More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5975 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5975  inner-membrane translocator  100 
 
 		 285 aa  550  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  72.7 
 
 		 287 aa  414  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  72.5 
 
 		 287 aa  389  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  71.79 
 
 		 287 aa  379  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  59.22 
 
 		 287 aa  322  3e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2166  inner-membrane translocator  55.32 
 
 		 286 aa  271  8.000000000000001e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3552  inner-membrane translocator  43.57 
 
 		 289 aa  205  6e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  41.28 
 
 		 287 aa  196  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.81 
 
 		 291 aa  194  1e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 290 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  41.58 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 290 aa  182  7e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  38 
 
 		 308 aa  181  8.000000000000001e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.72 
 
 		 293 aa  182  8.000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  40.64 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  40.55 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  40.99 
 
 		 291 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.07 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  40.64 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  40.64 
 
 		 291 aa  176  4e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  39.32 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  39.32 
 
 		 319 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  39.32 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  39.32 
 
 		 319 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  36.61 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  38.98 
 
 		 308 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.64 
 
 		 319 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  39.58 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  38.31 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  40.41 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  38.64 
 
 		 308 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.64 
 
 		 308 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.64 
 
 		 308 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 308 aa  171  9e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1581  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.38 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000593948  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  38.83 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  38.68 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  37.71 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 290 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0553  inner-membrane translocator  41.47 
 
 		 304 aa  169  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0455233  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  36.62 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0598  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 304 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34105  normal  0.520758 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2272  inner-membrane translocator  40.97 
 
 		 291 aa  169  6e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.711778 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 293 aa  168  8e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4918  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraD  39.6 
 
 		 304 aa  168  9e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.68 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.68 
 
 		 294 aa  167  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0534  inner-membrane translocator  40.56 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000179103 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  37.09 
 
 		 308 aa  167  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1943  inner-membrane translocator  40.28 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38.93 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  40.83 
 
 		 291 aa  166  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4922  inner-membrane translocator  39.6 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.75867  hitchhiker  0.0000000000177319 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38.26 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  37.67 
 
 		 308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 301 aa  165  6.9999999999999995e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  37.67 
 
 		 308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  37.67 
 
 		 308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.94 
 
 		 603 aa  165  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  37.25 
 
 		 308 aa  165  9e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 308 aa  165  9e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4866  inner-membrane translocator  39.6 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  hitchhiker  0.000815383 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2492  inner-membrane translocator  39 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.366827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4744  inner-membrane translocator  39.6 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579328  hitchhiker  0.000000155208 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  37.94 
 
 		 603 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  37.94 
 
 		 603 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0400  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  37.63 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  38.7 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  37.92 
 
 		 308 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  39.72 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3323  inner-membrane translocator  37.95 
 
 		 309 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  39.08 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4658  inner-membrane translocator  40.13 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026431 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  37.29 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 603 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5834  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 290 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317168 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2425  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  36.4 
 
 		 288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674149  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.67 
 
 		 316 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1533  inner-membrane translocator  36.4 
 
 		 288 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575934  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0327  inner-membrane translocator  36.2 
 
 		 293 aa  162  7e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0975712  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.67 
 
 		 316 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1438  inner-membrane translocator  36.4 
 
 		 288 aa  162  7e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03306  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  38 
 
 		 308 aa  161  9e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0258  inner-membrane translocator  38 
 
 		 308 aa  161  9e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3865  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38 
 
 		 308 aa  161  9e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0259  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38 
 
 		 308 aa  161  9e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3936  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38 
 
 		 308 aa  161  9e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3739  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38 
 
 		 308 aa  162  9e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03259  hypothetical protein  38 
 
 		 308 aa  161  9e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4774  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38 
 
 		 308 aa  161  9e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3655  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  38 
 
 		 308 aa  161  9e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4249  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 287 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00770361  hitchhiker  0.0000029415 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1871  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.384431  normal  0.0224958 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  38.51 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>