More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4425 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4425  inner-membrane translocator  100 
 
 		 318 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.241094  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.54 
 
 		 339 aa  160  4e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 324 aa  159  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0221  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.62 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 335 aa  154  1e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  32.57 
 
 		 407 aa  152  5e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  33.09 
 
 		 360 aa  149  8e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  32.03 
 
 		 407 aa  149  9e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  32.13 
 
 		 328 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  32.91 
 
 		 452 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2015  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 287 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.60727  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 337 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2501  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 415 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  30.43 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  29.07 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2167  inner-membrane translocator  31.19 
 
 		 325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  29.24 
 
 		 341 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0312  inner-membrane translocator  30.18 
 
 		 326 aa  136  5e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.481983 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 318 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4103  ABC transporter related  32.86 
 
 		 582 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  30.85 
 
 		 315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  32.8 
 
 		 328 aa  132  6e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  29.75 
 
 		 354 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 311 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  30.58 
 
 		 443 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  31.11 
 
 		 463 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  27.81 
 
 		 335 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 357 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0698  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 280 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00451191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  29.3 
 
 		 332 aa  129  6e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1864  ABC transporter related  31.42 
 
 		 599 aa  129  6e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 407 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0643  inner-membrane translocator  32.7 
 
 		 347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  29.68 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 393 aa  125  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  31.32 
 
 		 315 aa  125  9e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.24 
 
 		 326 aa  125  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5974  inner-membrane translocator  29.76 
 
 		 341 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3979  ABC transporter permease  28.97 
 
 		 342 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00212496 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  29.64 
 
 		 643 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  30.53 
 
 		 463 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1582  inner-membrane translocator  30.23 
 
 		 313 aa  123  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  29.6 
 
 		 463 aa  123  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.1 
 
 		 423 aa  123  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  32.47 
 
 		 330 aa  123  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0554  inner-membrane translocator  29.87 
 
 		 433 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0237898  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 463 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  32.35 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.21 
 
 		 332 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.3 
 
 		 412 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.29 
 
 		 418 aa  121  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  30.53 
 
 		 614 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  29.05 
 
 		 435 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.1 
 
 		 423 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.1 
 
 		 427 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  29.05 
 
 		 433 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0477  inner-membrane translocator  33.2 
 
 		 346 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.210882  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.1 
 
 		 427 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0096  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33 
 
 		 607 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.26664 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  33.11 
 
 		 830 aa  119  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0729  inner-membrane translocator  29.05 
 
 		 424 aa  119  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  31.2 
 
 		 401 aa  119  7e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  31.72 
 
 		 606 aa  119  7.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6491  ABC transporter related  29.97 
 
 		 608 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133272  normal  0.2359 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  30.07 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  29.09 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2266  inner-membrane translocator  31.21 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0901269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  30.58 
 
 		 340 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5835  inner-membrane translocator  31.86 
 
 		 344 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.825187  hitchhiker  0.0031354 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  28.81 
 
 		 325 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5694  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 348 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.87 
 
 		 418 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2318  ABC transporter related protein  29.89 
 
 		 589 aa  116  3.9999999999999997e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6585  inner-membrane translocator  30.13 
 
 		 611 aa  116  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  32.7 
 
 		 339 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.34 
 
 		 322 aa  116  6e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  28.48 
 
 		 418 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  32.7 
 
 		 339 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  29.68 
 
 		 603 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  27.66 
 
 		 327 aa  115  6.9999999999999995e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  28.48 
 
 		 418 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  31.03 
 
 		 593 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  30.69 
 
 		 593 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  28.48 
 
 		 418 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.1 
 
 		 423 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  30.58 
 
 		 336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  31.89 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.1 
 
 		 423 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0006  inner-membrane translocator  29.47 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  hitchhiker  0.0000215345 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.04 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.77 
 
 		 423 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  28.86 
 
 		 418 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.77 
 
 		 423 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1618  ABC transporter related  30.25 
 
 		 616 aa  114  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.103337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.77 
 
 		 423 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3625  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.77 
 
 		 423 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>