More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4385 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4385  two-component response regulator VirG  100 
 
 		 241 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8217  two-component response regulator VirG  64.1 
 
 		 241 aa  287  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.206668  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6145  two-component response regulator VirG  57.81 
 
 		 241 aa  284  7e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2105  two component transcriptional regulator  50.65 
 
 		 253 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3900  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.43 
 
 		 259 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  50.85 
 
 		 253 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3905  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.57 
 
 		 243 aa  205  6e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00241  VirG  47.03 
 
 		 258 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  46.88 
 
 		 230 aa  189  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.88 
 
 		 259 aa  189  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  44.02 
 
 		 242 aa  188  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  42.5 
 
 		 245 aa  186  2e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  42.5 
 
 		 245 aa  186  2e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0713  DNA-binding response regulator  41.3 
 
 		 245 aa  185  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0746  DNA-binding response regulator  41.3 
 
 		 245 aa  185  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413916  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2121  DNA-binding response regulator  41.3 
 
 		 245 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0885999  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0531  DNA-binding response regulator  41.3 
 
 		 245 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2023  DNA-binding response regulator  41.3 
 
 		 245 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485022  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0602  DNA-binding response regulator  41.3 
 
 		 245 aa  185  4e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1669  DNA-binding response regulator  41.3 
 
 		 245 aa  185  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.501573  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4191  two component transcriptional regulator  42.62 
 
 		 244 aa  184  8e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0328  two component transcriptional regulator  46.69 
 
 		 242 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0159166  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  43.78 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  45.11 
 
 		 239 aa  181  8.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0710  two component transcriptional regulator  40.76 
 
 		 248 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 242 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3772  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3045  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.34 
 
 		 236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.77 
 
 		 248 aa  177  9e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.93 
 
 		 239 aa  177  1e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01583  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.8 
 
 		 237 aa  177  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0413  putative transcriptional regulatory protein OmpR  43.35 
 
 		 238 aa  177  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16231  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1998  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 240 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0541046  normal  0.0777049 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  41.05 
 
 		 240 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5277  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.28 
 
 		 246 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  43.59 
 
 		 262 aa  176  3e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 235 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003939  TorCAD operon transcriptional regulatory protein TorR  42.55 
 
 		 236 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0753413  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0872  DNA-binding response regulator  39.57 
 
 		 244 aa  175  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.359732  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3683  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 246 aa  175  5e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.801848  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  44.44 
 
 		 243 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 237 aa  174  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  42.37 
 
 		 261 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  44.3 
 
 		 245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.53 
 
 		 251 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 243 aa  172  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.58 
 
 		 245 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 241 aa  171  6.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1255  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.72 
 
 		 246 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.6 
 
 		 275 aa  171  1e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 242 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 236 aa  170  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4376  winged helix family two component transcriptional regulator  40.25 
 
 		 247 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1985  DNA-binding transcriptional regulator TorR  41.38 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.156357  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4667  two component transcriptional regulator  40.25 
 
 		 247 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3382  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 241 aa  169  4e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98781 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.56 
 
 		 241 aa  169  5e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  41.56 
 
 		 241 aa  169  5e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  42.98 
 
 		 244 aa  168  7e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  39.26 
 
 		 246 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.13 
 
 		 239 aa  168  8e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  41.35 
 
 		 236 aa  167  9e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.69 
 
 		 240 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.69 
 
 		 240 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  42.31 
 
 		 240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  41.48 
 
 		 245 aa  166  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.68 
 
 		 256 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  37.77 
 
 		 244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  41.53 
 
 		 244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 246 aa  165  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 246 aa  165  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1828  DNA-binding transcriptional regulator TorR  38.08 
 
 		 240 aa  165  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  38.82 
 
 		 247 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  39.08 
 
 		 246 aa  164  9e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1322  DNA-binding transcriptional regulator TorR  40.77 
 
 		 234 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000612091  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.4 
 
 		 246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.57 
 
 		 246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  37.82 
 
 		 246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  39.58 
 
 		 246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  43.4 
 
 		 252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  41.1 
 
 		 245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2059  two component transcriptional regulator  43.72 
 
 		 236 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5596  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.99 
 
 		 235 aa  163  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  40.69 
 
 		 240 aa  163  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  39.74 
 
 		 238 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  38.63 
 
 		 247 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.53 
 
 		 247 aa  162  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  38.75 
 
 		 246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  42.29 
 
 		 261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  41.81 
 
 		 257 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2983  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.06 
 
 		 242 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000906081  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2069  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.32 
 
 		 291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.501994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  39.74 
 
 		 238 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  40.52 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  38.96 
 
 		 246 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  40.08 
 
 		 248 aa  162  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 245 aa  161  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  41.45 
 
 		 243 aa  161  7e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>