67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1350 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1350  uroporphyrinogen III synthase HEM4  100 
 
 		 237 aa  459  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0706582 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3567  uroporphyrinogen III synthase HEM4  45.99 
 
 		 734 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0257  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.29 
 
 		 248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.013852  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0047  uroporphyrinogen III synthase HEM4  37.34 
 
 		 248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0314  uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.44 
 
 		 265 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.798447  normal  0.471144 
 
 
-
 
NC_002978  WD1000  uroporphyrinogen-III synthase, putative  27.35 
 
 		 235 aa  110  1.0000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0374763  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0469  uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.42 
 
 		 247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.230216 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0041  uroporphyrinogen III synthase HEM4  39.24 
 
 		 245 aa  109  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0546  uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.07 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4324  hypothetical protein  30.8 
 
 		 246 aa  105  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.328763 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1159  uroporphyrinogen III synthase HEM4  37.87 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0563  uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.44 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.109058  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0288  putative uroporphyrinogen-III synthase  37.08 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0480  uroporphyrinogen-III synthase  25.21 
 
 		 229 aa  100  1e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0290  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.48 
 
 		 245 aa  98.6  7e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.583848  normal  0.971702 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2070  uroporphyrinogen III synthase HEM4  37.87 
 
 		 239 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239723  normal  0.0510209 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0472  uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.98 
 
 		 248 aa  94.7  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.850849 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0706  uroporphyrinogen III synthase HEM4  37.34 
 
 		 242 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.827185 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0733  uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.25 
 
 		 236 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0747  uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.67 
 
 		 236 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.607642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4146  uroporphyrinogen-III synthase  32.79 
 
 		 238 aa  79.7  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373106  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0119  uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.8 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4534  uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.76 
 
 		 262 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0127  uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.75 
 
 		 237 aa  69.7  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2967  uroporphyrinogen-III synthase  32.52 
 
 		 238 aa  68.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3416  uroporphyrinogen-III synthase  31.76 
 
 		 238 aa  67  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0976  uroporphyrinogen-III synthase  29.29 
 
 		 244 aa  66.2  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3201  uroporphyrinogen-III synthase  32.65 
 
 		 232 aa  65.5  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0008  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.34 
 
 		 246 aa  63.9  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000296597  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1886  uroporphyrinogen-III synthase  28.45 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1814  uroporphyrinogen-III synthase  28.45 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390309  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1248  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrinogen-III synthase  27.08 
 
 		 520 aa  61.2  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.472521 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3374  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.78 
 
 		 509 aa  59.7  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3700  uroporphyrinogen-III synthase  32.8 
 
 		 235 aa  59.3  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0501  Uroporphyrinogen-III synthase  31.52 
 
 		 276 aa  58.2  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000190734  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1937  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.38 
 
 		 229 aa  57.4  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0356015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1258  uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.03 
 
 		 508 aa  57  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323904  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1346  uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.03 
 
 		 511 aa  56.2  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.694338  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0736  uroporphyrinogen-III synthase  29.46 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.512163 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2579  Uroporphyrinogen-III synthase  27.1 
 
 		 266 aa  55.1  0.0000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1252  uroporphyrin-III C-methyltransferase  26.17 
 
 		 505 aa  53.1  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4468  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  33.33 
 
 		 262 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4081  uroporphyrinogen-III synthase, putative  32.65 
 
 		 231 aa  50.8  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.378457 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2558  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.23 
 
 		 506 aa  49.7  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0358  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.59 
 
 		 510 aa  49.3  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1278  uroporphyrin-III C-methyltransferase  24 
 
 		 504 aa  48.9  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000100069  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2207  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.71 
 
 		 507 aa  48.9  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00880064  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1540  Uroporphyrinogen-III synthase  23.91 
 
 		 249 aa  48.1  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.221664  hitchhiker  0.00271946 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2767  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.62 
 
 		 503 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2162  uroporphyrin-III C-methyltransferase  22.4 
 
 		 512 aa  47.4  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000123773  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4021  uroporphyrinogen-III synthase  30.36 
 
 		 235 aa  46.6  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2236  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.75 
 
 		 503 aa  46.6  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1023  uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.31 
 
 		 493 aa  45.8  0.0006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0701  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.76 
 
 		 504 aa  45.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2449  uroporphyrin-III C-methyltransferase  25.61 
 
 		 502 aa  44.7  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.448467  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5486  uroporphyrinogen-III synthase  30.54 
 
 		 255 aa  44.7  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0006  uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.72 
 
 		 253 aa  44.3  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1477  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.06 
 
 		 227 aa  43.9  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0219  uroporphyrinogen III synthase HemD  32.26 
 
 		 248 aa  43.5  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2913  uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.23 
 
 		 247 aa  43.5  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.16777  normal  0.155433 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3201  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.64 
 
 		 519 aa  42.7  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3062  uroporphyrinogen-III methylase  33.33 
 
 		 513 aa  42.7  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3179  uroporphyrinogen-III synthase  22.45 
 
 		 252 aa  42.4  0.006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2877  uroporphyrinogen-III synthase  40.2 
 
 		 229 aa  42.4  0.007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.622728 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0948  uroporphyrinogen-III synthase  25.77 
 
 		 214 aa  42  0.008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1428  uroporphyrinogen-III synthase  26.16 
 
 		 248 aa  42  0.008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1514  uroporphyrinogen-III synthase  25.51 
 
 		 247 aa  41.6  0.01  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>