210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3614 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3614  ferredoxin  100 
 
 		 107 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.468682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0730  2Fe-2S ferredoxin (FdII)  69.16 
 
 		 107 aa  160  8.000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2078  ferredoxin  68.87 
 
 		 106 aa  154  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5152  ferredoxin  52.34 
 
 		 107 aa  112  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.391721  normal  0.242425 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17820  ferredoxin  49.06 
 
 		 105 aa  110  5e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.872315 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6886  ferredoxin  53.4 
 
 		 106 aa  110  9e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1759  ferredoxin  51.89 
 
 		 106 aa  108  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0831  ferredoxin  50.94 
 
 		 106 aa  108  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2346  ferredoxin  50.94 
 
 		 106 aa  106  9.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.401056 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4980  ferredoxin  48.11 
 
 		 106 aa  105  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.117052 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0299  ferredoxin  48.11 
 
 		 107 aa  105  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5552  2Fe-2S ferredoxin (FdII)  51.89 
 
 		 106 aa  105  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.312295 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6980  ferredoxin  48.11 
 
 		 107 aa  105  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0601  putative ferredoxin  49.06 
 
 		 107 aa  105  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245768  normal  0.113964 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6602  ferredoxin  48.11 
 
 		 106 aa  103  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.274707  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4466  ferredoxin  47.17 
 
 		 106 aa  103  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.982343 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1088  ferredoxin  48.11 
 
 		 106 aa  103  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.614521 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3549  ferredoxin  50 
 
 		 106 aa  102  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4124  ferredoxin  50 
 
 		 106 aa  103  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.168786  normal  0.289688 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3843  ferredoxin  50 
 
 		 106 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.499595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4835  ferredoxin  49.06 
 
 		 106 aa  102  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1410  ferredoxin  48.11 
 
 		 106 aa  101  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.907706  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1320  ferredoxin  48.11 
 
 		 106 aa  100  5e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6065  ferredoxin  48.11 
 
 		 106 aa  100  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.258928 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8461  ferredoxin  48.6 
 
 		 107 aa  100  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0285  ferredoxin  50 
 
 		 107 aa  100  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.527532  normal  0.171436 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2127  ferredoxin  46.23 
 
 		 107 aa  100  6e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.712912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3131  ferredoxin  48.11 
 
 		 106 aa  100  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4930  ferredoxin  46.23 
 
 		 106 aa  100  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4477  ferredoxin  47.17 
 
 		 106 aa  100  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.431384  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2243  ferrodoxin  50.94 
 
 		 106 aa  100  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318756  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1457  ferredoxin  48.11 
 
 		 106 aa  99.4  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1643  ferredoxin  49.06 
 
 		 106 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2352  ferredoxin  47.66 
 
 		 106 aa  99.8  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0081  ferredoxin  47.17 
 
 		 106 aa  99.4  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.402763 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2112  ferredoxin  50.93 
 
 		 107 aa  100  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212456  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2520  ferredoxin  47.17 
 
 		 106 aa  99.8  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0324676 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1946  ferredoxin  47.17 
 
 		 106 aa  99  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0707513 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1536  ferredoxin  47.17 
 
 		 106 aa  99.4  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.471115  normal  0.820565 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3168  ferredoxin  44.34 
 
 		 107 aa  98.6  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.60364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1998  ferredoxin  48.11 
 
 		 106 aa  97.8  4e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.101328  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1026  ferredoxin, 2Fe-2S  50.93 
 
 		 107 aa  97.4  5e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.533328  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0992  ferredoxin, 2Fe-2S  50.93 
 
 		 107 aa  97.4  5e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4027  ferredoxin  46.23 
 
 		 107 aa  97.8  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.461873  normal  0.657708 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0944  ferredoxin  43.4 
 
 		 107 aa  97.8  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.330757 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2731  ferredoxin-6  44.34 
 
 		 107 aa  97.4  6e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00573481  normal  0.020314 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0352  ferredoxin  43.4 
 
 		 107 aa  97.1  8e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1996  ferredoxin  43.4 
 
 		 107 aa  97.1  8e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2131  ferredoxin  48.11 
 
 		 107 aa  95.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0139014  normal  0.987089 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5299  ferredoxin  47.17 
 
 		 106 aa  95.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.321771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1949  ferredoxin  44.34 
 
 		 130 aa  95.1  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0777291 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2185  ferredoxin  46.23 
 
 		 106 aa  94.4  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826066  hitchhiker  0.00658828 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1973  ferredoxin  45.28 
 
 		 106 aa  93.6  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.668901  normal  0.534577 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1843  ferredoxin  49.06 
 
 		 106 aa  92  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0539  ferredoxin  43.69 
 
 		 106 aa  88.2  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1765  ferredoxin  48.54 
 
 		 110 aa  88.6  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.495419  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1599  2Fe-2S ferredoxin (FdII)  50 
 
 		 95 aa  88.2  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.996554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0126  ferredoxin  44.34 
 
 		 106 aa  87.4  5e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000199304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3464  ferredoxin  44.66 
 
 		 118 aa  87.4  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1115  ferredoxin  45.92 
 
 		 105 aa  85.5  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2026  ferredoxin  45.63 
 
 		 109 aa  84.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.894903  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1783  ferredoxin  42.59 
 
 		 108 aa  84.7  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139535 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3592  putative ferredoxin  46.23 
 
 		 106 aa  84  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0297  iron-sulfur cluster binding protein  42.57 
 
 		 111 aa  84  7e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5088  ferredoxin  41.51 
 
 		 106 aa  81.3  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0615  ferredoxin  44.76 
 
 		 104 aa  80.9  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.477659  normal  0.0438216 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3658  ferredoxin  37.38 
 
 		 110 aa  80.1  0.000000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.392033  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4593  ferredoxin  38.68 
 
 		 106 aa  77.4  0.00000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.93416 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2796  ferredoxin  37.86 
 
 		 110 aa  75.5  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.048499  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3057  ferredoxin  43.27 
 
 		 110 aa  75.5  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00530572  hitchhiker  0.00000956362 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0363  ferredoxin  44.9 
 
 		 105 aa  74.3  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.779963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3217  ferredoxin  38.68 
 
 		 106 aa  73.9  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.485329  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3279  ferredoxin  38.68 
 
 		 106 aa  73.9  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3228  ferredoxin  38.68 
 
 		 106 aa  73.9  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.119013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4893  ferredoxin  40 
 
 		 106 aa  72.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.042497  normal  0.0721521 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1477  ferredoxin  41.18 
 
 		 120 aa  72  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.127178  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0795  ferredoxin  39.6 
 
 		 111 aa  70.9  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0332757 
 
 
-
 
NC_002978  WD0846  ferredoxin, iron-sulfur cluster assembly system  38.68 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55369  mitochondrial matrix iron-sulfur protein  39 
 
 		 144 aa  70.5  0.000000000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.5587 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0998  ferredoxin  36.19 
 
 		 105 aa  69.3  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.16414  normal  0.2542 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0509  ferredoxin  41.28 
 
 		 110 aa  68.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2914  ferredoxin  38 
 
 		 109 aa  68.6  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0845  ferredoxin  38.24 
 
 		 105 aa  67.8  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.376693  normal  0.239885 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0405  ferredoxin  38.68 
 
 		 116 aa  67.8  0.00000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.6086  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0599  ferredoxin  34.04 
 
 		 103 aa  67.4  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0634  iron-sulfur cluster binding protein  37.74 
 
 		 116 aa  66.6  0.0000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.322123  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16510  ferredoxin  40.24 
 
 		 108 aa  66.6  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.338413  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0053  ferredoxin  41.9 
 
 		 111 aa  65.1  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0123989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2523  ferredoxin  41.41 
 
 		 107 aa  62.8  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0855476 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00160  conserved hypothetical protein  40 
 
 		 217 aa  62  0.000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.737268  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3169  ferredoxin  33.01 
 
 		 160 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.404663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2304  ferredoxin  38.24 
 
 		 102 aa  58.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164331  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0142  ferredoxin  42.03 
 
 		 111 aa  58.5  0.00000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND05570  conserved hypothetical protein  31.82 
 
 		 445 aa  58.2  0.00000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40350  Isc ferredoxin  41.67 
 
 		 113 aa  58.5  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992781  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0408  ferredoxin  47.89 
 
 		 107 aa  56.6  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.583323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0598  ferredoxin  40.78 
 
 		 101 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4120  ferredoxin  39.58 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.221496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1298  ferredoxin, 2Fe-2S  41.67 
 
 		 111 aa  55.5  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.579463  normal  0.0110849 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3636  ferredoxin  37.5 
 
 		 98 aa  55.1  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.337263 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>