239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1643 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1643  ferredoxin  100 
 
 		 106 aa  220  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3843  ferredoxin  99.06 
 
 		 106 aa  219  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.499595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4477  ferredoxin  88.68 
 
 		 106 aa  204  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.431384  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1320  ferredoxin  88.68 
 
 		 106 aa  203  6e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5552  2Fe-2S ferredoxin (FdII)  87.74 
 
 		 106 aa  201  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.312295 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1088  ferredoxin  85.85 
 
 		 106 aa  199  9.999999999999999e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.614521 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1457  ferredoxin  83.96 
 
 		 106 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1536  ferredoxin  68.87 
 
 		 106 aa  160  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.471115  normal  0.820565 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2112  ferredoxin  70.75 
 
 		 107 aa  160  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212456  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1026  ferredoxin, 2Fe-2S  69.81 
 
 		 107 aa  160  7e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.533328  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0992  ferredoxin, 2Fe-2S  69.81 
 
 		 107 aa  160  7e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4980  ferredoxin  70.48 
 
 		 106 aa  159  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.117052 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2520  ferredoxin  67.62 
 
 		 106 aa  159  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0324676 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4930  ferredoxin  67.62 
 
 		 106 aa  154  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4466  ferredoxin  67.62 
 
 		 106 aa  154  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.982343 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2346  ferredoxin  67.92 
 
 		 106 aa  153  6e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.401056 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1410  ferredoxin  63.81 
 
 		 106 aa  153  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.907706  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3549  ferredoxin  69.52 
 
 		 106 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1973  ferredoxin  65.09 
 
 		 106 aa  150  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.668901  normal  0.534577 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2243  ferrodoxin  64.76 
 
 		 106 aa  149  8.999999999999999e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318756  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2185  ferredoxin  65.09 
 
 		 106 aa  149  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826066  hitchhiker  0.00658828 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6602  ferredoxin  64.76 
 
 		 106 aa  147  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.274707  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4835  ferredoxin  63.81 
 
 		 106 aa  147  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4124  ferredoxin  64.76 
 
 		 106 aa  146  9e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.168786  normal  0.289688 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6065  ferredoxin  65.71 
 
 		 106 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.258928 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1946  ferredoxin  63.81 
 
 		 106 aa  144  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0707513 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0081  ferredoxin  60.95 
 
 		 106 aa  142  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.402763 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3168  ferredoxin  61.32 
 
 		 107 aa  138  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.60364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2731  ferredoxin-6  62.26 
 
 		 107 aa  135  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00573481  normal  0.020314 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0944  ferredoxin  58.49 
 
 		 107 aa  130  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.330757 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1949  ferredoxin  58.49 
 
 		 130 aa  130  6e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0777291 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0352  ferredoxin  58.49 
 
 		 107 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1996  ferredoxin  58.49 
 
 		 107 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4027  ferredoxin  56.6 
 
 		 107 aa  128  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.461873  normal  0.657708 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0285  ferredoxin  54.29 
 
 		 107 aa  123  7e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.527532  normal  0.171436 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5299  ferredoxin  53.33 
 
 		 106 aa  123  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.321771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2352  ferredoxin  51.89 
 
 		 106 aa  121  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0126  ferredoxin  51.43 
 
 		 106 aa  118  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000199304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3592  putative ferredoxin  53.33 
 
 		 106 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1759  ferredoxin  50.48 
 
 		 106 aa  117  7.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2127  ferredoxin  48.11 
 
 		 107 aa  113  6.9999999999999995e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.712912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3131  ferredoxin  49.06 
 
 		 106 aa  113  7.999999999999999e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5152  ferredoxin  47.66 
 
 		 107 aa  106  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.391721  normal  0.242425 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6886  ferredoxin  48.11 
 
 		 106 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0730  2Fe-2S ferredoxin (FdII)  50.47 
 
 		 107 aa  103  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4593  ferredoxin  43.81 
 
 		 106 aa  102  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.93416 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0998  ferredoxin  47.57 
 
 		 105 aa  102  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.16414  normal  0.2542 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1783  ferredoxin  44.86 
 
 		 108 aa  102  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139535 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3614  ferredoxin  49.06 
 
 		 107 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.468682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0601  putative ferredoxin  46.23 
 
 		 107 aa  99.4  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245768  normal  0.113964 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17820  ferredoxin  47.17 
 
 		 105 aa  99.4  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.872315 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0831  ferredoxin  48.11 
 
 		 106 aa  98.2  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0299  ferredoxin  47.17 
 
 		 107 aa  98.2  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0539  ferredoxin  42.72 
 
 		 106 aa  97.4  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6980  ferredoxin  46.23 
 
 		 107 aa  97.1  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3658  ferredoxin  43.93 
 
 		 110 aa  94.7  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.392033  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1599  2Fe-2S ferredoxin (FdII)  50 
 
 		 95 aa  93.6  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.996554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1843  ferredoxin  50.48 
 
 		 106 aa  92.8  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3217  ferredoxin  41.9 
 
 		 106 aa  92.4  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.485329  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1998  ferredoxin  45.79 
 
 		 106 aa  92.8  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.101328  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3279  ferredoxin  41.9 
 
 		 106 aa  92.4  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3228  ferredoxin  41.9 
 
 		 106 aa  92.4  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.119013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8461  ferredoxin  46.73 
 
 		 107 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3464  ferredoxin  47 
 
 		 118 aa  91.3  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1115  ferredoxin  46 
 
 		 105 aa  90.9  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0599  ferredoxin  42.39 
 
 		 103 aa  90.5  8e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2078  ferredoxin  47.17 
 
 		 106 aa  90.1  9e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1765  ferredoxin  44.12 
 
 		 110 aa  89  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.495419  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0615  ferredoxin  41.35 
 
 		 104 aa  87.8  5e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.477659  normal  0.0438216 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2131  ferredoxin  41.51 
 
 		 107 aa  87.4  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0139014  normal  0.987089 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2304  ferredoxin  44 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164331  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2026  ferredoxin  44.12 
 
 		 109 aa  85.9  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.894903  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5088  ferredoxin  40 
 
 		 106 aa  85.9  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3057  ferredoxin  46.59 
 
 		 110 aa  85.5  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00530572  hitchhiker  0.00000956362 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2796  ferredoxin  40.2 
 
 		 110 aa  79.7  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.048499  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4893  ferredoxin  41.24 
 
 		 106 aa  79.7  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.042497  normal  0.0721521 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55369  mitochondrial matrix iron-sulfur protein  35.35 
 
 		 144 aa  76.3  0.0000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.5587 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0795  ferredoxin  38.61 
 
 		 111 aa  75.9  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0332757 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0405  ferredoxin  38.1 
 
 		 116 aa  75.1  0.0000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.6086  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0297  iron-sulfur cluster binding protein  36 
 
 		 111 aa  75.1  0.0000000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2054  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  43.81 
 
 		 112 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0511446  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0634  iron-sulfur cluster binding protein  37.14 
 
 		 116 aa  73.6  0.0000000000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.322123  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0053  ferredoxin  39.81 
 
 		 111 aa  73.6  0.0000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0123989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0845  ferredoxin  41.41 
 
 		 105 aa  72.4  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.376693  normal  0.239885 
 
 
-
 
NC_002978  WD0846  ferredoxin, iron-sulfur cluster assembly system  34.29 
 
 		 119 aa  71.6  0.000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0474  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  43.81 
 
 		 112 aa  71.6  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.266891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40350  Isc ferredoxin  40.95 
 
 		 113 aa  71.6  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992781  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2523  ferredoxin  43.56 
 
 		 107 aa  70.9  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0855476 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3622  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  40 
 
 		 111 aa  70.5  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.326058 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1477  ferredoxin  39.18 
 
 		 120 aa  69.7  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.127178  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2912  ferredoxin  40 
 
 		 111 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.50604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2778  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  40 
 
 		 111 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.189677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3022  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  38.1 
 
 		 111 aa  68.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.124489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2693  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  40 
 
 		 111 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2737  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  40 
 
 		 111 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14800  ferredoxin (2Fe-2S)  42.86 
 
 		 112 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2800  ferredoxin  40 
 
 		 111 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1329  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  38.1 
 
 		 112 aa  68.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1488  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  41.9 
 
 		 112 aa  69.3  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1143  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  39.05 
 
 		 111 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.716373  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>