100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0203 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0203  DNA repair protein RecO  100 
 
 		 241 aa  475  1e-133  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203836  normal  0.794392 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0311  DNA repair protein RecO  62.66 
 
 		 239 aa  290  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1678  DNA repair protein RecO  61.83 
 
 		 239 aa  286  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0804612  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0527  DNA repair protein RecO  60.5 
 
 		 244 aa  280  2e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2568  DNA repair protein RecO  61.67 
 
 		 237 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.298494 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2556  DNA repair protein RecO  58.58 
 
 		 241 aa  269  4e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.671513  hitchhiker  0.0016899 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2837  DNA repair protein RecO  49.58 
 
 		 242 aa  212  3.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1568  DNA repair protein RecO  44.59 
 
 		 234 aa  187  2e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.176444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0952  DNA repair protein RecO  43.25 
 
 		 248 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2028  DNA repair protein RecO  44.49 
 
 		 239 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2625  DNA repair protein RecO  41.98 
 
 		 243 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.535801  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0664  DNA repair protein RecO  41.15 
 
 		 247 aa  176  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0658  DNA repair protein RecO  41.15 
 
 		 247 aa  176  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.444158  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4316  DNA repair protein RecO  45.04 
 
 		 267 aa  174  9e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.382464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2876  DNA repair protein RecO  44.4 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00379207 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3841  DNA repair protein RecO  42.15 
 
 		 247 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010885 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1849  DNA repair protein RecO  49.6 
 
 		 252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1915  DNA repair protein RecO  41.87 
 
 		 262 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.385532  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2975  DNA repair protein RecO  40 
 
 		 250 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.474208  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2248  DNA repair protein RecO  40.57 
 
 		 253 aa  168  7e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0352637  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2643  DNA repair protein RecO  40.41 
 
 		 254 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0111364  normal  0.705517 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1740  DNA repair protein RecO  45.23 
 
 		 243 aa  165  6.9999999999999995e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0935489  normal  0.366276 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1452  DNA repair protein RecO  45.74 
 
 		 264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.726701  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3027  DNA repair protein RecO  41.35 
 
 		 250 aa  163  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1003  DNA repair protein RecO  43.98 
 
 		 256 aa  162  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.185486  normal  0.563021 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1155  DNA repair protein RecO  44.68 
 
 		 256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1051  DNA repair protein RecO  40.91 
 
 		 246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0963778 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0693  DNA repair protein RecO  39.38 
 
 		 249 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1181  DNA repair protein RecO  40.91 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3340  DNA repair protein RecO  42.92 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2615  DNA repair protein RecO  38.68 
 
 		 249 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2654  DNA repair protein RecO  38.68 
 
 		 249 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.113665 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4680  DNA repair protein RecO  39.84 
 
 		 248 aa  159  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0101452  normal  0.728417 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0991  DNA repair protein RecO  40.5 
 
 		 246 aa  158  6e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3886  DNA repair protein RecO  40.89 
 
 		 242 aa  155  7e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.37018 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0475  DNA repair protein RecO  36.51 
 
 		 245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3349  DNA repair protein RecO  40.24 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.658048  normal  0.941393 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1209  DNA repair protein RecO  41.63 
 
 		 251 aa  138  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.206008  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0536  DNA repair protein RecO  30.53 
 
 		 244 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0115625  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4493  DNA repair protein RecO  34.4 
 
 		 243 aa  119  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.154484 
 
 
-
 
NC_002978  WD0219  DNA repair protein RecO  30.8 
 
 		 240 aa  118  9.999999999999999e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0461  putative DNA repair protein RecO  32.28 
 
 		 237 aa  106  3e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0499  DNA repair protein RecO  29.48 
 
 		 244 aa  102  8e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1084  recombinational DNA repair protein (RecF pathway)-like protein  30.87 
 
 		 192 aa  77.4  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2661  recombinational DNA repair protein (RecF pathway)-like  32.89 
 
 		 202 aa  67  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3667  DNA repair protein RecO  32.72 
 
 		 243 aa  62  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2037  DNA repair protein RecO  27.47 
 
 		 241 aa  58.9  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002499  DNA recombination and repair protein RecO  27.76 
 
 		 243 aa  57  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2523  DNA repair protein RecO  25.31 
 
 		 238 aa  54.7  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0679966  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2250  DNA repair protein RecO  32.73 
 
 		 291 aa  53.1  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0909  DNA replication and repair protein RecO  29.35 
 
 		 242 aa  52.4  0.000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0415  DNA repair protein RecO  27.27 
 
 		 244 aa  52.4  0.000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2957  DNA repair protein RecO  33.33 
 
 		 242 aa  52.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.118345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0408  DNA repair protein RecO  28.88 
 
 		 244 aa  52  0.000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3447  DNA repair protein RecO  32.8 
 
 		 279 aa  52  0.000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0180024 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1138  DNA repair protein RecO  28.93 
 
 		 241 aa  50.8  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.146606  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1206  DNA repair protein RecO  29.01 
 
 		 245 aa  50.4  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1070  DNA repair protein RecO  26.11 
 
 		 244 aa  50.4  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1191  DNA repair protein RecO  28.93 
 
 		 241 aa  50.8  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3613  DNA repair protein RecO  28.93 
 
 		 241 aa  50.8  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2845  DNA repair protein RecO  32.73 
 
 		 242 aa  50.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.789708 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2782  DNA repair protein RecO  32.73 
 
 		 242 aa  50.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2741  DNA repair protein RecO  32.73 
 
 		 242 aa  50.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.184755  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3069  DNA repair protein RecO  29.01 
 
 		 245 aa  50.1  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.380225  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2822  DNA repair protein RecO  32.73 
 
 		 242 aa  50.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3826  DNA repair protein RecO  32.28 
 
 		 300 aa  50.1  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230334  normal  0.027192 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2718  DNA repair protein RecO  32.3 
 
 		 242 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.888529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2416  DNA repair protein RecO  31.13 
 
 		 298 aa  47.8  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.254827 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2851  DNA repair protein RecO  32.3 
 
 		 242 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2720  DNA repair protein RecO  32.3 
 
 		 242 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3710  DNA repair protein RecO  29.33 
 
 		 240 aa  47.8  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2783  DNA repair protein RecO  30.52 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1461  DNA repair protein RecO  30.86 
 
 		 242 aa  47.8  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2930  DNA repair protein RecO  31.18 
 
 		 242 aa  47.8  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.4363  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3052  DNA repair protein RecO  28.74 
 
 		 236 aa  47.4  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02423  hypothetical protein  31.18 
 
 		 242 aa  47  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1123  DNA repair protein RecO  33.33 
 
 		 255 aa  47  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1103  DNA repair protein RecO  31.18 
 
 		 242 aa  47  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0298375  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1402  DNA repair protein RecO, putative  33.33 
 
 		 255 aa  47  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3801  DNA repair protein RecO  31.18 
 
 		 242 aa  47  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1112  DNA repair protein RecO  31.18 
 
 		 242 aa  47  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02459  DNA repair protein RecO  31.18 
 
 		 242 aa  47  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0046  DNA repair protein RecO  25.79 
 
 		 257 aa  46.2  0.0004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0032  DNA repair protein RecO  30.56 
 
 		 234 aa  45.8  0.0007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1065  DNA repair protein RecO  30.26 
 
 		 272 aa  45.4  0.0009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0820208  normal  0.0227401 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1663  DNA repair protein RecO  29.19 
 
 		 263 aa  43.9  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.250893  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03534  recombinational DNA repair protein  26.96 
 
 		 219 aa  44.3  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2777  DNA repair protein RecO  28.8 
 
 		 275 aa  43.1  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2838  DNA repair protein RecO  28.8 
 
 		 275 aa  43.1  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3482  recombination protein O, RecO  24.84 
 
 		 250 aa  43.1  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.531591  normal  0.121731 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2817  DNA repair protein RecO  28.8 
 
 		 275 aa  43.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2464  DNA repair protein RecO  28.8 
 
 		 275 aa  43.1  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1787  DNA repair protein RecO  28.8 
 
 		 275 aa  43.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.806002  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1732  DNA repair protein RecO  28.85 
 
 		 286 aa  43.1  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.467987  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0577  DNA repair protein RecO  28.48 
 
 		 243 aa  43.1  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.663925  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2893  DNA repair protein RecO  28.8 
 
 		 286 aa  42.7  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2084  DNA repair protein RecO  30.97 
 
 		 256 aa  42.4  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.987652  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0545  DNA repair protein RecO  28.8 
 
 		 286 aa  42.7  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2168  DNA repair protein RecO  29.88 
 
 		 278 aa  42.4  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0843  DNA repair protein RecO  27.92 
 
 		 336 aa  42  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.236883  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>