85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2615 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2615  DNA repair protein RecO  100 
 
 		 249 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2654  DNA repair protein RecO  94.76 
 
 		 249 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.113665 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2643  DNA repair protein RecO  85.48 
 
 		 254 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0111364  normal  0.705517 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2975  DNA repair protein RecO  82.26 
 
 		 250 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.474208  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2248  DNA repair protein RecO  80.97 
 
 		 253 aa  409  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0352637  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1915  DNA repair protein RecO  81.74 
 
 		 262 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.385532  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4680  DNA repair protein RecO  69.08 
 
 		 248 aa  354  8.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0101452  normal  0.728417 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0693  DNA repair protein RecO  55.24 
 
 		 249 aa  269  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3886  DNA repair protein RecO  56.91 
 
 		 242 aa  263  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.37018 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0658  DNA repair protein RecO  56.85 
 
 		 247 aa  262  4e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.444158  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0664  DNA repair protein RecO  56.85 
 
 		 247 aa  262  4e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1155  DNA repair protein RecO  54.32 
 
 		 256 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2625  DNA repair protein RecO  54.51 
 
 		 243 aa  259  4e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.535801  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3841  DNA repair protein RecO  54.62 
 
 		 247 aa  255  4e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010885 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1003  DNA repair protein RecO  53.5 
 
 		 256 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.185486  normal  0.563021 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1181  DNA repair protein RecO  52.72 
 
 		 246 aa  251  9.000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3027  DNA repair protein RecO  53.04 
 
 		 250 aa  250  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0952  DNA repair protein RecO  53.91 
 
 		 248 aa  249  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1051  DNA repair protein RecO  52.3 
 
 		 246 aa  248  4e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0963778 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0991  DNA repair protein RecO  52.72 
 
 		 246 aa  248  6e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1452  DNA repair protein RecO  53.06 
 
 		 264 aa  242  3.9999999999999997e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.726701  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2028  DNA repair protein RecO  52.32 
 
 		 239 aa  234  9e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3340  DNA repair protein RecO  55.04 
 
 		 246 aa  234  9e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4316  DNA repair protein RecO  55.46 
 
 		 267 aa  231  6e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.382464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0475  DNA repair protein RecO  47.37 
 
 		 245 aa  225  5.0000000000000005e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2876  DNA repair protein RecO  46.22 
 
 		 234 aa  181  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00379207 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0311  DNA repair protein RecO  44.44 
 
 		 239 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1678  DNA repair protein RecO  44 
 
 		 239 aa  175  8e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0804612  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1849  DNA repair protein RecO  43.21 
 
 		 252 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1568  DNA repair protein RecO  42.22 
 
 		 234 aa  173  1.9999999999999998e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.176444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2556  DNA repair protein RecO  42.68 
 
 		 241 aa  169  3e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.671513  hitchhiker  0.0016899 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2568  DNA repair protein RecO  41.46 
 
 		 237 aa  169  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.298494 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0527  DNA repair protein RecO  41.37 
 
 		 244 aa  167  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4493  DNA repair protein RecO  45.71 
 
 		 243 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.154484 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0203  DNA repair protein RecO  38.68 
 
 		 241 aa  160  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203836  normal  0.794392 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1740  DNA repair protein RecO  41.2 
 
 		 243 aa  156  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0935489  normal  0.366276 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2837  DNA repair protein RecO  42.86 
 
 		 242 aa  152  4e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3349  DNA repair protein RecO  37.8 
 
 		 254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.658048  normal  0.941393 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0536  DNA repair protein RecO  30.45 
 
 		 244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0115625  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1209  DNA repair protein RecO  40.77 
 
 		 251 aa  130  3e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.206008  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0219  DNA repair protein RecO  32.75 
 
 		 240 aa  124  2e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0461  putative DNA repair protein RecO  33.84 
 
 		 237 aa  119  3e-26  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0499  DNA repair protein RecO  31.4 
 
 		 244 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1084  recombinational DNA repair protein (RecF pathway)-like protein  40.67 
 
 		 192 aa  78.2  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2661  recombinational DNA repair protein (RecF pathway)-like  34.9 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0929  DNA repair protein RecO  30.11 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000628388  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0909  DNA replication and repair protein RecO  34.38 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1031  DNA repair protein RecO  29.95 
 
 		 262 aa  54.7  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0725  DNA repair protein RecO  30.32 
 
 		 249 aa  53.9  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.191921  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3482  recombination protein O, RecO  30.19 
 
 		 250 aa  53.9  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.531591  normal  0.121731 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1346  DNA repair protein RecO  23.65 
 
 		 248 aa  51.6  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000264775  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2243  DNA repair protein RecO  30.89 
 
 		 246 aa  51.6  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3710  DNA repair protein RecO  28.95 
 
 		 240 aa  50.8  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1138  DNA repair protein RecO  29.11 
 
 		 241 aa  49.7  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.146606  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3613  DNA repair protein RecO  29.11 
 
 		 241 aa  49.7  0.00005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1191  DNA repair protein RecO  29.11 
 
 		 241 aa  49.7  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0580  recombination protein RecO  24 
 
 		 253 aa  49.3  0.00006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1377  DNA repair protein RecO  33.12 
 
 		 243 aa  49.3  0.00006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1633  DNA repair protein RecO  30.77 
 
 		 234 aa  48.5  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.183624  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1402  DNA repair protein RecO, putative  29.3 
 
 		 255 aa  48.1  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3103  DNA repair protein RecO  28.18 
 
 		 248 aa  48.5  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1123  DNA repair protein RecO  29.3 
 
 		 255 aa  48.1  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0483  DNA repair protein  30.87 
 
 		 231 aa  47.4  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_519  recombinational DNA repair protein (RecF pathway)  23.29 
 
 		 262 aa  47.8  0.0002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000908195  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1684  DNA repair protein RecO  30.87 
 
 		 234 aa  47.4  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0046  DNA repair protein RecO  26.49 
 
 		 257 aa  46.6  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1446  DNA repair protein RecO  32.5 
 
 		 243 aa  46.6  0.0004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.817511  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3667  DNA repair protein RecO  26.63 
 
 		 243 aa  46.6  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1757  DNA repair protein RecO  27.56 
 
 		 242 aa  46.6  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.108646  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002499  DNA recombination and repair protein RecO  24.4 
 
 		 243 aa  46.2  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1461  DNA repair protein RecO  29.03 
 
 		 242 aa  45.8  0.0006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2523  DNA repair protein RecO  23.57 
 
 		 238 aa  45.8  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0679966  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0553  DNA repair protein RecO  22.37 
 
 		 253 aa  44.7  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2084  DNA repair protein RecO  28.72 
 
 		 256 aa  45.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.987652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2419  DNA repair protein RecO  24.23 
 
 		 263 aa  45.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1979  DNA repair protein RecO  32.07 
 
 		 271 aa  44.7  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2241  DNA replication and repair protein RecO  26.45 
 
 		 235 aa  44.3  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00610692 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0047  DNA repair protein RecO  25 
 
 		 251 aa  43.5  0.003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2927  DNA repair protein RecO  28.77 
 
 		 240 aa  43.5  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03534  recombinational DNA repair protein  23.81 
 
 		 219 aa  43.1  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2037  DNA repair protein RecO  26.22 
 
 		 241 aa  42.4  0.008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2250  DNA repair protein RecO  27.88 
 
 		 291 aa  42  0.009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01719  DNA repair protein RecO  32.05 
 
 		 240 aa  42  0.009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.748158  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2957  DNA repair protein RecO  26.19 
 
 		 242 aa  42  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.118345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3024  DNA repair protein RecO  23.65 
 
 		 248 aa  42  0.01  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.42951  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>