29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1997 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1997  putative uroporphyrinogen-III synthase  100 
 
 		 224 aa  425  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.231944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2913  uroporphyrinogen III synthase HEM4  39.46 
 
 		 247 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.16777  normal  0.155433 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4081  uroporphyrinogen-III synthase, putative  35.59 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.378457 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3416  uroporphyrinogen-III synthase  33.01 
 
 		 238 aa  71.6  0.000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6208  hypothetical protein  40.21 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0160  uroporphyrinogen III synthase HEM4  40.21 
 
 		 247 aa  68.9  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.609273  normal  0.657223 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3567  uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.51 
 
 		 734 aa  59.3  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0288  putative uroporphyrinogen-III synthase  44.44 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2828  uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.23 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0119  uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.48 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0469  uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.36 
 
 		 247 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.230216 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0563  uroporphyrinogen III synthase HEM4  43.4 
 
 		 248 aa  53.9  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.109058  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0314  uroporphyrinogen III synthase HEM4  41.18 
 
 		 265 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.798447  normal  0.471144 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0041  uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.83 
 
 		 245 aa  52.8  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1159  uroporphyrinogen III synthase HEM4  40.37 
 
 		 232 aa  52  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3201  uroporphyrinogen-III synthase  32.02 
 
 		 232 aa  52  0.000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0047  uroporphyrinogen III synthase HEM4  33.82 
 
 		 248 aa  50.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2070  uroporphyrinogen III synthase HEM4  46.46 
 
 		 239 aa  49.3  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239723  normal  0.0510209 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4534  uroporphyrinogen III synthase HEM4  41.67 
 
 		 262 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0472  uroporphyrinogen III synthase HEM4  38.89 
 
 		 248 aa  47.4  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.850849 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0257  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  37.25 
 
 		 248 aa  46.6  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.013852  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1937  uroporphyrinogen III synthase HEM4  40.82 
 
 		 229 aa  45.4  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0356015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0290  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  40.2 
 
 		 245 aa  44.7  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.583848  normal  0.971702 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2207  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.36 
 
 		 507 aa  44.3  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00880064  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0976  uroporphyrinogen-III synthase  38.83 
 
 		 244 aa  44.3  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0482  uroporphyrinogen III synthase HEM4  30 
 
 		 243 aa  43.9  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0372  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.09 
 
 		 243 aa  43.5  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2837  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  35.64 
 
 		 503 aa  42.7  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.452302  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0218  uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.84 
 
 		 224 aa  42.4  0.006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.0000000144428  normal  0.0267075 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>