165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3464 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3464  ferredoxin  100 
 
 		 118 aa  237  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1410  ferredoxin  50.49 
 
 		 106 aa  103  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.907706  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0081  ferredoxin  53.4 
 
 		 106 aa  101  4e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.402763 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0831  ferredoxin  49.02 
 
 		 106 aa  97.8  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1088  ferredoxin  50 
 
 		 106 aa  97.4  6e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.614521 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5552  2Fe-2S ferredoxin (FdII)  48 
 
 		 106 aa  97.1  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.312295 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1759  ferredoxin  48 
 
 		 106 aa  95.1  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1973  ferredoxin  48.54 
 
 		 106 aa  94.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.668901  normal  0.534577 
 
 
-
 
NC_004310  BR1026  ferredoxin, 2Fe-2S  48.54 
 
 		 107 aa  94  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.533328  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0352  ferredoxin  47 
 
 		 107 aa  94  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1996  ferredoxin  47 
 
 		 107 aa  94  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0992  ferredoxin, 2Fe-2S  48.54 
 
 		 107 aa  94  7e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2185  ferredoxin  47.57 
 
 		 106 aa  93.6  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826066  hitchhiker  0.00658828 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4835  ferredoxin  49 
 
 		 106 aa  93.6  8e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1320  ferredoxin  47 
 
 		 106 aa  93.2  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0601  putative ferredoxin  45.19 
 
 		 107 aa  92  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245768  normal  0.113964 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2112  ferredoxin  46.6 
 
 		 107 aa  92.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212456  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6602  ferredoxin  48 
 
 		 106 aa  92  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.274707  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1457  ferredoxin  48 
 
 		 106 aa  91.3  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1643  ferredoxin  47 
 
 		 106 aa  91.3  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1536  ferredoxin  50 
 
 		 106 aa  91.3  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.471115  normal  0.820565 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3843  ferredoxin  47 
 
 		 106 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.499595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2520  ferredoxin  45 
 
 		 106 aa  90.5  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0324676 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5152  ferredoxin  41.75 
 
 		 107 aa  90.9  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.391721  normal  0.242425 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8461  ferredoxin  47.57 
 
 		 107 aa  90.5  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4980  ferredoxin  46.15 
 
 		 106 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.117052 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0126  ferredoxin  49 
 
 		 106 aa  90.1  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000199304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1783  ferredoxin  47.62 
 
 		 108 aa  89.7  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139535 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4477  ferredoxin  44 
 
 		 106 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.431384  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3168  ferredoxin  43 
 
 		 107 aa  88.6  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.60364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2243  ferrodoxin  50 
 
 		 106 aa  87.8  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318756  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5299  ferredoxin  47 
 
 		 106 aa  87.8  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.321771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4124  ferredoxin  48 
 
 		 106 aa  87.8  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.168786  normal  0.289688 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6065  ferredoxin  46.53 
 
 		 106 aa  87.4  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.258928 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3614  ferredoxin  44.66 
 
 		 107 aa  87.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.468682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4466  ferredoxin  44.23 
 
 		 106 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.982343 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4593  ferredoxin  44 
 
 		 106 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.93416 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0944  ferredoxin  45 
 
 		 107 aa  87.4  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.330757 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2127  ferredoxin  46.15 
 
 		 107 aa  86.3  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.712912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0599  ferredoxin  44.79 
 
 		 103 aa  86.3  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6980  ferredoxin  41.75 
 
 		 107 aa  85.9  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0285  ferredoxin  49 
 
 		 107 aa  85.5  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.527532  normal  0.171436 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3592  putative ferredoxin  48.08 
 
 		 106 aa  84.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4930  ferredoxin  43.27 
 
 		 106 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1949  ferredoxin  41.51 
 
 		 130 aa  84.7  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0777291 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2346  ferredoxin  42 
 
 		 106 aa  83.6  8e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.401056 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2131  ferredoxin  44 
 
 		 107 aa  83.2  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0139014  normal  0.987089 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3217  ferredoxin  46 
 
 		 106 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.485329  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3279  ferredoxin  46 
 
 		 106 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3228  ferredoxin  46 
 
 		 106 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.119013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17820  ferredoxin  45.1 
 
 		 105 aa  82.8  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.872315 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6886  ferredoxin  41.75 
 
 		 106 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0730  2Fe-2S ferredoxin (FdII)  44 
 
 		 107 aa  82  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2352  ferredoxin  48 
 
 		 106 aa  82  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2731  ferredoxin-6  42 
 
 		 107 aa  81.6  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00573481  normal  0.020314 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0299  ferredoxin  46 
 
 		 107 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4027  ferredoxin  43 
 
 		 107 aa  80.9  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.461873  normal  0.657708 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0998  ferredoxin  47.57 
 
 		 105 aa  80.9  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.16414  normal  0.2542 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3131  ferredoxin  39.81 
 
 		 106 aa  79.3  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1946  ferredoxin  42.72 
 
 		 106 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0707513 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5088  ferredoxin  46.67 
 
 		 106 aa  79  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2026  ferredoxin  40.78 
 
 		 109 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.894903  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3549  ferredoxin  38.83 
 
 		 106 aa  76.3  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2796  ferredoxin  42.57 
 
 		 110 aa  76.6  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.048499  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2078  ferredoxin  40.78 
 
 		 106 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1477  ferredoxin  46.67 
 
 		 120 aa  75.9  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.127178  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0539  ferredoxin  40.59 
 
 		 106 aa  76.3  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1843  ferredoxin  47.12 
 
 		 106 aa  75.5  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0615  ferredoxin  39.81 
 
 		 104 aa  74.7  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.477659  normal  0.0438216 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4893  ferredoxin  39.22 
 
 		 106 aa  74.3  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.042497  normal  0.0721521 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3658  ferredoxin  42.57 
 
 		 110 aa  74.3  0.0000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.392033  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1599  2Fe-2S ferredoxin (FdII)  48.72 
 
 		 95 aa  73.9  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.996554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0297  iron-sulfur cluster binding protein  36.63 
 
 		 111 aa  73.2  0.000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1765  ferredoxin  38.46 
 
 		 110 aa  71.2  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.495419  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55369  mitochondrial matrix iron-sulfur protein  36.63 
 
 		 144 aa  70.1  0.000000000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.5587 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1998  ferredoxin  41.41 
 
 		 106 aa  69.7  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.101328  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0405  ferredoxin  38.68 
 
 		 116 aa  69.3  0.00000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.6086  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0634  iron-sulfur cluster binding protein  38.68 
 
 		 116 aa  68.9  0.00000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.322123  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0795  ferredoxin  38.24 
 
 		 111 aa  68.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0332757 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3057  ferredoxin  40.45 
 
 		 110 aa  66.2  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00530572  hitchhiker  0.00000956362 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0363  ferredoxin  41.35 
 
 		 105 aa  65.5  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.779963  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0846  ferredoxin, iron-sulfur cluster assembly system  35.85 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1115  ferredoxin  36.54 
 
 		 105 aa  63.2  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0053  ferredoxin  37.86 
 
 		 111 aa  60.5  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0123989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2523  ferredoxin  41.76 
 
 		 107 aa  59.3  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0855476 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2304  ferredoxin  41.25 
 
 		 102 aa  58.5  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164331  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40562  predicted protein  40.2 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0733354 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_8463  predicted protein  40.2 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0775115 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2914  ferredoxin  35.35 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_7342  predicted protein  37.89 
 
 		 106 aa  56.2  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND05570  conserved hypothetical protein  32.38 
 
 		 445 aa  54.3  0.0000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG00160  conserved hypothetical protein  31.37 
 
 		 217 aa  53.9  0.0000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.737268  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0509  ferredoxin  35.79 
 
 		 110 aa  52.4  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0845  ferredoxin  36.84 
 
 		 105 aa  52.8  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.376693  normal  0.239885 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16510  ferredoxin  43.94 
 
 		 108 aa  50.1  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.338413  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0803  ferredoxin, 2Fe-2S type  39.51 
 
 		 113 aa  49.3  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1488  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  40.51 
 
 		 112 aa  49.7  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1482  putative ferredoxin, 2Fe-2S type  35.56 
 
 		 112 aa  48.1  0.00004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0206421 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0286  ferredoxin  34.95 
 
 		 113 aa  48.1  0.00004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0474  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  38.2 
 
 		 112 aa  48.1  0.00004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.266891  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>