235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4027 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4027  ferredoxin  100 
 
 		 107 aa  223  7e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.461873  normal  0.657708 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0944  ferredoxin  79.44 
 
 		 107 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.330757 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1949  ferredoxin  76.64 
 
 		 130 aa  181  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0777291 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2731  ferredoxin-6  76.64 
 
 		 107 aa  181  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00573481  normal  0.020314 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0352  ferredoxin  77.57 
 
 		 107 aa  180  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3168  ferredoxin  75.7 
 
 		 107 aa  180  5.0000000000000004e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.60364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1996  ferredoxin  77.57 
 
 		 107 aa  180  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2520  ferredoxin  70.09 
 
 		 106 aa  155  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0324676 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4835  ferredoxin  68.87 
 
 		 106 aa  147  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0081  ferredoxin  66.98 
 
 		 106 aa  145  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.402763 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1457  ferredoxin  60.38 
 
 		 106 aa  134  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1320  ferredoxin  58.49 
 
 		 106 aa  132  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4466  ferredoxin  61.32 
 
 		 106 aa  130  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.982343 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5552  2Fe-2S ferredoxin (FdII)  57.55 
 
 		 106 aa  130  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.312295 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1088  ferredoxin  56.6 
 
 		 106 aa  130  7.999999999999999e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.614521 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4980  ferredoxin  61.32 
 
 		 106 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.117052 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4477  ferredoxin  55.66 
 
 		 106 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.431384  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1536  ferredoxin  57.55 
 
 		 106 aa  128  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.471115  normal  0.820565 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3843  ferredoxin  56.6 
 
 		 106 aa  128  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.499595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5299  ferredoxin  56.6 
 
 		 106 aa  128  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.321771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1643  ferredoxin  56.6 
 
 		 106 aa  128  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4124  ferredoxin  58.49 
 
 		 106 aa  127  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.168786  normal  0.289688 
 
 
-
 
NC_004310  BR1026  ferredoxin, 2Fe-2S  57.94 
 
 		 107 aa  127  6e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.533328  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4930  ferredoxin  59.43 
 
 		 106 aa  127  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0992  ferredoxin, 2Fe-2S  57.94 
 
 		 107 aa  127  6e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1946  ferredoxin  59.26 
 
 		 106 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0707513 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2112  ferredoxin  56.07 
 
 		 107 aa  124  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212456  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6602  ferredoxin  57.55 
 
 		 106 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.274707  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3131  ferredoxin  56.6 
 
 		 106 aa  124  6e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2243  ferrodoxin  57.55 
 
 		 106 aa  123  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318756  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0126  ferredoxin  55.66 
 
 		 106 aa  122  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000199304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2185  ferredoxin  55.66 
 
 		 106 aa  121  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826066  hitchhiker  0.00658828 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6065  ferredoxin  58.49 
 
 		 106 aa  121  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.258928 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1410  ferredoxin  53.77 
 
 		 106 aa  119  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.907706  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1973  ferredoxin  54.72 
 
 		 106 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.668901  normal  0.534577 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2352  ferredoxin  55.56 
 
 		 106 aa  119  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2346  ferredoxin  51.89 
 
 		 106 aa  114  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.401056 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0601  putative ferredoxin  47.66 
 
 		 107 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245768  normal  0.113964 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2127  ferredoxin  48.6 
 
 		 107 aa  111  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.712912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3592  putative ferredoxin  51.38 
 
 		 106 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3549  ferredoxin  51.89 
 
 		 106 aa  107  5e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5152  ferredoxin  45.28 
 
 		 107 aa  104  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.391721  normal  0.242425 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0285  ferredoxin  48.11 
 
 		 107 aa  103  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.527532  normal  0.171436 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4593  ferredoxin  43.93 
 
 		 106 aa  100  5e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.93416 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1759  ferredoxin  48.11 
 
 		 106 aa  100  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3217  ferredoxin  47.22 
 
 		 106 aa  99.4  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.485329  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3279  ferredoxin  47.22 
 
 		 106 aa  99.4  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3228  ferredoxin  47.22 
 
 		 106 aa  99.4  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.119013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3614  ferredoxin  46.23 
 
 		 107 aa  97.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.468682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6886  ferredoxin  48.57 
 
 		 106 aa  96.7  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1843  ferredoxin  48.11 
 
 		 106 aa  96.3  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1783  ferredoxin  46.3 
 
 		 108 aa  96.3  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139535 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0299  ferredoxin  45.28 
 
 		 107 aa  94.7  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0831  ferredoxin  43.4 
 
 		 106 aa  93.6  8e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6980  ferredoxin  45.28 
 
 		 107 aa  92.8  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1765  ferredoxin  46.6 
 
 		 110 aa  91.7  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.495419  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2026  ferredoxin  44.66 
 
 		 109 aa  90.5  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.894903  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1115  ferredoxin  42.16 
 
 		 105 aa  90.1  9e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8461  ferredoxin  41.51 
 
 		 107 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1477  ferredoxin  43.14 
 
 		 120 aa  88.6  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.127178  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0599  ferredoxin  46.32 
 
 		 103 aa  88.2  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2131  ferredoxin  42.45 
 
 		 107 aa  87.8  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0139014  normal  0.987089 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0539  ferredoxin  40.78 
 
 		 106 aa  87.8  5e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0998  ferredoxin  46.23 
 
 		 105 aa  87.4  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.16414  normal  0.2542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0730  2Fe-2S ferredoxin (FdII)  43.4 
 
 		 107 aa  87  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0615  ferredoxin  46.73 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.477659  normal  0.0438216 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17820  ferredoxin  41.51 
 
 		 105 aa  85.1  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.872315 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1998  ferredoxin  41.12 
 
 		 106 aa  84.7  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.101328  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3658  ferredoxin  43.52 
 
 		 110 aa  84.7  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.392033  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5088  ferredoxin  40.57 
 
 		 106 aa  83.2  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0845  ferredoxin  43.69 
 
 		 105 aa  83.2  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.376693  normal  0.239885 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2304  ferredoxin  42.72 
 
 		 102 aa  82  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164331  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55369  mitochondrial matrix iron-sulfur protein  43 
 
 		 144 aa  81.6  0.000000000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.5587 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3464  ferredoxin  43 
 
 		 118 aa  80.9  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2078  ferredoxin  39.25 
 
 		 106 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3057  ferredoxin  42.99 
 
 		 110 aa  80.5  0.000000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00530572  hitchhiker  0.00000956362 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0795  ferredoxin  42.16 
 
 		 111 aa  78.6  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0332757 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4893  ferredoxin  40.82 
 
 		 106 aa  78.2  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.042497  normal  0.0721521 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2796  ferredoxin  40.78 
 
 		 110 aa  77.4  0.00000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.048499  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0297  iron-sulfur cluster binding protein  40.59 
 
 		 111 aa  76.6  0.00000000000009  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2523  ferredoxin  42.86 
 
 		 107 aa  76.3  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0855476 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0509  ferredoxin  39.05 
 
 		 110 aa  75.5  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2914  ferredoxin  40 
 
 		 109 aa  75.5  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0053  ferredoxin  40.38 
 
 		 111 aa  73.9  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0123989  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00160  conserved hypothetical protein  39.18 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.737268  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1599  2Fe-2S ferredoxin (FdII)  39.29 
 
 		 95 aa  70.5  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.996554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0405  ferredoxin  40.57 
 
 		 116 aa  69.7  0.00000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.6086  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0634  iron-sulfur cluster binding protein  40.57 
 
 		 116 aa  69.7  0.00000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.322123  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0846  ferredoxin, iron-sulfur cluster assembly system  35.85 
 
 		 119 aa  68.9  0.00000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0363  ferredoxin  38.24 
 
 		 105 aa  68.2  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.779963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0803  ferredoxin, 2Fe-2S type  40.57 
 
 		 113 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14800  ferredoxin (2Fe-2S)  43.48 
 
 		 112 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02417  [2Fe-2S] ferredoxin  40.18 
 
 		 111 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.486966  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1143  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  40.18 
 
 		 111 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.716373  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2054  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  43.75 
 
 		 112 aa  65.5  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0511446  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2676  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  40.18 
 
 		 111 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2809  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  40.18 
 
 		 111 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.574088  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2900  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  40.18 
 
 		 111 aa  65.1  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2677  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  40.18 
 
 		 111 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.346484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3756  ferredoxin, 2Fe-2S type, ISC system  40.18 
 
 		 111 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0571302  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>