47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5638 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5638  Response regulator antiterminator domain-containing protein  100 
 
 		 201 aa  411  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0386912  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3278  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  53.37 
 
 		 199 aa  185  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.225286  normal  0.994762 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3259  transcription antitermination protein  54.01 
 
 		 199 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3991  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  54.01 
 
 		 199 aa  182  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1754  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  43.65 
 
 		 204 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.299806  normal  0.0795607 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6673  ANTAR domain protein with unknown sensor  36.55 
 
 		 193 aa  118  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0170316  normal  0.327107 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0461  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  28.42 
 
 		 208 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.537058 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0802  ANTAR domain protein with unknown sensor  28.89 
 
 		 212 aa  68.2  0.00000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0673655  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4296  ANTAR  27.81 
 
 		 194 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0466063 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4901  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  28.49 
 
 		 216 aa  62.8  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.138975 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3201  hypothetical protein  28.47 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3021  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.83 
 
 		 221 aa  58.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.646198 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2662  response regulator receiver and ANTAR domain protein  28.47 
 
 		 221 aa  58.2  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.151243  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5752  response regulator receiver and ANTAR domain protein  25.28 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.320255  normal  0.798388 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1304  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  25.42 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2420  transcription antitermination protein, putative  26.42 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2207  ANTAR  25.79 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3637  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.38 
 
 		 229 aa  54.3  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0573839  normal  0.0644959 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1847  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  28.57 
 
 		 203 aa  53.1  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.871675  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2995  hypothetical protein  24.32 
 
 		 213 aa  51.2  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5906  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  24.86 
 
 		 206 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.311364  normal  0.0816062 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1132  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  29.57 
 
 		 194 aa  50.1  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.169793  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0382  response regulator transcription regulator protein  25.89 
 
 		 195 aa  50.1  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.846144 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3317  putative response regulator NasT  22.52 
 
 		 201 aa  48.9  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0234612  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5028  response regulator receiver and ANTAR domain protein  23.74 
 
 		 198 aa  47.8  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.181706  normal  0.0113639 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0331  response regulator receiver:ANTAR  29.57 
 
 		 214 aa  47.8  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0238  response regulator receiver and ANTAR domain protein  24.11 
 
 		 212 aa  47.4  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3208  response regulator receiver and ANTAR domain protein  28.83 
 
 		 200 aa  47  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0259  response regulator receiver and ANTAR domain protein  24.11 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11030  response regulator with putative antiterminator output domain  27.74 
 
 		 198 aa  47  0.0002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.241703  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1289  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  22.86 
 
 		 221 aa  45.4  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.132207  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0278  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  25.89 
 
 		 219 aa  45.8  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0660  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  24.65 
 
 		 202 aa  45.1  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.132289  normal  0.0166929 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2958  response regulator receiver and ANTAR domain protein  26.36 
 
 		 229 aa  43.9  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.799557  normal  0.502809 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2091  response regulator  25.23 
 
 		 187 aa  44.7  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3151  response regulator receiver  28.06 
 
 		 206 aa  43.5  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.332536 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5540  response regulator receiver and ANTAR domain protein  27.34 
 
 		 200 aa  43.5  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2177  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.14 
 
 		 190 aa  42.7  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1151  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  20.54 
 
 		 195 aa  42.7  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2821  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.96 
 
 		 224 aa  42.4  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.41961  normal  0.477248 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0963  response regulator receiver and ANTAR domain protein  27.06 
 
 		 191 aa  42.4  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000231614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3118  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.05 
 
 		 196 aa  42.4  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1146  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  27.03 
 
 		 188 aa  42.4  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000356105  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2529  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  20.18 
 
 		 212 aa  42  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3378  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  28.06 
 
 		 206 aa  42  0.006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0248143 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2893  response regulator receiver  25 
 
 		 206 aa  42  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.723289  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1890  response regulator receiver and ANTAR domain protein  27.59 
 
 		 197 aa  42  0.007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0366782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>