More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2843 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01320  ATP-dependent RNA helicase, specific for 23S rRNA  67.9 
 
 		 457 aa  634    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2300  DEAD/DEAH box helicase domain protein  67.9 
 
 		 457 aa  634    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025341  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1680  ATP-dependent RNA helicase DbpA  67.25 
 
 		 457 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.240536  normal  0.0183656 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2350  ATP-dependent RNA helicase DbpA  83.7 
 
 		 460 aa  807    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01330  hypothetical protein  67.9 
 
 		 457 aa  634    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1588  ATP-dependent RNA helicase DbpA  68.12 
 
 		 457 aa  634    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1992  ATP-dependent RNA helicase DbpA  68.12 
 
 		 457 aa  635    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.639761 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2843  ATP-dependent RNA helicase DbpA  100 
 
 		 460 aa  939    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2282  ATP-dependent RNA helicase DbpA  67.9 
 
 		 457 aa  634    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.438081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1460  ATP-dependent RNA helicase DbpA  67.9 
 
 		 457 aa  634    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1633  ATP-dependent RNA helicase DbpA  83.48 
 
 		 460 aa  807    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1778  ATP-dependent RNA helicase DbpA  66.81 
 
 		 457 aa  634    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.105627 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1428  ATP-dependent RNA helicase DbpA  95.43 
 
 		 490 aa  904    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2804  ATP-dependent RNA helicase DbpA  80.87 
 
 		 460 aa  774    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0473713 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1775  ATP-dependent RNA helicase DbpA  67.03 
 
 		 457 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0367787 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1498  ATP-dependent RNA helicase DbpA  67.03 
 
 		 457 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.798131  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2446  ATP-dependent RNA helicase DbpA  83.7 
 
 		 460 aa  807    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1838  ATP-dependent RNA helicase DbpA  67.03 
 
 		 457 aa  635    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.787138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1557  ATP-dependent RNA helicase DbpA  67.9 
 
 		 457 aa  633  1e-180  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1779  ATP-dependent RNA helicase DbpA  67.9 
 
 		 457 aa  631  1e-180  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.184016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2143  ATP-dependent RNA helicase DbpA  66.16 
 
 		 457 aa  627  1e-178  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.713683  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1847  ATP-dependent RNA helicase DbpA  64.92 
 
 		 457 aa  607  9.999999999999999e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2027  ATP-dependent RNA helicase DbpA  64.92 
 
 		 457 aa  603  1.0000000000000001e-171  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1394  ATP-dependent RNA helicase DbpA  62.17 
 
 		 474 aa  559  1e-158  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5007  ATP-independent RNA helicase DbpA  59.48 
 
 		 459 aa  548  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0516  ATP-dependent RNA helicase DbpA  59.26 
 
 		 473 aa  547  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0513  ATP-dependent RNA helicase DbpA  60.39 
 
 		 461 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227206  normal  0.370173 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0558  ATP-dependent RNA helicase DbpA  60.13 
 
 		 458 aa  544  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05950  ATP-dependent RNA helicase DbpA  59.91 
 
 		 458 aa  544  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.214385 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0189  ATP-dependent RNA helicase DbpA  60.18 
 
 		 460 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4952  ATP-dependent RNA helicase DbpA  59.52 
 
 		 461 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.428852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5248  ATP-dependent RNA helicase DbpA  58.33 
 
 		 478 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5001  ATP-dependent RNA helicase DbpA  59.3 
 
 		 461 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.286134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4825  ATP-dependent RNA helicase DbpA  59.74 
 
 		 494 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0463433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0479  ATP-dependent RNA helicase DbpA  58.17 
 
 		 458 aa  532  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0588  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.48 
 
 		 459 aa  530  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3020  ATP-dependent RNA helicase DbpA  57.99 
 
 		 465 aa  522  1e-147  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.93907  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0146  ATP-dependent RNA helicase DbpA  57.24 
 
 		 462 aa  521  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1944  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.77 
 
 		 465 aa  521  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.423586  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1659  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.55 
 
 		 465 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0291  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.77 
 
 		 465 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2223  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.55 
 
 		 463 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0202  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.55 
 
 		 465 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.718182  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0961  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.55 
 
 		 465 aa  520  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1248  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.55 
 
 		 463 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.21069  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0622  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.95 
 
 		 465 aa  513  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2952  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.11 
 
 		 465 aa  513  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0214  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.11 
 
 		 465 aa  513  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3249  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.9 
 
 		 465 aa  512  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.277415 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5098  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.9 
 
 		 465 aa  511  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.562365  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4311  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.33 
 
 		 465 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4313  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.46 
 
 		 465 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  hitchhiker  0.00000166759 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4421  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.33 
 
 		 465 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.111124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4994  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.46 
 
 		 465 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.317597  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001711  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.1 
 
 		 459 aa  509  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.177181  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5240  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.24 
 
 		 464 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0948  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.58 
 
 		 468 aa  502  1e-141  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0013  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.39 
 
 		 463 aa  499  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.12565 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.63 
 
 		 457 aa  501  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.168569  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2040  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.96 
 
 		 468 aa  500  1e-140  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3577  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.02 
 
 		 473 aa  499  1e-140  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4436  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.95 
 
 		 467 aa  500  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2042  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.74 
 
 		 468 aa  495  1e-139  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2724  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.8 
 
 		 462 aa  495  1e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.566366  normal  0.0215691 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0030  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.58 
 
 		 467 aa  495  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5284  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.17 
 
 		 467 aa  497  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22294 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00762  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.23 
 
 		 459 aa  498  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0897  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.49 
 
 		 458 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0752  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.7 
 
 		 467 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.748703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0745  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.27 
 
 		 458 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3275  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.25 
 
 		 479 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3384  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.03 
 
 		 479 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0893  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.16 
 
 		 469 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0868  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.39 
 
 		 458 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3468  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.39 
 
 		 458 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4245  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.17 
 
 		 477 aa  491  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.694527 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0903  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.39 
 
 		 458 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3110  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.61 
 
 		 458 aa  490  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0690  ATP-dependent RNA helicase DbpA  52.41 
 
 		 469 aa  486  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0039  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.07 
 
 		 474 aa  488  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2177  ATP-independent RNA helicase  57.36 
 
 		 473 aa  486  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.247964 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3852  ATP-dependent RNA helicase DbpA  52.76 
 
 		 458 aa  486  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.02646 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0650  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.64 
 
 		 468 aa  486  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2949  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.57 
 
 		 470 aa  488  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2141  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.23 
 
 		 460 aa  488  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0253787  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1129  ATP-dependent RNA helicase DbpA  52.75 
 
 		 466 aa  483  1e-135  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.965871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.63 
 
 		 487 aa  484  1e-135  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.554014  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0647  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.25 
 
 		 464 aa  481  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3498  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.76 
 
 		 469 aa  483  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0598  ATP-dependent RNA helicase DbpA  52.72 
 
 		 468 aa  472  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.255467 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0141  ATP-dependent RNA helicase DbpA  50.88 
 
 		 457 aa  472  1e-132  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5212  ATP-dependent RNA helicase DbpA  51.84 
 
 		 476 aa  469  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3542  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.13 
 
 		 467 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1156  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.29 
 
 		 467 aa  466  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1540  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.83 
 
 		 468 aa  462  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2997  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.41 
 
 		 477 aa  463  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4493  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.25 
 
 		 481 aa  464  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.516216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3705  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.66 
 
 		 469 aa  458  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0825839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0489  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.66 
 
 		 469 aa  457  1e-127  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3216  ATP-dependent RNA helicase DbpA  50.66 
 
 		 467 aa  457  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>