More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5001 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0479  ATP-dependent RNA helicase DbpA  75.49 
 
 		 458 aa  710    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4952  ATP-dependent RNA helicase DbpA  98.48 
 
 		 461 aa  923    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.428852  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5007  ATP-independent RNA helicase DbpA  80.74 
 
 		 459 aa  775    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0516  ATP-dependent RNA helicase DbpA  81.18 
 
 		 473 aa  776    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5248  ATP-dependent RNA helicase DbpA  81.34 
 
 		 478 aa  785    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0558  ATP-dependent RNA helicase DbpA  76.59 
 
 		 458 aa  729    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0513  ATP-dependent RNA helicase DbpA  97.61 
 
 		 461 aa  913    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227206  normal  0.370173 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4825  ATP-dependent RNA helicase DbpA  98.26 
 
 		 494 aa  919    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0463433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5001  ATP-dependent RNA helicase DbpA  100 
 
 		 461 aa  936    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.286134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05950  ATP-dependent RNA helicase DbpA  76.37 
 
 		 458 aa  729    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.214385 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5240  ATP-dependent RNA helicase DbpA  62.58 
 
 		 464 aa  581  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0214  ATP-dependent RNA helicase DbpA  62.85 
 
 		 465 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4994  ATP-dependent RNA helicase DbpA  61.71 
 
 		 465 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.317597  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3249  ATP-dependent RNA helicase DbpA  61.93 
 
 		 465 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.277415 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5098  ATP-dependent RNA helicase DbpA  62.04 
 
 		 465 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.562365  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4313  ATP-dependent RNA helicase DbpA  62.14 
 
 		 465 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  hitchhiker  0.00000166759 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1248  ATP-dependent RNA helicase DbpA  61.93 
 
 		 463 aa  565  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.21069  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0202  ATP-dependent RNA helicase DbpA  61.93 
 
 		 465 aa  565  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.718182  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0961  ATP-dependent RNA helicase DbpA  61.93 
 
 		 465 aa  565  1e-160  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1944  ATP-dependent RNA helicase DbpA  61.93 
 
 		 465 aa  565  1e-160  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.423586  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1659  ATP-dependent RNA helicase DbpA  61.93 
 
 		 465 aa  565  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0291  ATP-dependent RNA helicase DbpA  62.14 
 
 		 465 aa  565  1e-160  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2952  ATP-dependent RNA helicase DbpA  61.27 
 
 		 465 aa  565  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0013  ATP-dependent RNA helicase DbpA  61.83 
 
 		 463 aa  565  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.12565 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2223  ATP-dependent RNA helicase DbpA  61.93 
 
 		 463 aa  565  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3577  ATP-dependent RNA helicase DbpA  60.43 
 
 		 473 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0622  ATP-dependent RNA helicase DbpA  60.26 
 
 		 465 aa  556  1e-157  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1394  ATP-dependent RNA helicase DbpA  61.54 
 
 		 474 aa  555  1e-157  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5284  ATP-dependent RNA helicase DbpA  60.61 
 
 		 467 aa  556  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22294 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4311  ATP-dependent RNA helicase DbpA  61.12 
 
 		 465 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4421  ATP-dependent RNA helicase DbpA  61.12 
 
 		 465 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.111124  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0189  ATP-dependent RNA helicase DbpA  60.26 
 
 		 460 aa  550  1e-155  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0650  ATP-dependent RNA helicase DbpA  59.35 
 
 		 468 aa  549  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4245  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.35 
 
 		 477 aa  549  1e-155  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.694527 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.37 
 
 		 457 aa  545  1e-154  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.168569  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0030  ATP-dependent RNA helicase DbpA  59.96 
 
 		 467 aa  545  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1129  ATP-dependent RNA helicase DbpA  59.57 
 
 		 466 aa  546  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.965871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2177  ATP-independent RNA helicase  59.51 
 
 		 473 aa  543  1e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.247964 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2804  ATP-dependent RNA helicase DbpA  59.3 
 
 		 460 aa  543  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0473713 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4436  ATP-dependent RNA helicase DbpA  59.87 
 
 		 467 aa  543  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2350  ATP-dependent RNA helicase DbpA  60.61 
 
 		 460 aa  540  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5212  ATP-dependent RNA helicase DbpA  59.39 
 
 		 476 aa  541  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3542  ATP-dependent RNA helicase DbpA  60 
 
 		 467 aa  540  9.999999999999999e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1633  ATP-dependent RNA helicase DbpA  60.39 
 
 		 460 aa  540  9.999999999999999e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2446  ATP-dependent RNA helicase DbpA  60.61 
 
 		 460 aa  540  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1428  ATP-dependent RNA helicase DbpA  58.35 
 
 		 490 aa  537  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.03 
 
 		 487 aa  531  1e-150  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.554014  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2843  ATP-dependent RNA helicase DbpA  60.14 
 
 		 460 aa  529  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0039  ATP-dependent RNA helicase DbpA  58.96 
 
 		 474 aa  530  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0146  ATP-dependent RNA helicase DbpA  58.59 
 
 		 462 aa  527  1e-148  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2997  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.9 
 
 		 477 aa  527  1e-148  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3020  ATP-dependent RNA helicase DbpA  57.99 
 
 		 465 aa  526  1e-148  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.93907  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0588  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.38 
 
 		 459 aa  519  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4493  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.22 
 
 		 481 aa  519  1e-146  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.516216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3705  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.8 
 
 		 469 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0825839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0489  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.02 
 
 		 469 aa  517  1.0000000000000001e-145  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1156  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.33 
 
 		 467 aa  516  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2724  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.24 
 
 		 462 aa  512  1e-144  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.566366  normal  0.0215691 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0752  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.53 
 
 		 467 aa  512  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.748703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3498  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.99 
 
 		 469 aa  511  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0897  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.92 
 
 		 458 aa  503  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0893  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.51 
 
 		 469 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0868  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.53 
 
 		 458 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001711  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.6 
 
 		 459 aa  502  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.177181  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0903  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.53 
 
 		 458 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0690  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.31 
 
 		 469 aa  504  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3275  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.66 
 
 		 479 aa  501  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3468  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.53 
 
 		 458 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3384  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.66 
 
 		 479 aa  502  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3110  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.75 
 
 		 458 aa  503  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0598  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.02 
 
 		 468 aa  500  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.255467 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0745  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.82 
 
 		 458 aa  500  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3852  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.31 
 
 		 458 aa  498  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.02646 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2042  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.73 
 
 		 468 aa  492  9.999999999999999e-139  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2040  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.73 
 
 		 468 aa  493  9.999999999999999e-139  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2949  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.68 
 
 		 470 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2027  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.8 
 
 		 457 aa  490  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00762  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.29 
 
 		 459 aa  489  1e-137  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01320  ATP-dependent RNA helicase, specific for 23S rRNA  55.14 
 
 		 457 aa  484  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2300  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.14 
 
 		 457 aa  484  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025341  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2282  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.14 
 
 		 457 aa  484  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.438081  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1847  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.78 
 
 		 457 aa  487  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1779  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.36 
 
 		 457 aa  485  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.184016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2143  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.92 
 
 		 457 aa  485  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.713683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1588  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.36 
 
 		 457 aa  487  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01330  hypothetical protein  55.14 
 
 		 457 aa  484  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1557  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.36 
 
 		 457 aa  487  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1460  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.14 
 
 		 457 aa  484  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0647  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.91 
 
 		 464 aa  481  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3184  ATP-dependent RNA helicase DbpA  58.41 
 
 		 465 aa  481  1e-135  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1992  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.14 
 
 		 457 aa  484  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.639761 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5866  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.4 
 
 		 390 aa  484  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.539598 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1775  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.91 
 
 		 457 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0367787 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1838  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.91 
 
 		 457 aa  478  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.787138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1679  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.94 
 
 		 438 aa  480  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0948  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.85 
 
 		 468 aa  479  1e-134  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2141  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.59 
 
 		 460 aa  481  1e-134  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0253787  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1680  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.83 
 
 		 457 aa  478  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.240536  normal  0.0183656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1498  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.83 
 
 		 457 aa  478  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.798131  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1778  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.61 
 
 		 457 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.105627 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>