More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3054 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3054  branched-chain amino acid ABC transporter  100 
 
 
426 aa  867    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.492113 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0152  twin-arginine translocation pathway signal  31.59 
 
 
432 aa  191  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0333259 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1957  twin-arginine translocation pathway signal  30.96 
 
 
433 aa  179  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.814321  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2047  twin-arginine translocation pathway signal  28.57 
 
 
431 aa  163  7e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3900  transcriptional regulator, LuxR family  26.55 
 
 
592 aa  128  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.573736  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.85 
 
 
393 aa  73.2  0.000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
379 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 
379 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  39.81 
 
 
412 aa  71.2  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  26.64 
 
 
432 aa  70.9  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
379 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
380 aa  70.5  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 
445 aa  70.1  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.88 
 
 
379 aa  69.7  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.96 
 
 
379 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
382 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  35.92 
 
 
400 aa  68.6  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.1 
 
 
382 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.01 
 
 
375 aa  67  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  28.31 
 
 
379 aa  67  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  28.31 
 
 
379 aa  67  0.0000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.31 
 
 
379 aa  67  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
374 aa  66.6  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  28.01 
 
 
379 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 
403 aa  66.6  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  28.01 
 
 
379 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  28.01 
 
 
379 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 
377 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
379 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
379 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
379 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 
371 aa  65.1  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
382 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.34 
 
 
374 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
376 aa  64.3  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  23.22 
 
 
404 aa  64.3  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 
372 aa  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  24.12 
 
 
375 aa  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
399 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.36 
 
 
380 aa  63.5  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0360  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 
381 aa  63.9  0.000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 
339 aa  63.2  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.39 
 
 
376 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.51 
 
 
415 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0484775 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  23.05 
 
 
402 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  23.81 
 
 
377 aa  60.8  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  24.54 
 
 
373 aa  60.8  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 
386 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 
382 aa  60.1  0.00000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0435  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.86 
 
 
392 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210014  normal  0.813899 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 
386 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  34.82 
 
 
406 aa  59.7  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3322  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  24.53 
 
 
415 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12992  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.31 
 
 
376 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
381 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 
374 aa  59.7  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.56 
 
 
384 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
382 aa  58.5  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  23.48 
 
 
381 aa  58.9  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  24.31 
 
 
380 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.31 
 
 
380 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.09 
 
 
380 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.31 
 
 
380 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.31 
 
 
380 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.31 
 
 
380 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 
414 aa  58.5  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.31 
 
 
380 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.39 
 
 
402 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.54 
 
 
401 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  24.1 
 
 
397 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 
380 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 
391 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 
391 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.08 
 
 
467 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
401 aa  57.8  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
396 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  25.09 
 
 
380 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
401 aa  57.8  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  28.04 
 
 
372 aa  57.4  0.0000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  35.94 
 
 
421 aa  57.4  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3202  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  23.55 
 
 
412 aa  57.4  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.836908 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 
400 aa  57  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  24.3 
 
 
383 aa  57  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2663  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  23.23 
 
 
412 aa  57  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0749447  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.1 
 
 
397 aa  57  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.96 
 
 
380 aa  57  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 
397 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 
397 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1544  extracellular ligand-binding receptor  24.07 
 
 
428 aa  56.6  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  34.78 
 
 
391 aa  57  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  24.77 
 
 
384 aa  57  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
372 aa  57  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  23.65 
 
 
375 aa  56.6  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 
396 aa  57  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  33.88 
 
 
405 aa  57  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 
381 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2303  extracellular ligand-binding receptor  23.65 
 
 
432 aa  56.2  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4471  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
373 aa  56.2  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.88 
 
 
405 aa  56.2  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  23.96 
 
 
380 aa  56.2  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>