197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2047 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2047  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 431 aa  892    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1957  twin-arginine translocation pathway signal  63.74 
 
 		 433 aa  558  1e-158  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.814321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0152  twin-arginine translocation pathway signal  58.72 
 
 		 432 aa  528  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0333259 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3054  branched-chain amino acid ABC transporter  28.57 
 
 		 426 aa  156  8e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.492113 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3900  transcriptional regulator, LuxR family  28.89 
 
 		 592 aa  152  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.573736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 		 393 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 		 396 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 		 396 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 396 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 		 383 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 		 390 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 		 395 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.39 
 
 		 382 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 		 382 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  27.27 
 
 		 377 aa  62  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1941  Extracellular ligand-binding receptor  23.23 
 
 		 416 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3488  extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 		 383 aa  62.4  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 		 381 aa  62  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0096  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 		 416 aa  62  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.809601 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 		 381 aa  61.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 		 373 aa  61.2  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 		 373 aa  61.2  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  22.48 
 
 		 418 aa  60.8  0.00000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 		 382 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.71 
 
 		 376 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  24.72 
 
 		 394 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0532  Extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 		 370 aa  58.2  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0390708  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.5 
 
 		 467 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  26.5 
 
 		 379 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 383 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 		 379 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 		 379 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 		 379 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  26.5 
 
 		 379 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  26.5 
 
 		 379 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.58 
 
 		 379 aa  57  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  23.35 
 
 		 390 aa  56.6  0.0000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  26.28 
 
 		 379 aa  57  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  26.28 
 
 		 379 aa  57  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.28 
 
 		 379 aa  57  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.28 
 
 		 375 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 		 379 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 		 379 aa  56.2  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 		 373 aa  55.8  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 		 379 aa  55.8  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1756  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.96 
 
 		 382 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0548138  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.96 
 
 		 382 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2866  periplasmic ligand binding lipoprotein  23.5 
 
 		 662 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.691628  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  23.96 
 
 		 382 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 		 406 aa  55.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 		 400 aa  55.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2434  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.96 
 
 		 382 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00891241  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2846  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.96 
 
 		 382 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2747  putative periplasmic substrate-binding protein  23.96 
 
 		 382 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312608  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  24.5 
 
 		 382 aa  54.7  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5665  extracellular ligand-binding receptor  24.64 
 
 		 380 aa  54.7  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1815  extracellular ligand-binding receptor  24.35 
 
 		 419 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146471 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  24.55 
 
 		 460 aa  53.5  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.83 
 
 		 380 aa  53.5  0.000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 		 389 aa  53.5  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1908  extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 		 403 aa  53.1  0.000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0482  extracellular ligand-binding receptor  22.03 
 
 		 412 aa  53.1  0.000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 		 406 aa  53.1  0.000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1322  extracellular ligand-binding receptor  23.29 
 
 		 418 aa  52.8  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0679703  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  23.83 
 
 		 402 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 		 412 aa  52.4  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  38.32 
 
 		 415 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 		 404 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.78 
 
 		 401 aa  51.6  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 		 378 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 		 373 aa  51.6  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  22.51 
 
 		 373 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 393 aa  51.6  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  38.83 
 
 		 415 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.25 
 
 		 373 aa  50.8  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  38.83 
 
 		 415 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 		 461 aa  51.2  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 		 461 aa  51.2  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  38.83 
 
 		 415 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 		 407 aa  50.8  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 		 382 aa  51.2  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 		 403 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.79 
 
 		 380 aa  50.4  0.00006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  24.79 
 
 		 372 aa  50.4  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.1 
 
 		 379 aa  50.4  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.79 
 
 		 380 aa  50.4  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.79 
 
 		 380 aa  50.4  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 		 412 aa  50.4  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.79 
 
 		 380 aa  50.4  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  24.79 
 
 		 380 aa  50.4  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 		 386 aa  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  32.08 
 
 		 423 aa  50.1  0.00007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 		 386 aa  50.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0150  extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 		 417 aa  50.1  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  23.79 
 
 		 413 aa  49.7  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  21.85 
 
 		 371 aa  49.7  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  23.58 
 
 		 380 aa  49.3  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3230  extracellular ligand-binding receptor  24.27 
 
 		 400 aa  49.7  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293864  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  31.9 
 
 		 382 aa  49.7  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  31.29 
 
 		 382 aa  49.7  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>