144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2009 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_2792  protein of unknown function DUF87  76.23 
 
 		 679 aa  857    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.744858  normal  0.636348 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2009  hypothetical protein  100 
 
 		 662 aa  1341    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2804  hypothetical protein  72.05 
 
 		 693 aa  848    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2533  protein of unknown function DUF87  67.7 
 
 		 674 aa  876    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1486  hypothetical protein  53.79 
 
 		 560 aa  599  1e-170  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1803  hypothetical protein  53.88 
 
 		 626 aa  561  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321314  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2238  protein of unknown function DUF87  46.47 
 
 		 583 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.457422  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3348  hypothetical protein  45.69 
 
 		 628 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.989133  normal  0.0467064 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2094  hypothetical protein  45.49 
 
 		 582 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.429967 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2116  hypothetical protein  45.69 
 
 		 583 aa  458  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.137689 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1508  hypothetical protein  44.95 
 
 		 584 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.496743  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1248  hypothetical protein  43.56 
 
 		 617 aa  449  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.531682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3526  hypothetical protein  46.32 
 
 		 583 aa  451  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.543626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5753  hypothetical protein  44.14 
 
 		 612 aa  424  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.985257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5744  hypothetical protein  42.47 
 
 		 590 aa  410  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575418 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1359  hypothetical protein  39.02 
 
 		 570 aa  372  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997931 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3545  hypothetical protein  36.31 
 
 		 544 aa  318  2e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.652004  normal  0.57462 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0605  hypothetical protein  34.12 
 
 		 569 aa  308  2.0000000000000002e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.035358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2640  hypothetical protein  35.1 
 
 		 569 aa  296  8e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1238  protein of unknown function DUF87  31.04 
 
 		 575 aa  203  7e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.807471  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1674  protein of unknown function DUF87  28.54 
 
 		 591 aa  203  9.999999999999999e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.1078  normal  0.193887 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1687  hypothetical protein  27.86 
 
 		 546 aa  195  2e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1871  hypothetical protein  28.51 
 
 		 550 aa  189  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0098  hypothetical protein  28.67 
 
 		 623 aa  189  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1296  hypothetical protein  30.78 
 
 		 599 aa  188  2e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4476  protein of unknown function DUF87  27.64 
 
 		 593 aa  187  6e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192714 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0931  domain of unknown function protein  28.06 
 
 		 607 aa  184  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0310  protein of unknown function DUF87  29.71 
 
 		 679 aa  180  5.999999999999999e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.724586  normal  0.179177 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3687  hypothetical protein  27.86 
 
 		 594 aa  179  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0286808  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4448  hypothetical protein  28.29 
 
 		 587 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000278839 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0961  protein of unknown function DUF87  25.08 
 
 		 595 aa  161  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000841984  hitchhiker  0.00444389 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0451  protein of unknown function DUF87  26.95 
 
 		 526 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0239  hypothetical protein  26.81 
 
 		 579 aa  148  3e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.290251  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1394  hypothetical protein  26.13 
 
 		 559 aa  147  5e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1949  hypothetical protein  26.64 
 
 		 591 aa  144  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0198578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3208  hypothetical protein  28.5 
 
 		 579 aa  140  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.454829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0482  protein of unknown function DUF87  26.38 
 
 		 577 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0650  ATPase protein  33.59 
 
 		 709 aa  126  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2356  hypothetical protein  34.68 
 
 		 603 aa  100  9e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0135  protein of unknown function DUF87  27.32 
 
 		 520 aa  100  1e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0231678  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4576  ATPase-like protein  29.8 
 
 		 664 aa  97.8  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.26835  normal  0.0312719 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1044  ATPase-like protein  28.45 
 
 		 674 aa  96.7  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1870  protein of unknown function DUF87  25.83 
 
 		 559 aa  94.7  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.853161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0709  protein of unknown function DUF87  27.06 
 
 		 714 aa  92.8  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3715  hypothetical protein  30.27 
 
 		 601 aa  91.7  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0203  protein of unknown function DUF87  35.03 
 
 		 670 aa  91.3  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.187802 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0760  hypothetical protein  27.78 
 
 		 492 aa  90.5  9e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.360251  normal  0.0367515 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2465  protein of unknown function DUF87  25 
 
 		 600 aa  90.5  9e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1572  hypothetical protein  23.65 
 
 		 531 aa  90.1  1e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.127794  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3200  ATPase-like protein  34.42 
 
 		 659 aa  87.8  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0300  hypothetical protein  31.68 
 
 		 611 aa  86.7  0.000000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0358  hypothetical protein  31.85 
 
 		 605 aa  86.3  0.000000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1723  hypothetical protein  23.88 
 
 		 524 aa  85.5  0.000000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0983  hypothetical protein  34.38 
 
 		 616 aa  84.7  0.000000000000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.495624  hitchhiker  0.0000164054 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4980  hypothetical protein  23.33 
 
 		 570 aa  84.3  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.480647  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4054  protein of unknown function DUF87  28.03 
 
 		 709 aa  84  0.000000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0459328  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1821  hypothetical protein  32.72 
 
 		 608 aa  83.6  0.00000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0511  hypothetical protein  23.12 
 
 		 497 aa  82.4  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1610  hypothetical protein  24.72 
 
 		 628 aa  83.2  0.00000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.891235 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0070  protein of unknown function DUF87  24.57 
 
 		 500 aa  82.4  0.00000000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1877  protein of unknown function DUF87  37.17 
 
 		 560 aa  82  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0326  hypothetical protein  24.09 
 
 		 497 aa  81.6  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.519227  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3925  protein of unknown function DUF87  36.22 
 
 		 581 aa  81.6  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0981  hypothetical protein  27.65 
 
 		 564 aa  81.3  0.00000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0983657  normal  0.0399667 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3486  ATPase-like protein  24.32 
 
 		 574 aa  80.5  0.00000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.123894  normal  0.207133 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1133  hypothetical protein  23.4 
 
 		 496 aa  80.5  0.00000000000009  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1416  protein of unknown function DUF87  35.4 
 
 		 617 aa  80.5  0.0000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5297  protein of unknown function DUF87  35.71 
 
 		 563 aa  80.1  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5073  ATPase-like  23.75 
 
 		 567 aa  79.7  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0389  hypothetical protein  24.29 
 
 		 508 aa  78.2  0.0000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.559063  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4332  hypothetical protein  33.61 
 
 		 427 aa  75.1  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1138  hypothetical protein  35.96 
 
 		 561 aa  74.3  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1408  hypothetical protein  33.59 
 
 		 497 aa  74.3  0.000000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.502855  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1243  hypothetical protein  31.09 
 
 		 510 aa  73.9  0.000000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1385  protein of unknown function DUF87  29.93 
 
 		 496 aa  72.8  0.00000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.177775  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1624  protein of unknown function DUF87  30.06 
 
 		 557 aa  72.4  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0577  hypothetical protein  32.54 
 
 		 493 aa  71.6  0.00000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1361  hypothetical protein  34.35 
 
 		 523 aa  71.2  0.00000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.26972  normal  0.0191854 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3279  hypothetical protein  20.36 
 
 		 590 aa  70.9  0.00000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0970  hypothetical protein  33.9 
 
 		 557 aa  69.3  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.16755  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0349  protein of unknown function DUF87  22.97 
 
 		 540 aa  68.9  0.0000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2366  protein of unknown function DUF87  35.48 
 
 		 592 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.250268  normal  0.14702 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1112  hypothetical protein  23.96 
 
 		 524 aa  67.8  0.0000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0443  protein of unknown function DUF87  32.73 
 
 		 360 aa  67  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0177789  normal  0.220913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2030  hypothetical protein  35.56 
 
 		 589 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00309935 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0937  hypothetical protein  33.05 
 
 		 540 aa  64.3  0.000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0147133  normal  0.254287 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0074  hypothetical protein  35.56 
 
 		 495 aa  63.2  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0871233  normal  0.176107 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0306  hypothetical protein  30.91 
 
 		 530 aa  62  0.00000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2954  hypothetical protein  22.65 
 
 		 589 aa  62.4  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000103337 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2109  protein of unknown function DUF87  31.4 
 
 		 688 aa  61.6  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000368581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3183  hypothetical protein  31.06 
 
 		 538 aa  61.6  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.837382  normal  0.234519 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0753  protein of unknown function DUF87  32.1 
 
 		 506 aa  60.8  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0799035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0395  hypothetical protein  30.53 
 
 		 523 aa  60.8  0.00000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.190309  normal  0.0716823 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1701  hypothetical protein  31.01 
 
 		 539 aa  60.8  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.016697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1619  hypothetical protein  22.25 
 
 		 532 aa  60.8  0.00000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0326  hypothetical protein  30.91 
 
 		 530 aa  59.3  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_268  hypothetical protein  30.91 
 
 		 530 aa  59.7  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2549  hypothetical protein  31.3 
 
 		 542 aa  59.7  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.170922  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1732  hypothetical protein  27.21 
 
 		 524 aa  59.3  0.0000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000995714 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4844  hypothetical protein  23.45 
 
 		 579 aa  58.9  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.415691  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>