  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  30.61 
 
 		 208 aa  48.1  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.153579  normal  0.0128304 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2047  response regulator receiver and ANTAR domain protein  28.45 
 
 		 191 aa  47.4  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000169009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4203  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  29.17 
 
 		 195 aa  47.8  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.793788  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3018  response regulator receiver  31.11 
 
 		 207 aa  47.4  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1086  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  27.55 
 
 		 202 aa  46.6  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1223  response regulator receiver and ANTAR domain protein  29.21 
 
 		 229 aa  47  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.788892 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4528  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  32.29 
 
 		 196 aa  46.2  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20250  response regulator with putative antiterminator output domain  27.34 
 
 		 226 aa  46.2  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0947543 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1767  aliphatic amidase regulator  26.4 
 
 		 196 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1448  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  30.85 
 
 		 196 aa  46.2  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3775  response regulator receiver and ANTAR domain-containing protein  28.09 
 
 		 207 aa  45.8  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.665226  normal  0.0118196 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1455  response regulator receiver and ANTAR domain protein  30.3 
 
 		 195 aa  45.4  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.770993 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4455  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  32.98 
 
 		 196 aa  45.4  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.269789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3208  response regulator receiver and ANTAR domain protein  27.73 
 
 		 200 aa  45.4  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2144  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  28.18 
 
 		 194 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1694  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  28.09 
 
 		 201 aa  45.1  0.0006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.136848  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1977  response regulator receiver and ANTAR domain protein  28.09 
 
 		 227 aa  45.1  0.0006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.239234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1506  response regulator receiver and ANTAR domain protein  28.09 
 
 		 220 aa  44.7  0.0008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1632  response regulator receiver and ANTAR domain protein  30.3 
 
 		 207 aa  44.7  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0623893 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2208  response regulator receiver and ANTAR domain protein  28.09 
 
 		 220 aa  44.7  0.0009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3647  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  27.89 
 
 		 191 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2093  response regulator receiver and ANTAR domain protein  27.89 
 
 		 191 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.966349  normal  0.0833699 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1689  response regulator receiver and ANTAR domain protein  28.09 
 
 		 201 aa  44.3  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000385738 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2506  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  29.47 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1604  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  27.89 
 
 		 191 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0284464 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20590  aliphatic amidase regulator  26.36 
 
 		 196 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00237487  normal  0.77718 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2959  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  32.58 
 
 		 192 aa  43.9  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2517  response regulator receiver and ANTAR domain protein  27.94 
 
 		 194 aa  43.9  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0678  response regulator receiver and ANTAR domain protein  28.18 
 
 		 243 aa  43.1  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1703  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  29.03 
 
 		 193 aa  43.1  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.242071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0888  response regulator  21.93 
 
 		 191 aa  42.7  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5900  two component response regulator  28.57 
 
 		 195 aa  42.7  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1611  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  27.27 
 
 		 191 aa  42.7  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000101988 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1952  putative aliphatic amidase regulator (AmiR)  25.44 
 
 		 148 aa  42  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2581  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  24.55 
 
 		 192 aa  41.2  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.298585  hitchhiker  0.00648362 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41490  hypothetical protein  25.87 
 
 		 192 aa  41.2  0.009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3761  response regulator receiver and ANTAR domain protein  22.4 
 
 		 194 aa  41.2  0.009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000015775  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>