140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3348 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1248  hypothetical protein  80.99 
 
 		 617 aa  982    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.531682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3348  hypothetical protein  100 
 
 		 628 aa  1275    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.989133  normal  0.0467064 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2116  hypothetical protein  87.14 
 
 		 583 aa  1059    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.137689 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2094  hypothetical protein  93.14 
 
 		 582 aa  1112    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.429967 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1508  hypothetical protein  82.88 
 
 		 584 aa  1006    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.496743  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3526  hypothetical protein  81.87 
 
 		 583 aa  969    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.543626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5753  hypothetical protein  59.88 
 
 		 612 aa  645    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.985257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2238  protein of unknown function DUF87  91.25 
 
 		 583 aa  1092    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.457422  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5744  hypothetical protein  55.94 
 
 		 590 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575418 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2804  hypothetical protein  43.01 
 
 		 693 aa  463  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2009  hypothetical protein  45.69 
 
 		 662 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1486  hypothetical protein  42.99 
 
 		 560 aa  436  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1803  hypothetical protein  42.75 
 
 		 626 aa  435  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321314  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2533  protein of unknown function DUF87  43.7 
 
 		 674 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2792  protein of unknown function DUF87  44.07 
 
 		 679 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.744858  normal  0.636348 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1359  hypothetical protein  42.22 
 
 		 570 aa  407  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997931 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2640  hypothetical protein  38.06 
 
 		 569 aa  352  1e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3545  hypothetical protein  36.75 
 
 		 544 aa  345  1e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.652004  normal  0.57462 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0605  hypothetical protein  36.53 
 
 		 569 aa  340  5e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.035358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1238  protein of unknown function DUF87  31.48 
 
 		 575 aa  243  1e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.807471  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1871  hypothetical protein  30.42 
 
 		 550 aa  239  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4476  protein of unknown function DUF87  29.63 
 
 		 593 aa  226  1e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192714 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1687  hypothetical protein  32.79 
 
 		 546 aa  219  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0650  ATPase protein  31.95 
 
 		 709 aa  213  7.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1674  protein of unknown function DUF87  28.12 
 
 		 591 aa  213  7.999999999999999e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.1078  normal  0.193887 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0098  hypothetical protein  28.4 
 
 		 623 aa  213  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0931  domain of unknown function protein  28.23 
 
 		 607 aa  201  5e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1296  hypothetical protein  28.55 
 
 		 599 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0451  protein of unknown function DUF87  28.19 
 
 		 526 aa  182  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3687  hypothetical protein  28.23 
 
 		 594 aa  176  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0286808  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0961  protein of unknown function DUF87  26.05 
 
 		 595 aa  171  4e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000841984  hitchhiker  0.00444389 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1949  hypothetical protein  28.27 
 
 		 591 aa  168  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0198578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1394  hypothetical protein  30.73 
 
 		 559 aa  160  6e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0482  protein of unknown function DUF87  26.77 
 
 		 577 aa  159  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0239  hypothetical protein  26.39 
 
 		 579 aa  157  7e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.290251  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3208  hypothetical protein  26.4 
 
 		 579 aa  148  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.454829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0310  protein of unknown function DUF87  36.71 
 
 		 679 aa  131  4.0000000000000003e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.724586  normal  0.179177 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4448  hypothetical protein  32.86 
 
 		 587 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000278839 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3715  hypothetical protein  26.65 
 
 		 601 aa  122  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3200  ATPase-like protein  32.38 
 
 		 659 aa  111  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0981  hypothetical protein  24.54 
 
 		 564 aa  110  7.000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0983657  normal  0.0399667 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0135  protein of unknown function DUF87  25.84 
 
 		 520 aa  109  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0231678  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0983  hypothetical protein  26.64 
 
 		 616 aa  105  2e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.495624  hitchhiker  0.0000164054 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0203  protein of unknown function DUF87  31.75 
 
 		 670 aa  104  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.187802 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1133  hypothetical protein  23.43 
 
 		 496 aa  103  8e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1385  protein of unknown function DUF87  26.43 
 
 		 496 aa  101  3e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.177775  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4054  protein of unknown function DUF87  35.75 
 
 		 709 aa  100  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0459328  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1044  ATPase-like protein  30.31 
 
 		 674 aa  99.4  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0709  protein of unknown function DUF87  27.43 
 
 		 714 aa  99  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0300  hypothetical protein  35.76 
 
 		 611 aa  96.3  1e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0358  hypothetical protein  35.62 
 
 		 605 aa  96.7  1e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0326  hypothetical protein  24.9 
 
 		 497 aa  96.7  1e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.519227  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2465  protein of unknown function DUF87  25.56 
 
 		 600 aa  96.7  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5073  ATPase-like  24.35 
 
 		 567 aa  95.9  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1572  hypothetical protein  25.12 
 
 		 531 aa  95.5  3e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.127794  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4332  hypothetical protein  26.29 
 
 		 427 aa  94.4  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0511  hypothetical protein  24.9 
 
 		 497 aa  94  7e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1821  hypothetical protein  24.95 
 
 		 608 aa  94  7e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0760  hypothetical protein  27.52 
 
 		 492 aa  92.8  2e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.360251  normal  0.0367515 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0577  hypothetical protein  23.85 
 
 		 493 aa  92  3e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4576  ATPase-like protein  30.74 
 
 		 664 aa  92  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.26835  normal  0.0312719 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2356  hypothetical protein  29.63 
 
 		 603 aa  90.9  6e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3486  ATPase-like protein  25.28 
 
 		 574 aa  88.6  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.123894  normal  0.207133 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1416  protein of unknown function DUF87  34.03 
 
 		 617 aa  88.6  3e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5297  protein of unknown function DUF87  37.39 
 
 		 563 aa  85.1  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0970  hypothetical protein  24.1 
 
 		 557 aa  84.7  0.000000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.16755  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1877  protein of unknown function DUF87  33.33 
 
 		 560 aa  84.3  0.000000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0070  protein of unknown function DUF87  25.76 
 
 		 500 aa  83.2  0.00000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1870  protein of unknown function DUF87  40.68 
 
 		 559 aa  83.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.853161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3925  protein of unknown function DUF87  32.26 
 
 		 581 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1624  protein of unknown function DUF87  31.65 
 
 		 557 aa  83.2  0.00000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1408  hypothetical protein  35.71 
 
 		 497 aa  79.7  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.502855  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1610  hypothetical protein  35.1 
 
 		 628 aa  77.8  0.0000000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.891235 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4980  hypothetical protein  34.35 
 
 		 570 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.480647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1243  hypothetical protein  28.47 
 
 		 510 aa  75.5  0.000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0443  protein of unknown function DUF87  34.38 
 
 		 360 aa  73.6  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0177789  normal  0.220913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2030  hypothetical protein  39.18 
 
 		 589 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00309935 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0389  hypothetical protein  33.33 
 
 		 508 aa  71.6  0.00000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.559063  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0326  hypothetical protein  22.64 
 
 		 530 aa  71.2  0.00000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_268  hypothetical protein  22.73 
 
 		 530 aa  70.5  0.00000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1138  hypothetical protein  35.71 
 
 		 561 aa  68.9  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1723  hypothetical protein  30.51 
 
 		 524 aa  69.3  0.0000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0306  hypothetical protein  22.92 
 
 		 530 aa  68.9  0.0000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2366  protein of unknown function DUF87  37.5 
 
 		 592 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.250268  normal  0.14702 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1440  hypothetical protein  26.83 
 
 		 539 aa  65.1  0.000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.828058  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2954  hypothetical protein  23.94 
 
 		 589 aa  63.9  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000103337 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1482  hypothetical protein  23.32 
 
 		 546 aa  62.8  0.00000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.431628  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3279  hypothetical protein  31.31 
 
 		 590 aa  61.6  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0074  hypothetical protein  31.41 
 
 		 495 aa  61.2  0.00000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0871233  normal  0.176107 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1625  hypothetical protein  22.31 
 
 		 783 aa  60.5  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1361  hypothetical protein  42.25 
 
 		 523 aa  59.7  0.0000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.26972  normal  0.0191854 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1752  protein of unknown function DUF87  37 
 
 		 643 aa  60.1  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0018  protein of unknown function DUF87  32.81 
 
 		 537 aa  58.9  0.0000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.989354  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1389  hypothetical protein  31.41 
 
 		 606 aa  59.7  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.103576 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1515  protein of unknown function DUF87  30.77 
 
 		 530 aa  58.9  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.649754  normal  0.132485 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1374  protein of unknown function DUF87  22.6 
 
 		 538 aa  57.8  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.627609 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1701  hypothetical protein  34.96 
 
 		 539 aa  57  0.0000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.016697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3183  hypothetical protein  34.43 
 
 		 538 aa  57  0.0000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.837382  normal  0.234519 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0937  hypothetical protein  21.96 
 
 		 540 aa  56.6  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0147133  normal  0.254287 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1906  hypothetical protein  35.77 
 
 		 579 aa  56.2  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000004225  normal  0.0184215 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>