More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3895 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3895  aldo/keto reductase  100 
 
 		 274 aa  563  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1329  aldo/keto reductase  86.13 
 
 		 274 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245506  normal  0.195487 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4776  aldo/keto reductase  84.93 
 
 		 274 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.368358  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2445  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  64.71 
 
 		 273 aa  358  4e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1306  aldo/keto reductase  59.85 
 
 		 274 aa  350  1e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2232  aldo/keto reductase  56.51 
 
 		 274 aa  315  6e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2228  aldo/keto reductase  56.13 
 
 		 274 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4912  aldo/keto reductase  55.76 
 
 		 277 aa  311  4.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3671  aldo/keto reductase family oxidoreductase  55.22 
 
 		 274 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  0.0165196 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2058  aldo/keto reductase  55.22 
 
 		 274 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38150  Aldo/keto reductase  54.07 
 
 		 277 aa  300  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.451685  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0288  2,5-didehydrogluconate reductase  44.32 
 
 		 274 aa  243  3e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.206569  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0580  aldo/keto reductase  40.88 
 
 		 275 aa  229  5e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.160331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1316  aldo/keto reductase  42.18 
 
 		 271 aa  226  3e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.904393  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2368  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  44.4 
 
 		 267 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3327  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  44.03 
 
 		 267 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475374 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0068  aldo/keto reductase  43.02 
 
 		 267 aa  216  4e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1880  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  43.66 
 
 		 267 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1154  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  43.66 
 
 		 283 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.254496  normal  0.723813 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02282  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  41.35 
 
 		 267 aa  215  7e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.418989  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1975  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  43.66 
 
 		 267 aa  215  7e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.399005  normal  0.128704 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5364  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  43.66 
 
 		 267 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1865  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  41.04 
 
 		 267 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.329772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2717  aldo/keto reductase  40.15 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.158921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0672  aldo/keto reductase  43.46 
 
 		 280 aa  213  2.9999999999999995e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.851781  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6096  aldo/keto reductase  41.91 
 
 		 268 aa  213  3.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.118169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0240  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  43.66 
 
 		 268 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3339  2,5-didehydrogluconate reductase  39.93 
 
 		 272 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1048  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  40.3 
 
 		 267 aa  210  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00311623  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1101  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  40.3 
 
 		 267 aa  209  4e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3351  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  42.48 
 
 		 268 aa  208  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0904766 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2432  2,5-didehydrogluconate reductase  38.83 
 
 		 272 aa  208  8e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.812147  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5116  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  42.16 
 
 		 267 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745449  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3401  aldo/keto reductase  39.18 
 
 		 267 aa  206  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1167  aldo/keto reductase  40.62 
 
 		 277 aa  206  3e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.23428 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4753  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  42.32 
 
 		 268 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.10147  normal  0.725846 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5298  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  41.95 
 
 		 268 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.222173 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4789  putative aldo/keto reductase  39.19 
 
 		 272 aa  206  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00200  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  39.55 
 
 		 267 aa  206  4e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148488  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3458  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  39.55 
 
 		 267 aa  206  4e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.412559  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00205  hypothetical protein  39.55 
 
 		 267 aa  206  4e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.125752  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3073  2,5-didehydrogluconate reductase  40.29 
 
 		 272 aa  205  7e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.268881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0220  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  39.55 
 
 		 267 aa  204  9e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.167357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4858  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  41.73 
 
 		 268 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0211  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  39.18 
 
 		 267 aa  204  1e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0362263  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5450  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  41.73 
 
 		 268 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5412  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  41.73 
 
 		 268 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.948984  decreased coverage  0.00302815 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0287  2,5-didehydrogluconate reductase  42.86 
 
 		 277 aa  204  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.816728  normal  0.941845 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0213  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  38.81 
 
 		 267 aa  203  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0554444  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0222  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  39.1 
 
 		 267 aa  203  3e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0705129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3052  aldo/keto reductase  39.78 
 
 		 274 aa  202  5e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0578  aldo/keto reductase  42.38 
 
 		 276 aa  202  6e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.113038  normal  0.346661 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0204  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  38.81 
 
 		 267 aa  201  7e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0422  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  42.7 
 
 		 268 aa  201  9e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.495467  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2848  aldo/keto reductase  39.69 
 
 		 267 aa  201  9.999999999999999e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.677029 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2695  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  41.35 
 
 		 268 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2153  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  42.32 
 
 		 268 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2042  aldo/keto reductase  41 
 
 		 280 aa  200  1.9999999999999998e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0311  aldo/keto reductase  39.92 
 
 		 267 aa  199  3.9999999999999996e-50  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09980  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  41.35 
 
 		 272 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00527099  normal  0.878507 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0285  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  38.15 
 
 		 274 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0299  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  38.52 
 
 		 274 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0210  aldo/keto reductase  39.85 
 
 		 268 aa  199  6e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3899  aldo/keto reductase  41.85 
 
 		 269 aa  199  6e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.986138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0293  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  38.52 
 
 		 274 aa  198  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.896057 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2306  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  40.6 
 
 		 268 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0833333  hitchhiker  0.000000150497 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3571  aldo/keto reductase  39.85 
 
 		 277 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2108  aldo/keto reductase  38.95 
 
 		 282 aa  196  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4134  aldo/keto reductase  39.05 
 
 		 273 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1501  2,5-didehydrogluconate reductase  39.45 
 
 		 274 aa  194  1e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0945  aldo/keto reductase  39.42 
 
 		 273 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02792  probable oxidoreductase  37.28 
 
 		 278 aa  193  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0904  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  39.55 
 
 		 267 aa  193  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1380  2,5-didehydrogluconate reductase  39.84 
 
 		 275 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0278  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  38.06 
 
 		 267 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0925  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  40.07 
 
 		 272 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.816676  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0968  aldo/keto reductase  42.46 
 
 		 274 aa  190  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0280  2,5-diketo-D-gluconate reductase B  38.89 
 
 		 274 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0009  aldo/keto reductase  40.71 
 
 		 254 aa  189  2.9999999999999997e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.415825  normal  0.702209 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2381  2,5-didehydrogluconate reductase  36.26 
 
 		 272 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.308673  normal  0.442759 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1990  aldo/keto reductase  40.55 
 
 		 286 aa  189  5e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3599  aldo/keto reductase  39.25 
 
 		 280 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4383  aldo/keto reductase  37.89 
 
 		 283 aa  186  3e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1180  aldo/keto reductase  38.06 
 
 		 267 aa  185  7e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3547  2,5-didehydrogluconate reductase  37.74 
 
 		 278 aa  184  1.0000000000000001e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.802476  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4225  oxidoreductase  37.16 
 
 		 276 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0181  2,5-didehydrogluconate reductase  37.65 
 
 		 277 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0556  aldo/keto reductase  40.08 
 
 		 277 aa  184  2.0000000000000003e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1587  2,5-didehydrogluconate reductase  39.77 
 
 		 276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0625741  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0519  2,5-didehydrogluconate reductase  38.67 
 
 		 275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00901409  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2796  2,5-didehydrogluconate reductase  39.15 
 
 		 275 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5283  aldo/keto reductase  37.5 
 
 		 282 aa  183  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0154862 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2214  aldo/keto reductase  38.31 
 
 		 268 aa  182  4.0000000000000006e-45  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0904315  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3408  aldo/keto reductase  38.93 
 
 		 267 aa  182  4.0000000000000006e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.174673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0600  2,5-didehydrogluconate reductase  38.76 
 
 		 267 aa  182  7e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0196  2,5-didehydrogluconate reductase  38.04 
 
 		 277 aa  182  7e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2929  aldo/keto reductase  37.23 
 
 		 274 aa  181  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0368  aldo/keto reductase  41.35 
 
 		 279 aa  181  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.67539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1769  2,5-didehydrogluconate reductase  37.3 
 
 		 281 aa  181  1e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.904108  normal  0.360608 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0239  oxidoreductase, aldo/keto reductase family  38.43 
 
 		 277 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>