52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0469 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0469  uroporphyrinogen III synthase HEM4  100 
 
 		 247 aa  493  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.230216 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0314  uroporphyrinogen III synthase HEM4  88.26 
 
 		 265 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.798447  normal  0.471144 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0257  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  81.78 
 
 		 248 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.013852  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0047  uroporphyrinogen III synthase HEM4  65.32 
 
 		 248 aa  314  8e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0563  uroporphyrinogen III synthase HEM4  61.73 
 
 		 248 aa  282  4.0000000000000003e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.109058  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0288  putative uroporphyrinogen-III synthase  62.55 
 
 		 245 aa  278  6e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0472  uroporphyrinogen III synthase HEM4  60.08 
 
 		 248 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.850849 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1350  uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.73 
 
 		 237 aa  107  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0706582 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1159  uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.77 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3700  uroporphyrinogen-III synthase  35.16 
 
 		 235 aa  98.6  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1814  uroporphyrinogen-III synthase  32.92 
 
 		 235 aa  95.1  8e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390309  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1886  uroporphyrinogen-III synthase  32.92 
 
 		 235 aa  95.1  8e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4534  uroporphyrinogen III synthase HEM4  38.24 
 
 		 262 aa  94  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3567  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.38 
 
 		 734 aa  94.4  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0706  uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.95 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.827185 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0733  uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.85 
 
 		 236 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0290  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.02 
 
 		 245 aa  89.4  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.583848  normal  0.971702 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0008  uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.4 
 
 		 246 aa  87.8  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000296597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0747  uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.85 
 
 		 236 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.607642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4324  hypothetical protein  28.63 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.328763 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0976  uroporphyrinogen-III synthase  32.34 
 
 		 244 aa  87.4  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2967  uroporphyrinogen-III synthase  33.2 
 
 		 238 aa  86.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2070  uroporphyrinogen III synthase HEM4  33.98 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239723  normal  0.0510209 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0127  uroporphyrinogen III synthase HEM4  41.92 
 
 		 237 aa  82.8  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0006  uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.99 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1000  uroporphyrinogen-III synthase, putative  24.79 
 
 		 235 aa  81.6  0.00000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0374763  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0041  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.54 
 
 		 245 aa  79.3  0.00000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4021  uroporphyrinogen-III synthase  32.53 
 
 		 235 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4468  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.24 
 
 		 262 aa  75.5  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3201  uroporphyrinogen-III synthase  30.71 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4146  uroporphyrinogen-III synthase  28.46 
 
 		 238 aa  69.7  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373106  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0441  hypothetical protein  28.02 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.964124  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0480  uroporphyrinogen-III synthase  21.85 
 
 		 229 aa  63.5  0.000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0119  uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.43 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0546  uroporphyrinogen III synthase HEM4  20.88 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0736  uroporphyrinogen-III synthase  27.89 
 
 		 259 aa  60.5  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.512163 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1248  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrinogen-III synthase  26.48 
 
 		 520 aa  57.8  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.472521 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1937  uroporphyrinogen III synthase HEM4  35 
 
 		 229 aa  53.1  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0356015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1751  uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.8 
 
 		 260 aa  52.8  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.452444 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2787  uroporphyrinogen-III synthase  30.66 
 
 		 226 aa  49.7  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0212  uroporphyrinogen-III synthase  27.95 
 
 		 255 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.475879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2877  uroporphyrinogen-III synthase  37.21 
 
 		 229 aa  48.1  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.622728 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5486  uroporphyrinogen-III synthase  30.93 
 
 		 255 aa  47  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4081  uroporphyrinogen-III synthase, putative  29.39 
 
 		 231 aa  44.7  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.378457 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0129  uroporphyrinogen-III synthetase  26.75 
 
 		 258 aa  44.7  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0061  uroporphyrinogen-III synthase  27.16 
 
 		 257 aa  43.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1997  putative uroporphyrinogen-III synthase  36.36 
 
 		 224 aa  42.7  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.231944  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0178  uroporphyrinogen-III synthase  25.59 
 
 		 246 aa  42.7  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0118658  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1890  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.8 
 
 		 238 aa  42.7  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0486  uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.25 
 
 		 270 aa  42.7  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1223  uroporphyrinogen-III synthase  28.43 
 
 		 209 aa  42.4  0.006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.732844  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0493  uroporphyrinogen-III synthase  27.68 
 
 		 212 aa  41.6  0.01  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>