More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4424 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4424  inner-membrane translocator  100 
 
 		 295 aa  574  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.230334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1099  inner-membrane translocator  35.99 
 
 		 292 aa  152  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110891  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3646  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.362219  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2127  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 292 aa  149  7e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172623  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  30.64 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.39 
 
 		 287 aa  143  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.39 
 
 		 287 aa  143  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1501  inner-membrane translocator  34.46 
 
 		 291 aa  142  5e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5834  inner-membrane translocator  34.14 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317168 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0657  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 338 aa  141  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  34.4 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0644  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2006  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.45 
 
 		 288 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.766894  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5994  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.1 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0717664 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7596  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.76 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1438  inner-membrane translocator  37.2 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1533  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575934  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.3 
 
 		 603 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  35.46 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  37.94 
 
 		 603 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2425  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  36.8 
 
 		 288 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674149  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  37.94 
 
 		 603 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 287 aa  139  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  34.51 
 
 		 287 aa  139  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 603 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1258  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 291 aa  139  7.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241594  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 603 aa  137  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0220  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.57 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  30.48 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5695  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00418313 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1454  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.566264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1829  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 289 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000486818  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.47 
 
 		 293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  33.69 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  36.03 
 
 		 542 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  35.66 
 
 		 537 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0862  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.15 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0185519  normal  0.209309 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.26 
 
 		 558 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0362  inner-membrane translocator  37.2 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  36.03 
 
 		 542 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  31.34 
 
 		 292 aa  132  5e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.68 
 
 		 545 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4185  inner-membrane translocator  35.06 
 
 		 537 aa  132  9e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.940988  normal  0.195326 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  29.54 
 
 		 291 aa  132  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  30.69 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1707  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.666506  normal  0.0117709 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  34.49 
 
 		 542 aa  131  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  35.66 
 
 		 537 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  30.99 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0096  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.18 
 
 		 607 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.26664 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.68 
 
 		 523 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  34.75 
 
 		 290 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  30.31 
 
 		 291 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 524 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0313  inner-membrane translocator  32.3 
 
 		 291 aa  129  7.000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 534 aa  129  8.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 311 aa  128  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.19 
 
 		 520 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0562  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.33 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000395918  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1563  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.15 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  31.29 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4415  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.550314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2270  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 551 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  29.72 
 
 		 291 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 524 aa  126  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  28.77 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  32.64 
 
 		 652 aa  127  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.01 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  30.82 
 
 		 316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  30.82 
 
 		 316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  30.82 
 
 		 316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.19 
 
 		 545 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.01 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  32.67 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1581  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.39 
 
 		 289 aa  126  5e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000593948  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.49 
 
 		 316 aa  125  6e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0852  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.04 
 
 		 289 aa  125  7e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.416371  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0327  inner-membrane translocator  30 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0975712  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 527 aa  125  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  33.95 
 
 		 550 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1091  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 325 aa  125  9e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  30.49 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.01 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  30.82 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.49 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  33 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5975  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  30.82 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  30.82 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>